1. Trang Chủ
  2. Nông nghiệp
  3. Xác định Topotype và so sánh di truyền virus lở mồm long móng từ heo bệnh trong vacxin

Xác định Topotype và so sánh di truyền virus lở mồm long móng từ heo bệnh trong vacxin

Bệnh lở mồm long móng xảy ra trên heo tại Việt Nam chủ yếu là do virus lở mồm long móng thuộc serotype O. Hiệu quả của vacxin phòng bệnh lở mồm long móng không chỉ phụ thuộc vào serotype mà còn chịu ảnh hưởng của topotype của các chủng virus lở mồm long móng. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 XAÙC ÑÒNH TOPOTYPE VAØ SO SAÙNH DI TRUYEÀN VIRUS LÔÛ MOÀM LONG MOÙNG TÖØ HEO BEÄNH VAØ TRONG VACXIN Nguyễn Ngọc Hải1,2, Nguyễn Thị Hồng Diễm1, Nguyễn Thị Phương Bình , Trần Hoàng Anh Thư2, Nguy

Thể loại Tài liệu miễn phí Nông nghiệp

Số trang 9

Ngày tạo 4/8/2023 12:18:34 PM +00:00

Loại tệp PDF

Kích thước 0.75 M

Tên tệp

Tải Xác định Topotype và so sánh di truyền virus lở mồ... (.pdf)

Xem mẫu

  1. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 XAÙC ÑÒNH TOPOTYPE VAØ SO SAÙNH DI TRUYEÀN VIRUS LÔÛ MOÀM LONG MOÙNG TÖØ HEO BEÄNH VAØ TRONG VACXIN Nguyễn Ngọc Hải1,2, Nguyễn Thị Hồng Diễm1, Nguyễn Thị Phương Bình , Trần Hoàng Anh Thư2, Nguyễn Trung Quân2 2 TÓM TẮT Bệnh LMLM xảy ra trên heo tại Việt Nam chủ yếu là do virus LMLM thuộc serotype O. Hiệu quả của vacxin phòng bệnh LMLM không chỉ phụ thuộc vào serotype mà còn chịu ảnh hưởng của topotype của các chủng virus LMLM. Trong năm 2019, nhiều trại heo tuy đã được tiêm phòng vacxin LMLM nhưng đàn heo vẫn bị bệnh nghiêm trọng. Nghiên cứu được thực hiện với 15 chủng virus LMLM thu nhận được từ heo bị bệnh tại các trại heo thuộc một số tỉnh phía Nam Việt Nam và các chủng LMLM từ 3 loại vacxin LMLM thương mại ở Việt Nam. Kết quả định danh và phân tích di truyền đã xác định 15/15 chủng virus thực địa trong nghiên cứu này đều thuộc SEA topotype/dòng Mya-98, khác hoàn toàn với topotype của các chủng virus LMLM trong vacxin (ME-SA or Euro-SA). Tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide giữa 15 chủng virus LMLM thực địa và 3 chủng virus LMLM trong vacxin ở mức thấp (78,9 – 82,5%). Kết quả nghiên cứu cho thấy, tình trạng bệnh LMLM vẫn xảy ra ở các trại heo tại Việt Nam khi đã được tiêm vacxin LMLM có thể liên quan đến sự không phù hợp kháng nguyên giữa chủng virus LMLM vacxin và chủng virus LMLM thực địa, do vậy và cần có những nghiên cứu tiếp theo về vấn đề này để có chiến lược sử dụng vacxin phù hợp. Từ khoá: Virus lở mồm long móng, topotype, cây sinh dòng, chủng thực địa và vacxin. Topotype determination and genetic comparison of Foot and mouth disease viruses from infected pigs and vaccine Nguyen Ngoc Hai, Nguyen Thi Hong Diem, Nguyen Thi Phuong Binh, Tran Hoang Anh Thu, Nguyen Trung Quan SUMMARY The occurrence of FMD in pigs in Viet Nam is mainly caused by FMD virus serotype O. The effectiveness of vaccines against FMD depends not only on the serotype, but also influence of topotype of the FMDV strains. In 2019, many pig farms have been vaccinated with FMD vaccine, but the pig herds were still suffered seriously with FMD. This study was conducted with 15 FMDV strains obtaining from the pig farms in some southern provinces, and FMDV strains from 3 commercial FMD vaccines. The genetic analysis showed that 15/15 field FMDV strains in this study belonged to the Mya-98/SEA topotype, it was completely different compared to the topotype of the FMDV strains from the vaccines (ME-SA or Euro-SA). The similarity level of nucleotide sequence of 15 field FMDV strains and 3 vaccine FMDV strains was low (78.9 - 82.5%). The studied result showed that FMD was still occurred in the pig farms in Viet Nam after the pigs were vaccinated with FMD vaccines. This may be related to antigen nonconformity/mismatch between field FMDV strain and vaccine FMDV strain. This issue needs to be studied further so that the strategy of using FMD vaccines will be considered appropriately. Keywords: FMD virus, topotype, phylogenetic, field and vaccine virus strains. 1. Bộ môn Bệnh truyền nhiễm và Thú y cộng đồng, Khoa Chăn nuôi – Thú y, ĐH Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh 2. Phòng Chẩn đoán – Xét nghiệm thú y Hàn Việt, Khoa Chăn nuôi – Thú y, ĐH Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh 5
  2. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 I. ĐẶT VẤN ĐỀ các nghiên cứu sâu hơn về vacxin LMLM trên heo tại Việt Nam. Virus gây bệnh lở mồm long móng (LMLM) được phân loại huyết thanh học II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG thành 7 serotype là A, O, C, Asia1, SAT- PHÁP NGHIÊN CỨU 1, SAT-2 và SAT-3; và không có miễn dịch 2.1. Vật liệu chéo với nhau. Tại Việt Nam, bệnh LMLM trên heo được kiểm soát qua việc tiêm - Vật liệu, hoá chất dùng cho phản vacxin bắt buộc, dù vậy bệnh LMLM vẫn ứng RT-PCR: GeneJET Viral DNA/RNA xảy ra ở nhiều tỉnh/thành trên cả nước. Purification kit (Thermo, Mỹ), GoTaq G2 Green master mix (Promega, Mỹ), tinh Theo Nick J. Knowles et al. (2005), sạch ADN từ gel sau khi điện di bằng bộ virus LMLM serotype O có 10 topotype: kit GeneJET gel extraction and DNA Cathay, Middle East-South Asia (ME-SA), micro (Thermo, Mỹ), kit GeneJET plasmid South-East Asia (SEA), Europe-South miniprep (Thermo, Mỹ), primer xuôi, ngược America (Euro-SA), Indonesia-1 (ISA-1), nhân bản gen VP1 (Thermo, Mỹ). Indonesia-2 (ISA-2), East Africa 1 (EA-1), East Africa 2 (EA-2), East Africa 3 (EA-3) - Vật liệu, hoá chất dùng cho việc tạo dòng và West Africa. Tại Việt Nam, virus LMLM giải trình tự gián tiếp gen VP1: Môi trường gây bệnh trên đàn heo được ghi nhận phổ LB (Luria Bertani), kháng sinh ampicillin, biến thuộc serotype O-Cathay, O-SEA/ IPTG, X-Gal, môi trường SOC, vector tạo Mya-98, O-ME-SA/PanAsia (Cục Thú y, dòng pGEM - T Easy (Promega, Mỹ), vi 2019). Vacxin phòng bệnh LMLM được khuẩn E. coli DH5α (Takara, Nhật Bản). sử dụng phổ biến ở Việt Nam chứa các 2.2. Phương pháp nghiên cứu kháng nguyên serotype O gồm các topotype 2.2.1. Ly trích ARN mẫu như: Manisa/ME-SA, O3039/Cathay, O1/ Campos/Euro-SA. Tổng cộng 15 mẫu bệnh phẩm (da tổn thương, mụn nước) được thu thập ngẫu Các nghiên cứu gần đây về hiệu quả của nhiên trên heo có biểu hiện lâm sàng nghi vacxin LMLM trên heo đã ghi nhận sự thất ngờ bị bệnh LMLM (bảng 1) và 3 mẫu bại khi tiêm vacxin phòng bệnh LMLM trên vacxin Aftopor (Mérial), Aftogen OLEO đàn heo nhiễm các topotype khác nhau trên (Amavet) và CAVac FMD (AVAC Vietnam) thực địa (Hye-Eun Jo et al., 2019; Mana thương mại trên thị trường Việt Nam năm Mahapatra et al., 2017). Phân tích di truyền 2020 còn nguyên lọ được lấy ngẫu nhiên từ và huyết thanh học cho thấy có sự khác biệt các trại heo để thực hiện xét nghiệm RT- về tương đồng di truyền và miễn dịch giữa PCR. các chủng, các topotype trong vacxin và các chủng gây bệnh thực địa (Mana Mahapatra Mẫu bệnh phẩm thực địa (da tổn thương, et al., 2017; Galdo Novo et al., 2018). mụn nước): Ly trích ARN mẫu bằng bộ kit GeneJET Viral DNA/RNA purification Nghiên cứu nhằm xác định topotype của virus (Thermo, Mỹ). gây bệnh LMLM trên heo ở 1 số tỉnh phía Nam Việt Nam và so sánh tương đồng di truyền với Mẫu vacxin: Thực hiện ly trích ARN các topotype virus LMLM trong vacxin được sử của virus LMLM trong vacxin theo 2 bước: dụng ở Việt Nam để có thêm cơ sở khoa học cho tách virus LMLM khỏi chất bổ trợ nhũ 6
  3. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 dầu, ly trích ARN virus vacxin thu được 2.2.2. Thu nhận gen của virus LMLM bằng mẫu bằng bộ kit GeneJET viral DNA/RNA kỹ thuật RT-PCR purification (Thermo, Mỹ). Quy trình tách Thực hiện xét nghiệm RT-PCR phát hiện virus LMLM khỏi chất bổ trợ nhũ dầu được gen VP1 của virus LMLM với cặp mồi thực hiện như sau: Lấy một thể tích vacxin VN-OF sens 5’- AGATTTGTGAAAGT- LMLM nhũ dầu và một thể tích chloroform trộn đều cẩn thận bằng vortex, sau đó ly tâm DACACCA- 3’ và VN-VP1R reverse 5’- ở tốc độ 4.000 vòng/phút trong 15 phút, hút CATGTCYTCYTGCATCTGGTT-3’. Kích lấy phần dịch trong bên trên và tiếp tục ly thước đoạn ADN nhân bản là 650 bp (Asad tâm phần dịch trong này ở 4.000 vòng/phút Ullah et al., 2014). Quy trình RT-PCR được trong 15 phút, thu lấy phần dịch trong cuối thực hiện theo Phòng Chẩn đoán – Xét để ly trích ARN virus LMLM. nghiệm thú y Hàn Việt (bảng 1). Bảng 1. Các mẫu bệnh phẩm từ heo nghi ngờ mắc bệnh lở mồm long móng STT Ký hiệu mẫu Địa điểm Thời gian thu mẫu Loại mẫu 1 HVDN1 Đồng Nai 1/2019 Da móng chân, mụn nước 2 HVBD1 Bình Dương 1/2019 Da móng chân, mụn nước 3 HVBT1 Bến Tre 1/2019 Mụn nước 4 HVBD2 Bình Dương 2/2019 Da móng chân 5 HVBD3 Bình Dương 2/2019 Da móng chân 6 HVDN2 Đồng Nai 2/2019 Mụn nước 7 HVDN3 Đồng Nai 6/2019 Mụn nước 8 HVBD4 Bình Dương 2/2019 Da móng chân 9 HVBD5 Bình Dương 3/2019 Da móng chân, mụn nước 10 HVBD6 Bình Dương 3/2019 Da móng chân 11 HVBD7 Bình Dương 3/2019 Da móng chân 12 HVBD8 Bình Dương 4/2019 Da móng chân, mụn nước 13 HVBD9 Bình Dương 4/2019 Da móng chân, mụn nước 14 HVTG1 Tiền Giang 4/2019 Mụn nước 15 HVBD10 Bình Dương 5/2019 Da móng chân 2.2.3. Tạo dòng vi khuẩn mang gen VP1 tạo dòng pGEM - T Easy, và sau đó plasmid của virus LMLM được kiểm tra dương tính với gen VP1 trước Sản phẩm RT-PCR của gen VP1 được tinh khi được dòng hoá vào chủng E. coli DH5α. sạch bằng bộ kit GeneJET gel extraction and Chọn lọc vi khuẩn dòng hoá gen VP1 theo DNA micro kit. ADN thu nhận được sau khi kiểu hình gen lacZ phân giải cơ chất Xgal. tinh sạch được sử dụng để gắn vào vector Chọn khuẩn lạc có màu trắng (bảng 2). 7
  4. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 Bảng 2. Các chủng virus lở mồm long móng tham khảo trong nghiên cứu để so sánh trình tự và xây dựng cây phả hệ Nơi Mã số truy cập STT Tên chủng Năm Phân nhóm Ghi chú phân lập Ngân hàng Gen O/Hongkong 1 Hồng Kông 2004 Cathay JF968170 Vacxin /3039/2004 2 TAW/12/1998 Trung Quốc 2014 Cathay KJ606982 Vacxin 3 O1manisa iso87 Thổ Nhĩ Kỳ 2004 AY593823 Vacxin 4 Omanisa Hàn Quốc 2012 DI431238 Vacxin 5 O/TUR/5/2009 Thổ Nhĩ Kỳ 2009 PanAsia KP202878 Vacxin 6 O1campos51 iso51 Argentina Euro-SA AY593837 Vacxin 7 O1Campos Brazil Euro-SA AJ320488 Vacxin 8 O/JPN/2000 Nhật Bản 2000 PanAsia AB079061 9 IRN/31/2009 Iran 2009 PanAsia KY091284 10 O/PAK/16/2010 Pakistan 2010 PanAsia KY091285 11 EGY 10/2011 Ấn Độ 2011 PanAsia KC440883 12 BHU/3/2009 Bhutan 2009 Ind-2001d KM921814 13 O/VIT/19350/2015 Việt Nam 2015 Ind-2001d KY399465 14 O/VIT/1828OB/2015 Việt Nam 2015 Ind-2001d KY399467 15 O/LAO/11/2015 Lào 2015 Ind-2001d KY399460 16 O/MYA/2493/2015 Myanmar 2015 Ind-2001d KY399469 17 O/HKN/21/70 Hồng Kông 2000 Cathay AJ294911 18 O/VIT/17-19073/2017 Việt Nam 2017 Cathay MN250314 19 O/VIT/18-3766/2018 Việt Nam 2018 Cathay MN250315 20 O/CAM/3/98 Campuchia Cam-94 AJ294910 21 O/VIT/2/97 Việt Nam Cam-94 AJ294929 22 O/LAO/3/2008 Lào 2008 Mya-98 HQ116181 23 O/VN/QB88/2009 Việt Nam 2009 Mya-98 GU582115 24 O/VN/SL01/2010 Việt Nam 2010 Mya-98 HQ260713 25 O/GZ/CHA/2010 Trung Quốc 2010 Mya-98 JN998086 26 O/VN/HN2/2014 Việt Nam 2014 Mya-98 KM588389 O/SKR/2014- 27 Hàn Quốc 2014 Mya-98 MG257782 JC02D111 O/SKR/2015- 28 Hàn Quốc 2015 Mya-98 MG257786 JC71GHW 29 O/SKR/GJ/2016 Hàn Quốc 2016 Mya-98 KX534089 30 O/VN/PT555/2018 Việt Nam 2018 Mya-98 MN379784 31 O/VN/HN586/2018 Việt Nam 2018 Mya-98 MN379788 32 O/VN/HT44/2018 Việt Nam 2018 Mya-98 MN379820 2.2.4. Xây dựng cây phả hệ và phân tích tương Thu nhận plasmid từ vi khuẩn đã dòng hoá đồng di truyền giữa các chủng virus LMLM gen VP1 của virus LMLM thực địa và gửi đi giải thực địa và tham khảo trình tự gen 2 chiều VP1 tại Công ty Nam Khoa 8
  5. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 (Tp. Hồ Chí Minh). Trình tự nucleotide gen các chủng (từ 99,1 – 100%); cho thấy các chủng VP1 thu nhận được từ các chủng dòng hoá sẽ virus gây bệnh LMLM ở các địa phương khảo sát được phân tích và xây dựng cây phả hệ của virus có mối quan hệ di truyền rất gần, có lẽ có chung LMLM thực địa và tham khảo đã được công bố một nguồn gốc. Tuy nhiên, 15 chủng virus LMLM trên Ngân hàng Gen (bảng 2). Phân tích trình tự trong khảo sát có mức độ tương đồng nucleotide nucleotide và amino acid của VP1 bằng phần với các chủng virus LMLM tham khảo khác biệt mềm Sequencher 5.4.6 (Genecodes). So sánh rất lớn; biến động từ 73,6% đến 100%. Riêng với trình tự nucleotide và amino acid của VP1 giữa các chủng virus LMLM thuộc dòng Mya-98 tham các chủng thực địa và các trình tự tham khảo khảo; 15 chủng virus LMLM thực địa có độ tương bằng phần mềm BioEdit 7.2.6 (Hall, 1999). Xây đồng nucleotide từ 84,9% - 100%; trong đó độ dựng cây phả hệ để xác định topotype và phân tương đồng cao nhất là với các chủng tham khảo tích mối quan hệ di truyền của các chủng được từ Trung Quốc (92,5 - 93,1%; chủng JN998086) phân lập bằng phần mềm MEGA 6.06. Cây phả và Hàn Quốc (92,5 - 94,1%). Xét về nguồn gốc di hệ được xây dựng theo phương pháp Neighbor truyền, 15 chủng virus LMLM trong khảo sát có – Joining, chỉ số bootstrap với 1.000 lần lặp lại. nguồn gốc từ chủng Trung Quốc (JN998086 công bố năm 2010), gần hơn là với các chủng virus III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN LMLM từ Hàn Quốc (MG257782 công bố năm Từ các mẫu thu nhận được từ heo nghi bệnh 2014, MG257786 công bố năm 2015 và KX534089 LMLM, 15/15 mẫu cho kết quả dương tính với công bố năm 2016). Trung Quốc, Hàn Quốc đều là gen VP1 của virus LMLM type O. Toàn bộ 15 2 quốc gia có dịch bệnh LMLM trên heo và có hoạt sản phẩm RT-PCR đã được tinh sạch và dòng động giao thương trong lĩnh vực chăn nuôi heo với hoá vào tế bào E. coli DH5α, hình thành các Việt Nam, vì thế không loại trừ virus LMLM trong khuẩn lạc trắng và được kiểm tra dương tính với khảo sát có nguồn gốc từ các hoạt động thương mại gen VP1 được chèn vào. Kết quả giải trình tự quốc tế trong lĩnh vực nông nghiệp. Kết quả xây đã khẳng định 15 chủng virus thu được là virus dựng cây di truyền dựa trên gen VP1 của 15 chủng LMLM. virus LMLM thực địa và các chủng tham khảo cũng cho thấy mối liên hệ rất gần giữa các chủng virus 1 2 3 4 5 6 LMLM nói trên (hình 2). Khi so sánh trình tự nucleotide của 15 chủng virus LMLM trong khảo sát (năm 2019) với 6 chủng Mya-98 phân lập tại Việt Nam (1 500 bp chủng năm 2009 (GU582115), 1 chủng năm 2010 (HQ260713), 1 chủng 2014 (KM588389) và 3 chủng 2018 (MN379784, MN379788, MN379820), chúng tôi ghi nhận mức tương Giếng 1: Thang DNA 100 bp đồng nucleotide có thể được chia thành 2 nhóm: Giếng 2: Đối chứng dương FMDV type O (650 bp) tương đồng thấp (84,9 - 87,7%) với các chủng Giếng 3, 4, 5: Mẫu thực địa Giếng 6: Đối chứng âm virus LMLM dòng Mya-98 được phân lập trong khoảng thời gian 2009, 2010 và 2014; và tương Hình 1. Kết quả RT-PCR định serotype đồng cao (99,1 - 100%) với các chủng virus virus lở mồm long móng trong mẫu bệnh LMLM dòng Mya-98 được phân lập trong năm phẩm trên heo thực địa 2018. Dựa theo tỷ lệ tương đồng nucleotide Phân tích trình tự một phần gen VP1 (bảng 3), 15 của các chủng virus LMLM dòng Mya-98 có chủng virus LMLM khảo sát năm 2019 thuộc dòng thể thấy, virus LMLM tại Việt Nam có tốc độ Mya-98, có độ tương đồng nucleotide rất cao giữa biến đổi rất nhanh (11,4 - 15,1%) trong thời 9
  6. 10 Bảng 3. Tương đồng trình tự nucleotide và amino acid các chủng virus LMLM thực địa và tham khảo STT Chủng FMDV 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 1 HVDN1/DongNai/2019 ID 99,5% 99,7% 99,1% 99,1% 99,3% 99,1% 99,1% 99,7% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 81,1% 79,7% 82,1% 74,6% 74,8% 81,1% 80,7% 80,7% 79,5% 79,5% 82,1% 82,3% 82,1% 79,9% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,7% 76,3% 74,2% 74,8% 82,5% 83,5% 88,9% 87,3% 87,1% 92,9% 85,1% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 2 HVBD1/BinhDuong/2019 100,0% ID 99,7% 99,5% 99,5% 99,3% 99,1% 99,5% 99,7% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 81,1% 79,3% 82,1% 74,2% 74,8% 81,1% 80,7% 80,5% 79,1% 79,1% 82,1% 82,1% 81,9% 79,7% 79,9% 80,3% 80,3% 80,5% 80,3% 76,3% 74,2% 74,8% 82,5% 83,1% 88,9% 87,3% 87,1% 92,9% 85,1% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 3 HVBT1/BenTre/2019 100,0% 100,0% ID 99,3% 99,3% 99,5% 99,3% 99,3% 100,0% 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 81,3% 79,5% 82,3% 74,4% 75,1% 81,3% 80,9% 80,7% 79,3% 79,3% 82,3% 82,3% 82,1% 79,9% 80,1% 80,5% 80,5% 80,7% 80,5% 76,5% 74,0% 74,6% 82,3% 83,3% 89,1% 87,5% 87,3% 93,1% 85,3% 94,1% 93,9% 93,1% 99,7% 99,5% 100,0% 4 HVBD2/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% ID 100,0% 98,9% 98,7% 99,1% 99,3% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 80,7% 78,9% 81,7% 73,8% 74,4% 80,7% 80,3% 80,9% 78,7% 78,7% 81,7% 81,7% 81,9% 79,7% 79,5% 79,9% 79,9% 80,1% 79,9% 76,3% 73,8% 74,4% 82,1% 82,7% 88,5% 86,9% 86,7% 92,9% 85,1% 94,3% 94,1% 93,3% 99,1% 98,9% 99,3% 5 HVBD3/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% ID 98,9% 98,7% 99,1% 99,3% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 80,7% 78,9% 81,7% 73,8% 74,4% 80,7% 80,3% 80,9% 78,7% 78,7% 81,7% 81,7% 81,9% 79,7% 79,5% 79,9% 79,9% 80,1% 79,9% 76,3% 73,8% 74,4% 82,1% 82,7% 88,5% 86,9% 86,7% 92,9% 85,1% 94,3% 94,1% 93,3% 99,1% 98,9% 99,3% 6 HVDN2/DongNai/2019 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% ID 98,9% 98,9% 99,5% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 80,9% 79,3% 82,3% 74,0% 74,6% 80,9% 80,5% 80,7% 79,1% 79,1% 82,3% 82,7% 82,1% 79,9% 80,1% 80,5% 80,5% 80,7% 80,5% 76,1% 73,6% 74,2% 82,3% 83,7% 89,1% 87,5% 87,3% 93,1% 85,3% 94,1% 93,9% 93,1% 99,3% 99,1% 99,5% 7 HVDN3/DongNai/2019 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 98,7% ID 98,7% 99,3% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 81,1% 79,1% 81,9% 74,4% 75,1% 81,1% 80,7% 80,3% 78,9% 78,9% 81,9% 81,9% 81,5% 79,5% 79,7% 80,1% 80,1% 80,3% 80,1% 76,3% 73,8% 74,4% 82,1% 83,1% 88,5% 87,1% 86,9% 92,5% 84,9% 93,9% 93,7% 92,9% 99,1% 99,3% 99,3% 8 HVBD4/BinhDuong/2019 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 98,7% 98,7% ID 99,3% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 99,1% 81,1% 79,3% 82,1% 74,2% 74,8% 81,1% 80,7% 80,5% 79,1% 79,1% 82,1% 82,1% 81,9% 79,7% 79,9% 80,3% 80,3% 80,5% 80,3% 75,9% 74,2% 74,8% 82,1% 82,7% 88,5% 87,3% 86,7% 92,5% 85,1% 93,5% 93,3% 92,5% 99,1% 98,9% 99,3% 9 HVBD5/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% ID 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 99,7% 81,3% 79,5% 82,3% 74,4% 75,1% 81,3% 80,9% 80,7% 79,3% 79,3% 82,3% 82,3% 82,1% 79,9% 80,1% 80,5% 80,5% 80,7% 80,5% 76,5% 74,0% 74,6% 82,3% 83,3% 89,1% 87,5% 87,3% 93,1% 85,3% 94,1% 93,9% 93,1% 99,7% 99,5% 100,0% 10 HVBD6/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% ID 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 99,5% 81,5% 79,7% 82,5% 74,6% 75,3% 81,5% 81,1% 80,9% 79,5% 79,5% 82,5% 82,5% 82,3% 80,1% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,7% 76,7% 74,2% 74,8% 82,5% 83,5% 89,3% 87,7% 87,5% 92,9% 85,5% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 11 HVBD7/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% ID 99,5% 99,5% 100,0% 100,0% 81,5% 79,5% 82,1% 74,4% 75,1% 81,5% 81,1% 80,9% 79,3% 79,3% 82,1% 82,5% 82,1% 80,1% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,7% 76,5% 74,0% 74,6% 82,5% 83,1% 88,9% 87,3% 87,1% 92,9% 85,1% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 12 HVBD8/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% ID 99,5% 99,5% 99,5% 81,1% 79,3% 82,1% 74,2% 74,8% 81,1% 80,7% 80,5% 79,1% 79,1% 82,1% 82,1% 81,9% 80,1% 80,3% 80,3% 80,3% 80,5% 80,3% 76,3% 73,8% 74,4% 82,1% 83,1% 89,3% 87,7% 87,5% 92,9% 85,5% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 13 HVBD9/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% ID 99,5% 99,5% 81,5% 79,7% 82,1% 74,2% 74,8% 81,5% 81,1% 80,5% 79,5% 79,5% 82,1% 82,1% 81,9% 79,7% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,3% 76,3% 73,8% 74,4% 82,5% 83,5% 89,3% 87,7% 87,5% 92,9% 85,5% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 14 HVTG1/TienGiang/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% ID 100,0% 81,5% 79,5% 82,1% 74,4% 75,1% 81,5% 81,1% 80,9% 79,3% 79,3% 82,1% 82,5% 82,1% 80,1% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,7% 76,5% 74,0% 74,6% 82,5% 83,1% 88,9% 87,3% 87,1% 92,9% 85,1% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 15 HVBD10/BinhDuong/2019 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% ID 81,5% 79,5% 82,1% 74,4% 75,1% 81,5% 81,1% 80,9% 79,3% 79,3% 82,1% 82,5% 82,1% 80,1% 80,3% 80,7% 80,7% 80,9% 80,7% 76,5% 74,0% 74,6% 82,5% 83,1% 88,9% 87,3% 87,1% 92,9% 85,1% 93,9% 93,7% 92,9% 99,5% 99,3% 99,7% 16 Aftopor/2020 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 89,7% 89,7% 89,7% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% ID 80,5% 89,3% 79,9% 80,3% 99,3% 99,3% 85,7% 80,3% 80,3% 89,3% 87,9% 86,3% 84,9% 87,5% 87,9% 87,5% 87,7% 88,9% 80,9% 78,7% 78,3% 84,1% 84,7% 84,1% 84,3% 84,1% 82,1% 85,1% 81,1% 80,9% 81,1% 81,5% 81,3% 81,3% 17 Aftogen/2020 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 86,7% 86,7% 86,7% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 86,7% ID 79,9% 76,5% 76,3% 80,3% 79,9% 78,3% 99,7% 98,9% 80,3% 79,7% 78,7% 77,7% 80,1% 80,3% 80,7% 80,5% 79,5% 77,9% 74,0% 74,2% 78,7% 78,7% 78,9% 79,1% 78,9% 77,9% 79,9% 77,7% 77,5% 78,1% 79,7% 79,5% 79,5% 18 China/2020 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 95,1% 87,3% ID 79,7% 79,7% 89,1% 89,1% 90,5% 79,7% 79,3% 97,9% 92,1% 90,7% 89,3% 88,9% 91,1% 90,7% 90,9% 88,3% 79,7% 78,5% 78,7% 82,7% 83,3% 83,7% 83,3% 83,1% 84,1% 83,9% 82,7% 82,5% 82,5% 82,5% 82,3% 82,3% 19 O/HongKong/3039/2004 (JF968170) 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,3% 84,9% 84,3% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 88,5% 83,7% 88,5% ID 92,5% 80,1% 79,3% 77,7% 76,3% 76,5% 79,9% 79,7% 79,7% 78,3% 79,5% 79,7% 79,7% 79,7% 79,3% 86,1% 90,3% 90,3% 78,7% 78,5% 76,5% 76,5% 75,9% 77,1% 76,5% 74,6% 74,4% 74,4% 74,6% 74,4% 74,4% 20 TAW/12/1998 (KJ606982) 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 83,7% 84,3% 83,7% 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 84,3% 86,7% 83,7% 86,7% 95,7% ID 80,5% 79,7% 78,3% 76,1% 76,3% 80,7% 80,5% 80,5% 79,1% 79,1% 79,5% 79,5% 79,5% 79,5% 86,3% 86,7% 86,7% 78,9% 78,5% 76,5% 76,5% 76,3% 77,5% 76,9% 75,3% 75,1% 75,5% 75,3% 75,1% 75,1% 21 o1manisa iso87/ Turkey (AY593823) 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 99,3% 86,1% 94,5% 89,1% 87,3% ID 99,1% 85,1% 80,1% 80,1% 88,7% 87,7% 86,1% 84,3% 87,7% 87,7% 87,3% 87,5% 88,3% 80,7% 78,9% 78,5% 84,3% 84,9% 83,5% 83,7% 83,5% 81,9% 84,5% 80,7% 80,5% 80,7% 81,5% 81,3% 81,3% 22 O manisa (DI431238) 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 88,5% 88,5% 88,5% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 98,7% 85,5% 93,9% 87,3% 85,5% 98,1% ID 85,1% 79,7% 79,7% 88,7% 87,7% 86,1% 84,3% 87,3% 87,7% 87,3% 87,5% 88,3% 80,3% 78,1% 77,7% 83,9% 84,5% 83,5% 83,7% 83,5% 81,5% 84,9% 80,7% 80,5% 80,7% 81,1% 80,9% 80,9% 23 O/TUR/5/2009 (KP202878) 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 88,5% 88,5% 88,5% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 92,7% 86,1% 95,1% 87,3% 87,3% 92,1% 91,5% ID 78,1% 77,7% 91,3% 93,7% 92,1% 92,7% 87,1% 87,9% 87,9% 87,1% 86,5% 80,3% 76,3% 76,1% 81,9% 82,3% 82,5% 82,5% 82,3% 82,7% 83,1% 81,1% 80,9% 80,1% 80,9% 80,7% 80,7% 24 ouruguay-51 iso51 (AY593837) 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 86,1% 86,1% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 99,3% 86,7% 83,1% 83,1% 85,5% 84,9% 85,5% ID 98,7% 80,1% 79,5% 78,5% 77,9% 79,9% 80,1% 80,5% 80,3% 79,3% 77,7% 73,8% 74,0% 78,5% 78,5% 78,7% 78,9% 78,7% 77,7% 79,7% 77,5% 77,3% 77,9% 79,5% 79,3% 79,3% 25 O1Campos (AJ320488) 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 86,1% 86,1% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 98,1% 85,5% 83,7% 83,7% 85,5% 84,9% 85,5% 97,5% ID 80,1% 79,1% 78,1% 77,1% 79,5% 80,1% 80,1% 79,9% 78,9% 77,5% 73,8% 74,0% 78,9% 78,9% 79,1% 79,3% 79,1% 77,7% 80,1% 77,5% 77,3% 77,5% 79,5% 79,3% 79,3% 26 O/JPN/2000 Japan (AB0790610) 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 90,3% 90,3% 90,3% 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 90,9% 95,1% 87,9% 98,1% 88,5% 87,9% 94,5% 93,9% 96,9% 87,3% 87,3% ID 92,5% 91,1% 90,1% 89,3% 91,3% 90,9% 91,1% 89,3% 80,3% 78,1% 78,3% 82,9% 83,5% 83,9% 83,9% 83,7% 83,9% 84,5% 82,3% 82,1% 81,7% 82,5% 82,3% 82,3% 27 IRN/31/2009 Iran (KY091284) 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 90,3% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 93,3% 86,7% 95,1% 88,5% 87,9% 92,7% 92,1% 96,3% 86,1% 86,1% 96,9% ID 94,3% 93,3% 89,1% 90,3% 90,3% 89,5% 88,1% 81,9% 78,1% 77,9% 83,1% 83,3% 83,7% 83,7% 83,5% 82,7% 84,1% 81,3% 81,1% 81,1% 82,5% 82,3% 82,3% 28 PAK/16/2010 Pakistan (KY091285) 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 92,7% 87,3% 93,9% 88,5% 87,9% 92,1% 91,5% 94,5% 86,7% 86,7% 95,7% 96,3% ID 91,3% 88,1% 87,9% 87,9% 87,5% 87,5% 80,5% 78,5% 77,9% 82,5% 82,7% 83,7% 83,3% 83,1% 83,3% 83,1% 82,1% 81,9% 81,9% 81,9% 82,1% 82,1% 29 EGY 10/2011 Egypt (KC440883) 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 87,9% 87,9% 87,9% 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 88,5% 92,7% 85,5% 95,1% 87,3% 86,7% 92,1% 91,5% 96,3% 86,1% 84,9% 96,9% 96,3% 94,5% ID 87,5% 86,7% 86,7% 86,1% 85,5% 80,9% 77,5% 77,3% 81,7% 81,7% 81,7% 81,9% 81,7% 81,9% 82,3% 80,7% 80,5% 80,1% 80,1% 79,9% 79,9% 30 BHU/3/2009 Bhutan (KM921814) 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 95,7% 86,7% 96,3% 87,3% 86,7% 95,1% 94,5% 95,1% 86,1% 86,1% 97,5% 95,1% 93,9% 95,1% ID 94,9% 94,9% 94,5% 92,9% 79,9% 78,1% 78,3% 84,3% 84,5% 83,3% 82,9% 82,7% 82,1% 83,1% 80,3% 80,1% 79,9% 80,3% 80,1% 80,1% KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 31 O/VIT/16451/2015 VietNam (KY399465) 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 91,5% 91,5% 91,5% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 95,7% 87,9% 96,3% 87,9% 86,7% 95,1% 94,5% 95,1% 87,3% 87,3% 97,5% 95,1% 94,5% 95,1% 96,9% ID 99,5% 98,7% 91,1% 79,9% 77,7% 77,9% 84,5% 85,1% 82,3% 82,3% 82,1% 82,1% 82,9% 80,7% 80,5% 79,9% 80,7% 80,5% 80,5% 32 O/VIT/18280B/2015 VietNam (KY39946) 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 91,5% 91,5% 91,5% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 92,1% 95,7% 88,5% 95,7% 87,9% 86,7% 95,1% 94,5% 94,5% 87,9% 87,9% 96,9% 94,5% 93,9% 94,5% 96,3% 99,3% ID 98,7% 91,1% 79,9% 77,7% 77,9% 84,1% 84,7% 81,9% 81,9% 81,7% 82,1% 82,5% 80,7% 80,5% 79,9% 80,7% 80,5% 80,5% 33 O/LAO/11/2015 Laos (KY399460) 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 90,9% 90,9% 90,9% 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 91,5% 95,1% 87,3% 95,7% 87,9% 86,7% 94,5% 93,9% 94,5% 86,7% 86,7% 96,9% 94,5% 93,9% 94,5% 96,3% 98,7% 98,1% ID 91,3% 79,3% 77,9% 78,1% 84,5% 84,9% 81,7% 81,7% 81,5% 82,3% 82,5% 80,9% 80,7% 80,1% 80,9% 80,7% 80,7% 34 O/MYA/2493/2015 Myanmar (KY399469) 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 89,7% 89,7% 89,7% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 90,3% 96,9% 87,9% 95,7% 87,3% 86,7% 96,3% 95,7% 94,5% 87,3% 87,3% 96,9% 95,1% 93,9% 94,5% 97,5% 96,3% 96,3% 95,7% ID 79,3% 78,3% 78,5% 82,7% 83,1% 83,1% 82,9% 82,7% 81,7% 83,5% 80,5% 80,3% 80,5% 80,7% 80,5% 80,5% 35 O/HKN/21/70 HongKong (AJ294911) 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 86,1% 86,1% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 89,1% 86,1% 89,1% 92,7% 90,9% 88,5% 87,9% 87,9% 85,5% 86,1% 89,1% 89,1% 87,9% 87,9% 87,9% 88,5% 88,5% 87,9% 87,9% ID 83,9% 83,1% 80,3% 80,5% 76,9% 76,7% 76,9% 77,5% 78,3% 76,3% 76,1% 76,5% 76,7% 76,5% 76,5% 36 O/VIT/17-19073/2017 VietNam (MN250314) 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,3% 84,3% 84,3% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 84,9% 87,9% 82,5% 86,7% 94,5% 91,5% 87,9% 86,7% 84,9% 81,9% 82,5% 86,7% 86,1% 86,7% 84,9% 87,3% 87,3% 87,3% 87,3% 86,7% 90,9% ID 97,5% 76,7% 75,9% 74,8% 75,5% 75,3% 75,7% 74,4% 74,4% 74,2% 74,2% 74,2% 74,0% 74,0% 37 O/VIT/18-3766/2018 VietNam (MN250315) 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 84,9% 84,9% 84,9% 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 85,5% 87,3% 81,9% 86,1% 93,9% 90,9% 87,3% 86,1% 84,3% 81,3% 81,9% 86,1% 85,5% 86,1% 84,3% 86,7% 86,7% 86,7% 86,7% 86,1% 90,3% 98,1% ID 77,7% 76,9% 75,9% 76,5% 76,3% 76,3% 75,3% 74,6% 74,4% 74,4% 74,8% 74,6% 74,6% 38 1O/CAM/3/98 Cambodia (AJ294910) 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 88,5% 88,5% 88,5% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 91,5% 84,9% 92,1% 86,1% 84,9% 90,9% 90,3% 91,5% 84,3% 84,3% 93,3% 91,5% 90,3% 91,5% 91,5% 92,7% 92,7% 92,7% 92,1% 86,7% 84,3% 83,7% ID 94,9% 85,3% 84,7% 84,9% 85,1% 86,1% 82,7% 82,5% 82,5% 82,5% 82,3% 82,3% 39 O/VIT/2/97 VietNam (AJ294929) 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 88,5% 88,5% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 89,1% 91,5% 84,3% 90,9% 84,3% 83,1% 90,9% 90,3% 89,7% 83,7% 83,7% 92,1% 91,5% 90,3% 89,7% 89,7% 91,5% 91,5% 90,9% 90,9% 85,5% 82,5% 81,9% 93,3% ID 85,1% 84,5% 84,7% 85,7% 85,9% 83,1% 82,9% 82,9% 83,5% 83,3% 83,3% 40 O/LAO/3/2008 Laos (HQ116181) 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 93,9% 93,9% 93,9% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 93,3% 85,5% 91,5% 84,9% 84,3% 92,7% 92,1% 90,9% 84,9% 84,9% 92,1% 90,3% 89,1% 89,7% 92,1% 92,1% 92,1% 91,5% 93,3% 86,1% 84,3% 84,9% 90,9% 90,9% ID 97,3% 97,1% 90,9% 94,1% 89,7% 89,5% 89,9% 88,9% 89,1% 89,1% 41 O/VN/QB88/2009 VietNam (GU582115) 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 93,3% 93,3% 93,3% 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 93,9% 92,7% 84,9% 90,9% 84,3% 83,7% 92,1% 91,5% 90,3% 84,3% 84,3% 91,5% 89,7% 88,5% 89,1% 91,5% 91,5% 91,5% 90,9% 92,7% 85,5% 83,7% 84,3% 90,3% 90,3% 99,3% ID 99,3% 89,3% 95,3% 87,7% 87,5% 87,9% 87,7% 87,5% 87,5% 42 O/VN/SL01/2010 VietNam (HQ260713) 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 92,7% 92,7% 92,7% 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 93,3% 92,1% 84,3% 90,3% 83,7% 83,1% 91,5% 90,9% 89,7% 83,7% 83,7% 90,9% 89,1% 87,9% 88,5% 90,9% 90,9% 90,9% 90,3% 92,1% 84,9% 83,1% 83,7% 89,7% 89,7% 98,7% 99,3% ID 89,1% 94,7% 87,5% 87,3% 87,7% 87,5% 87,3% 87,3% 43 O/GZ/CHA/2010 China (JN998086) 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 93,9% 93,9% 93,9% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 94,5% 92,1% 85,5% 92,1% 87,3% 86,7% 91,5% 90,9% 90,9% 84,9% 84,9% 92,1% 90,3% 89,1% 90,3% 92,1% 92,7% 92,7% 92,7% 92,7% 87,9% 86,7% 87,3% 92,7% 90,9% 96,9% 96,3% 95,7% ID 87,9% 95,9% 95,7% 94,7% 92,9% 93,1% 93,1% 44 O/VN/HN2/201 VietNam (KM588389) 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,1% 89,1% 89,1% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 90,3% 83,7% 89,7% 83,7% 83,1% 89,7% 90,3% 89,7% 83,1% 83,1% 90,3% 89,1% 87,9% 88,5% 89,7% 89,7% 89,7% 89,7% 90,9% 84,3% 82,5% 82,5% 90,3% 89,1% 95,1% 95,1% 94,5% 93,3% ID 86,3% 86,1% 86,1% 85,5% 85,3% 85,3% 45 O/SKR/2014-JC02D111 Korea (MG257782) 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,3% 97,5% 96,3% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 90,9% 86,1% 90,3% 85,5% 84,9% 90,3% 89,7% 89,1% 85,5% 85,5% 90,3% 88,5% 88,5% 88,5% 90,3% 92,1% 92,1% 92,1% 90,9% 86,1% 84,9% 85,5% 89,7% 88,5% 94,5% 93,9% 93,3% 96,3% 90,9% ID 99,7% 98,3% 93,9% 94,5% 94,1% 46 O/SKR/2015-JC71GHW Korea (MG257786) 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,3% 97,5% 96,3% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 90,9% 86,1% 90,3% 85,5% 84,9% 90,3% 89,7% 89,1% 85,5% 85,5% 90,3% 88,5% 88,5% 88,5% 90,3% 92,1% 92,1% 92,1% 90,9% 86,1% 84,9% 85,5% 89,7% 88,5% 94,5% 93,9% 93,3% 96,3% 90,9% 100,0% ID 98,1% 93,7% 94,3% 93,9% 47 O/SKR/GJ/2016 Korea (KX534089) 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,3% 97,5% 96,3% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 96,9% 90,3% 86,7% 91,5% 84,3% 83,7% 89,7% 89,1% 88,5% 86,1% 84,9% 90,3% 87,9% 87,9% 87,9% 89,7% 91,5% 91,5% 90,9% 90,3% 85,5% 83,7% 84,3% 88,5% 88,5% 94,5% 93,9% 93,3% 95,1% 89,7% 98,7% 98,7% ID 92,9% 93,5% 93,1% 48 O/VN/PT555/2018 VietNam (MN379784) 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 90,3% 87,3% 89,7% 84,9% 84,3% 89,7% 89,1% 89,1% 86,7% 86,7% 90,9% 89,7% 89,7% 88,5% 89,7% 92,1% 92,1% 91,5% 90,3% 86,7% 84,9% 85,5% 89,1% 89,1% 94,5% 93,9% 93,3% 94,5% 89,7% 96,9% 96,9% 96,9% ID 99,3% 99,7% 49 O/VN/HN586/2018 VietNam (MN379788) 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 98,7% 100,0% 98,7% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 99,3% 89,7% 86,7% 89,1% 84,9% 84,3% 89,1% 88,5% 88,5% 86,1% 86,1% 90,3% 89,1% 89,1% 87,9% 89,1% 91,5% 91,5% 90,9% 89,7% 86,1% 84,3% 84,9% 88,5% 88,5% 93,9% 93,3% 92,7% 93,9% 89,1% 97,5% 97,5% 97,5% 99,3% ID 99,5% 50 O/VN/HT44/2018 VietNam (MN379820) 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 99,3% 99,3% 99,3% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 90,3% 87,3% 89,7% 84,9% 84,3% 89,7% 89,1% 89,1% 86,7% 86,7% 90,9% 89,7% 89,7% 88,5% 89,7% 92,1% 92,1% 91,5% 90,3% 86,7% 84,9% 85,5% 89,1% 89,1% 94,5% 93,9% 93,3% 94,5% 89,7% 96,9% 96,9% 96,9% 100,0% 99,3% ID Ghi chú: Tương đồng nucleotide ở phần trên của đường chéo và tương đồng amino acid ở phần dưới của đường chéo
  7. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 gian 10 năm từ 2009 đến 2019; nghĩa là trung năm ở Thổ Nhĩ Kỳ. Tại Đài Loan, Tsai CP et al. bình khoảng 1,14 - 1,51% mỗi năm. Haydon (2000) ghi nhận tần suất biến đổi nucleotide từ D. T. et al. (2001) đã ghi nhận tỷ lệ thay đổi 0,2 – 0,9% trong vòng 2 tháng ở gen VP1 của trình tự nucleotide ở virus LMLM serotype O virus LMLM serotype O phân lập từ heo tại ổ vào khoảng 1,43%/năm ở Philippine và 0,43%/ dịch năm 1997. Hình 2. Cây di truyền dựa trên trình tự nucleotide một phần của gen VP1 - type O của các chủng virus LMLM Cây di truyền được xây dựng theo phương pháp Neighbor-Joining bằng phần mềm MEGA 6.06. Các con số ở mỗi nhánh đại diện cho phần trăm giá trị bootstrap với 1000 lần lặp lại (Giá trị
  8. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 Tre). Hiệu quả miễn dịch của vacxin LMLM phụ Lloyd-Jones et al., 2017), cũng như hiệu quả thuộc không chỉ theo serotype, mà còn liên quan bảo hộ của vacxin LMLM trên thực địa. VP1 đến topotype (Mana Mahapatra et al., 2017; S. là một trong các kháng nguyên quyết định đến Galdo Novo et al., 2017). Phân tích tương đồng di miễn dịch trung hoà, bảo vệ động vật khỏi bệnh truyền ghi nhận sự khác biệt về trình tự nucleotide do virus LMLM. của gen VP1 giữa 15 chủng virus LMLM trong Phân tích độ tương đồng amino acid (bảng 3) nghiên cứu với các chủng virus LMLM trong 3 của 15 chủng virus LMLM thực địa trong nghiên loại vacxin khảo sát năm 2020. Tỷ lệ tương đồng cứu (năm 2019) ghi nhận tỷ lệ tương đồng rất cao chỉ ở mức 78,9 - 82,5%; trong đó tương đồng giữa các chủng (98,7 – 100%), và tương đồng thấp nhất là giữa 15 chủng virus LMLM thực địa khá cao với 6 chủng Mya-98 phân lập tại Việt và chủng virus LMLM vacxin Aftogen (78,9 - Nam trước đó (89,1 – 100%), trong đó tương 79,7%); kế đến là với chủng virus LMLM vacxin đồng thấp nhất với chủng O/VN/HN2/2014 phân Aftopor (80,7 – 81,5%); và cao nhất là với chủng lập năm 2014 (89,1 – 89,7%) và cao nhất là với virus LMLM vacxin CAVac FMD (81,7 – 82,5%). các chủng virus LMLM được công bố ở Việt Kết quả cho thấy có sự khác biệt rất lớn về độ Nam năm 2018 (98,7 – 100%). Van Phan Le et tương đồng trình tự nucleotide giữa 15 chủng al. (2016) cũng ghi nhận tỷ lệ tương đồng rất cao virus LMLM thực địa và các chủng virus LMLM (90,1 - 100%) khi phân tích trình tự amino acid vacxin; dao động trong khoảng 17,5 - 21,1%. Tỷ của các chủng virus LMLM thuộc dòng Mya-98/ lệ khác biệt này lớn hơn giá trị ngưỡng 15% phân SEA topotype phân lập được tại các tỉnh miền chia các topotype virus LMLM dựa theo gen VP1 Bắc Việt Nam trong giai đoạn 2006 – 2014. (OIE, 2004). Tất cả 15 chủng virus LMLM thực địa đều thuộc topotype SEA (Mya-98), trong khi Xét mức độ tương đồng giữa trình tự các chủng virus vacxin thuộc các topotype ME-SA nucleotide và amino acid giữa 15 chủng virus (Aftopor, CAVac FMD), Euro-SA (Aftogen). LMLM thực địa (năm 2019) và các chủng virus LMLM vacxin tham khảo, nghiên cứu ghi nhận Mặt khác, khi so sánh trình tự nucleotide tỷ lệ tương đồng giữa trình tự nucleotide thấp giữa 15 chủng virus LMLM thực địa và 7 chủng hơn rõ so với amino acid, tương ứng là 73,8 – virus LMLM vacxin đã được công bố trên Ngân 81,5% và 83,7 – 90,3%. Virus LMLM có bộ gen hàng Gen (O/Hongkong/3039/2004 (JF968170), là ARN vì thế có tốc độ biến đổi di truyền nhanh, TAW/12/1998 (KJ606982), O1manisa iso87 tuy nhiên sự thay đổi nucleotide có thể không (AY593823), Omanisa (DI431238), O/ làm thay đổi amino acid tương ứng, do vậy tỷ lệ TUR/5/2009 (KP202878), O1campos51 iso51 tương đồng nucleotide thường thấp hơn so với (AY593837) và O1Campos (AJ320488)), tỷ tỷ lệ tương đồng amino acid khi so sánh phân tử lệ tương đồng ghi nhận được ở mức rất thấp, giữa các chủng virus LMLM (Jong-Hyeon Park chỉ trong khoảng 73,8 – 81,5%; trong đó thấp et al., 2018). nhất là với các chủng O/Hongkong/3039/2004 và chủng TAW/12/1998 (tương ứng là 73,8 – Mức tương đồng thấp về trình tự amino acid 74,6% và 74,4 – 75,3%). Kết quả này thấp hơn của VP1 ở 15 chủng virus LMLM thực địa trong so với tỷ lệ 80,7 – 81,5% của các chủng virus nghiên cứu với các chủng virus vacxin LMLM LMLM vacxin Aftopor (2020) trong nghiên (83,7% đến 90,3%), có thể là nguyên nhân lý cứu của chúng tôi. Sự khác biệt quá lớn (18,5 giải chỉ số tương đồng kháng nguyên (r) rất thấp – 26,2%) về trình tự nucleotide gen VP1 của 15 giữa các chủng virus LMM phân lập được trên chủng virus LMLM thực địa và các chủng virus thực địa và chủng virus LMLM vacxin, cũng LMLM vacxin có thể ảnh hưởng đến mức tương như sự thất bại của chương trình tiêm phòng đồng kháng nguyên giữa virus LMLM thực địa vacxin LMLM trên heo tại Việt Nam và một số và vacxin (S. Galdo Novo et al., 2017; Katie quốc gia (Jong-Hyeon Park et al., 2018). 12
  9. KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXVIII SỐ 3 - 2021 IV. KẾT LUẬN 5. Hye-Eun Jo, Mi-Kyeong Ko, Joo-Hyung Choi, Sung Ho Shin, Hyundong Jo, Su-Hwa You, Virus LMLM gây bệnh trên heo trong nghiên Min Ja Lee, Su-Mi Kim, Byounghan Kim, cứu được thu thập mẫu ở một số tỉnh/thành phía Jong-Hyeon Park, 2019. New foot-and-mouth Nam Việt Nam năm 2019 thuộc dòng Mya-98/ disease vaccine, O JC-R, induce complete SEA topotype. Tuy nhiên theo Cục Thú y (2019), protection to pigs against SEA topotype các topotype khác như O-Cathay hay O/ME-SA viruses occurred in South Korea, 2014–2015. dòng PanAsia cũng đã được thông báo lưu hành ở J. Vet. Sci., e42. Việt Nam. Tương tự như ở các quốc gia khác, phân 6. Haydon, D. T., A. R. Samuel, and N. J. tích di truyền cho thấy virus LMLM gây bệnh trên Knowles, 2001. The generation andpersistence heo năm 2019 ở Việt Nam có tốc độ biến đổi nhanh of genetic variation in foot-and-mouth disease (Haydon D. T. et al., 2001; Tsai CP et al., 2000), và virus. Prev. Vet. Med., 51:111–124. có mối quan hệ gần với các chủng virus LMLM gây bệnh trên heo ở Trung Quốc và Hàn Quốc. Kết 7. Tsai CP, Pan CH, Liu MY, Lin YL, Chen CM, quả của nghiên cứu là cơ sở khoa học cho chiến Huang TS, Cheng IC, Jong MH, Yang PC, lược tiêm phòng vacxin LMLM tại Việt Nam, như 2000. Molecular epidemiological studies on foot-and-mouth disease type O Taiwan viruses định kỳ phân tích di truyền và đánh giá sự tương from the 1997 epidemic. Vet. Microbiol., đồng kháng nguyên giữa chủng virus LMLM thực 74(3):207-16. địa và vacxin để có sự lựa chọn vacxin phù hợp, cũng như tăng cường các biện pháp kiểm dịch trong 8. S. Galdo Novo, V. Malirat, E.D. Maradei, A.M. thương mại quốc tế sản phẩm nông nghiệp, nhất là Espinoza, E. Smitsaart, A.R. Pedemonte,N. mua bán heo giống từ các nước vẫn chưa kiểm soát Mattion, I.E. Bergmann, 2017. Antigenic được hoàn toàn bệnh LMLM. and immunogenic spectrum of foot-and- mouth diseasevaccine strain O1 Campos TÀI LIỆU THAM KHẢO against representative viruses of topotypesthat circulated in Asia over the past decade. 1. Cục Thú y, 2019. Nghiên cứu định type và Vaccine, 35, 2303–2307. chủng virus gây bệnh lở mồm long móng trên heo. Tạp chí Chăn nuôi Việt Nam. 9. Jong-Hyeon Park, Dongseob Tark, Kwang- Nyeong Lee, Ji-Eun Chun, Hyang-Sim Lee, 2. Nick J. Knowles, Alan R. Samuel, Paul R. Young-Joon Ko, Soo-Jeong Kye, Yong-Joo Davies, Rebecca J. Midgley and Jean-François Kim, Jae-Ku Oem, Soyoon Ryoo, Sung- Valarcher, 2005. Pandemic strain of foot-and- Bin Lim, Seo-Yong Lee, Joo-Hyung Choi, mouth disease virus serotype O. Emerging Mi-Kyeong Ko, Su-Hwa You, Myoung- Infectious Diseases, Vol. 11, No. 12. Heon Lee, Byounghan Kim, 2018. Control 3. Mana Mahapatra, Sasmita Upadhyaya, Sharie of type O foot-and-mouth disease by Aviso, Aravindh Babu, Geoff Hutchings, Satya vaccination in Korea, 2014–2015. J. Vet. Parida, 2017. Selection of vaccine strains for Sci., 19(2), 271-279. serotype O foot-and-mouth disease viruses 10. Asad Ullah, Mohammad Zahid Mustafa, (2007–2012) circulating in Southeast Asia, Muhammad Azam Kakar, Ferhat Abbas, Sara East Asia and Far East.Vaccine 35, 7147–7153. Naudhani, Jamil Ahmad, 2014. Multiplex one- 4. Galdo Novo S., V. Malirat, E.D. Maradei, A.R. step RT-PCR for detection and serotyping of Pedemonte, A.M. Espinoza, E. Smitsaart, K.N. foot and mouth disease virus in Balochistan. J. Lee, J.H. Park, I.E. Bergmann, 2018. Efficacy App. Em. Sc., Vol 5, Issue 2. of a high quality O1/Campos foot-and- mouth disease vaccine upon challenge with a Ngày nhận 7-1-2021 heterologous Korean O Mya98 lineage virus in Ngày phản biện 11-2-2021 pigs. Vaccine, 36(12): 1570-1576. Ngày đăng 1-5-2021 13
nguon tai.lieu . vn
Nông nghiệp Ngư nghiệp Lâm nghiệp Sinh học Hoá học Ngôn ngữ học Ngân hàng - Tín dụng