- Trang Chủ
- Khoa học tự nhiên
- Phần phụ lục 141 NGLuận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 8UYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG .Phần phụ lục 142 -
Xem mẫu
- Phần phụ lục 141
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 142
- Bảng chú thích các trƣờng và một số nguyên tắc tìm kiếm
Trƣờng Chú thích
(Fields) (Comments)
Trƣờng Locus chứa 1 số những yếu tố dữ liệu khác nhau, bao gồm tên
Locus
Locus, chiều dài trình tự, loại phân tử, khu vực GenBank (division) và
ngày cập nhật.
Locus name trong ví dụ trên là SCU49845.
Locus name
Locus name là một cách trình bày đặc biệt để giúp nhóm những mục từ
(entries) có trình tự tƣơng đồng: ba ký tự đầu tiên thƣờng để chỉ sinh
vật; bốn và năm chữ tiếp theo thƣờng dùng để chỉ những nhóm tên khác
nhƣ: sản phẩm gene, sự phân cấp các mục từ; ký tự cuối cùng là một mã
của dãy những số nguyên.
Tuy nhiên, 10 ký tự trong tên của Locus thì không đủ để cung cấp ý
nghĩa để trình bày một lƣợng lớn thông tin mang ý nghĩa nguồn gốc đặc
biệt chứa đựng trong Locus.
Hiện nay chỉ một quy tắc để thiết kế tên của Locus và nó là duy nhất..
Ví dụ: 1 GenBank record có tên là 6 ký tự accession (nhƣ U12345), tên
của Locus thì thƣờng là ký tự đầu tiên của tên giống và loài, tiếp theo
mới là số accession.
Ví dụ khác: 8 ký tự accession (nhƣ AF123456) thì tên Locus chỉ là số
accession.
Cơ sở dữ liệu RefSeq chứa những trình tự tham khảo cũng đƣợc ấn
định theo chuẩn tên locus với mỗi record, tƣợng trƣng cho gene. RefSeq
tồn tại riêng rẽ với cơ sở dữ liệu GenBank, nhƣng chứa những tham
khảo tƣơng ứng với những record GenBank.
Cách tìm kiếm: Số Accession [ACCN]
Chỉ dẫn: Tìm kiếm số accession tốt hơn là là tìm tên locus, vì số
accession thì ổn định nhƣng tên locus có thể thay đổi.
Là số lƣợng cặp Nucleotide (hoặc chuỗi amino acid) trong record trình
Sequence
tự.
Length
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 143
Ví dụ: Ở record trên, chiều dài trình tự là 5028 bp.
Không có giới hạn tối đa cho kích thƣớc của 1 trình tự đƣợc submit lên
GenBank. Bạn có thể submit cả một genome nếu bạn có thể. Tuy nhiên,
có giới hạn là 350 kb đối với riêng mỗi loại record GenBank.
Chiều dài nhỏ nhất đòi hỏi của một submit là 50 bp, mặc dù có những
record ngắn hơn ở những năm trƣớc.
Cách tìm kiếm: chiều dài trình tự [SLEN]
Chỉ dẫn:
(1) để trích những record với 1 khoảng chiều dài, ta dùng nhƣ sau:
2500:2600[SLEN].
(2) để trích tất cả những trình tự ngắn hơn 1 số chắc chắn nào đó, ta
dùng nhƣ sau: 2:100[SLEN].
(3) để trích tất cả những trình tự dài hơn 1 số chắc chắn nào đó, ta dùng
1 dãy số 9 dùng nhƣ giới hạn trên, ta dùng nhƣ sau: 325000:
99999999[SLEN].
Là loại phân tử của trình tự trong record.
Molecule type
Ví dụ: Ở record trên loại phân tử là DNA
Mỗi record GenBank phải chứa dữ liệu trình tự liên tiếp nhau từ 1 loại
đơn phân tử. Có nhiều loại phân tử khác nhau đã đƣợc mô tả nhƣ:
genomic DNA, genomic RNA, tiền RNA, mRNA (cDNA), ribosomal
RNA, RNA chuyển (transfer RNA), RNA nhân con, và RNA tế bào
chất.
Cách tìm kiếm: đặc tính [PROP]
Chỉ dẫn: nội dung tìm kiếm nên theo định dạng sau đây:
biomol_genomic, biomol_mRNA, …
Các khu vực trong GenBank (GenBank Division).
GenBank
GenBank phân chia record một trong các trƣờng thể hiện ngắn gọn
Division
thuộc bẳng 3 ký tự tóm tắt. Trong ví dụ trên GenBank Division là PLN.
Cơ sở dữ liệu GenBank đƣợc phân thành 17 khu vực:
1. PRI – trình tự động vật có vú phát triển cao (gồm ngƣời, vƣợn, khỉ
đuôi dài…; động vật linh trƣởng).
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 144
2. ROD – trình tự bộ gậm nhấm.
3.MAM – những trình tự loài động vật có vú khác.
4.VRT – những trình tự động vật có xƣơng sống khác.
5.INV – những trình tự động vật không xƣơng sống.
6.PLN – những trình tự thực vật, nấm và tảo.
7.BCT – những trình tự vi khuẩn.
8.VRL – những trình tự virut.
9.PHG – những trình tự thực khuẩn
10.SYN – những trình tự nhân tạo.
11.UNA – những trình tự không chú thích.
12. EST – những trình tự EST (expressed sequence tags)
13.PAT – những trình tự có bằng công nhận sáng chế.
14.STS – những trình tự STS (sequence tagged sites)
15.GSS - những trình tự GSS (genome survey sequences)
16.HTG – những trình tự HTG (high-throughput genomic sequences)
17.HTC – unfinished high-throughput cDNA sequencing
Một vài khu vực chứa những trình tự từ những nhóm sinh vật cụ thể,
trong khi đó những khu vực khác (EST, GSS, HTG, …), chứa dữ liệu
tạo ra bằng kỹ thuật giải trình tự đặc biệt từ nhiều sinh vật khác nhau.
Cách tìm kiếm: đặc tính [PROP]
Chỉ dẫn: nội dung tìm kiếm nên đƣợc định dạng sau: gbdiv_pri,
gbdiv_est, …, ví dụ để loại trừ tất cả những trình tự từ những khu vực
đặc biệt nhƣ ESTs, bạn có thể dùng nội dung lệnh nhƣ sau:
human[ORGN] NOT gbdiv_est[PROP]
Thay thế những cách ở trên, không dùng GenBank divisions để trích tất
cả trình tự từ 1 sinh vật đặc biệt, ta dùng NCBI Taxonomy Browser.
Ngày trong trƣờng Locus là ngày cập nhật cuối cùng của Record
Modification
Ví dụ: Ngày cập nhật sau cùng của record trên là 21-06-1999.
Date
Cách tìm kiếm: ngày cập nhật [MDAT]
Chỉ dẫn:
(1) nhập vào nội dung tìm kiếm theo dạng sau: năm/tháng/ngày (ví dụ:
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 145
1999/07/25)
(2) để trích những record đƣợc bổ sung giữa 2 ngày, dùng dấu hai chấm
trong lệnh nhƣ sau: 1999/07/25:1999/07/31[DMAT].
(3) Bạn có thể dùng trƣờng ngày xuất bản [PDAT] của Entrez để giới
hạn kết quả tìm kiếm (bởi ngày này đƣợc thêm vào trong hệ thống của
Entrez). Ngày xuất bản có thể đƣợc thay đổi giống nhƣ ngày ngày cập
nhật.
Mô tả vắn tắt về trình tự; bao gồm những thông tin nhƣ nguồn gốc sinh
Definition
vật, tên gene/tên protein, hoặc một vài mô tả của chức năng trình tự
(nếu trình tự là không mã hóa). Nếu trình tự là một vùng mã hóa (CDS),
những mô tả có thể đƣợc đầy đủ hơn nhƣ “complete cds”.
Cách tìm kiếm: từ tiêu đề [TITL]
Chỉ dẫn: Mặc dù những dòng định nghĩa theo một cấu trúc định dạng,
nhƣng GenBank không dùng từ ngữ đƣợc kiểm soát và tác giả sẽ quyết
định nội dung của record. Vì vậy, nếu tìm kiếm một nội dung đặc biệt
mà không lấy đƣợc những record mong muốn, hãy cố gắng những nội
dung khác mà tác giả đã dùng, nhƣ là từ cùng nghĩa, từ đầy đủ, hoặc
một chữ viết tắt. Chức năng “related records” (hoặc “neighbors”) của
Entrez còn cho phép bạn mở rộng tìm kiếm của bạn bằng cách trích
những record với những trình tự tƣơng tự, những nội dung mô tả không
quan tâm đƣợc dùng bởi ngƣời submit.
Cách tìm kiếm: accession [ACCN]
Accession
Chỉ dẫn: Những từ trong accession number có thể đƣợc viết nhƣ trên.
Riêng số RefSeq accession phải chứa 1 dấu gạch giữa những từ và số
nhƣ NM_002111.
Là số dùng nhận dạng một trình tự nucleoide, nó chỉ có một, trình tự
Version
đặc trƣng trong cơ sở dữ liệu GenBank. Số xác định này thƣờng đƣợc
định dạng accession.version theo qui ƣớc của GenBank/EMBL/DDBJ
vào tháng 2 năm 1999.
Nếu bạn có bất kỳ thay đổi trong dữ liệu trình tự (kể cả một base), số
version sẽ đƣợc tăng nhƣ U12345.1 → U12345.2, nhƣng phần
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 146
accession vẫn giữ ổn định.
Hệ thống xác định accession.version của trình tự chạy song song với hệ
thống số GI, khi có bất kỳ sự thay đổi đƣợc tạo ra ở một trình tự, hệ
thống sẽ tự trích ra một số GI mới và tăng số version của nó lên một.
Công cụ duyệt lại trình tự (Sequence Revision History) có nhiệ m vụ
theo dõi những số GI khác nhau, những số version và cập nhật ngày cho
trình tự khi có sự xuất hiện một record đặc biệt ở GenBank.
Cách tìm kiếm: dùng chuẩn chọn lựa của “All Fields’.
“GenInfo Identifier” là số nhận dạng trình tự, trong trƣờng hợp này, là
GI
trình tự nucleotide. Nếu một trình tự thay đổi theo bất kỳ cách nào, một
số GI mới sẽ đƣợc ấn định.
Một số GI riêng lẽ còn đƣợc ấn định với mỗi protein đƣợc dịch trong
phạm vi một record trình tự nucleotide, và một số GI mới sẽ đƣợc ấn
định nếu sự dịch protein thay đổi theo bất kỳ cách nào.
Sự xác định số GI trình tự chạy song song với hệ thống xác định
accession.version mới của trình tự.
Công cụ duyệt lại trình tự (Sequence Revision History) có nhiệm vụ
theo dõi những số GI khác nhau, những số version và cập nhật ngày cho
trình tự khi có sự xuất hiện một record đặc biệt ở GenBank.
Cách tìm kiếm: dùng chuẩn chọn lựa của “All Fields’
Cách tìm kiếm: từ khóa [KYWD]
Keyword
Chỉ dẫn: Bởi vì những từ khóa thì không có mặt trong nhiều records,
điều đó thì không tốt khi tìm kiếm. Thay vào đó, tìm kiếm tất cả các
trƣờng [ALL], tìm trƣờng từ text [WORD], hoặc tìm trƣờng từ tiêu đề
[TITL], để thu hẹp những kết quả tìm đƣợc.
Cách tìm kiếm: Organism [ORGN]
Source
Chỉ dẫn: Một vài sinh vật đƣợc thiết lập với tên gọi thông thƣờng, nhƣ
là men bánh mì, chuột, và ngƣời, một tìm kiếm với tên thông thƣờng sẽ
cho kết quả giống nhƣ tìm kiếm với tên đặc biệt, …, một tìm kiếm với
tên “baker‟s yeast” trong trƣờng Organism sẽ cho kết quả giống nhƣ
tìm với tên “Saccharomyces cerevisiae”. Đây là một điều đúng bởi
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 147
trƣờng Organism đã đƣợc kết nối với cơ sở dữ liệu NCBI Taxonomy,
nơi chứa những tham khảo giữa tên thông thƣờng, tên đặc biệt và
những sinh vật tƣơng đồng đã đƣợc giữ trong cơ sở dữ liệu trình tự.
Cách tìm kiếm: sinh vật [ORGN]
Organism
Chỉ dẫn: Bạn có thể tìm kiếm ở trƣờng Organism bởi bất kỳ nội dung
nào (node) trong hệ thống phân loại (taxonomic hierarchy), …, nhƣ bạn
có thể tìm kiếm nội dung “Saccharomyces cerevisiae”,
“Saccharomycetales”, “Ascomycota”, … để trích tất cả những trình tự
từ những sinh vật đã đƣợc nhóm đặc biệt.
Cách tìm kiếm: Những trƣờng con khác nhau dƣới mục References thì
Reference
có thể tìm kiếm ở trang tìm kiếm Entrez với những trƣờng nhƣ bên
dƣới.
Danh sách những tác giả trong nhóm, xuất hiện trong bài báo.
Authors
Cách tìm kiếm: tác giả [AUTH]
Chỉ dẫn: Nhập tên tác giả vào trong khung: tên thật (không có gì sau
chữ đầu). Ban đầu có thể đƣợc bỏ qua. Sự cắt gọn còn có thể đƣợc dùng
để trích tất cả tên tác giả bắt đầu với chuỗi ký tự, nhƣ: Richards* hoặc
Boguski M*.
Cách tìm kiếm: text word [WORD]
Title
Chú ý: Về những record trình tự, trƣờng Title Word [TITL] của Entrez
tìm kiếm ở dòng Definition, không có những Titles của References
đƣợc liệt kê ở record. Vì thế, phải dùng trƣờng Text Word để tìm kiếm
những chủ đề của References.
Chỉ dẫn: Nếu tìm kiếm cho một nội dung đặc biệt không trích đƣợc
những record mong muốn, hãy cố gắng với những nội dung khác mà
những tác giả đó phải dùng, nhƣ: cụm từ cùng nghĩa, câu đầy đủ, hoặc
chữ viết tắt. Chức năng “những Record có liên quan (related records)”
của tìm kiếm Entrez còn cho phép bạn mở rộng tìm kiếm của bạn bởi
những record trích đƣợc với những trình tự tƣơng đồng, không quan
tâm đến những nội dung đƣợc diễn tả bởi những ngƣời submit.
MEDLINE là chữ viết tắt của tên một tạp chí.
Journal
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 148
Cách tìm kiếm: Journal Name [JOUR]
Chỉ dẫn: tên tạp chí có thể đƣợc nhập vào chữ đầy đủ hoặc viết tắt của
MEDLINE. Bạn có thể tìm kiếm trƣờng tên tạp chí trong danh mục
(Index) để xem danh mục cho trƣờng đó và chọn một hoặc nhiều tên tạp
chí nhập vào trong tìm kiếm của bạn.
Số xác định duy nhất trên MEDLINE (UID).
MEDLINE
Những sự tham khảo bao gồm MEDLINE UIDs chứa những liên kết từ
record trình tự đến record MEDLINE tƣơng ứng. Ngƣợc lại, những
record MEDLINE chứa số Accession trong trƣờng SI (secondary source
identifier - nguồn xác định thứ cấp) chứa những liên kết ngƣợc lại
record trình tự.
Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide
và protein bởi số MEDLINE UID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm ở cơ
sở dữ liệu tài liệu (PubMed) của Entrez cho MEDLINE UID, và sau đó
liên kết tới những record trình tự có quan hệ.
Số xác định PubMed (PMID).
PUBMED
Những tham khảo bao gồm IDs PubMed chứa những liên kết từ record
trình tự tới record PubMed tƣơng ứng. Ngƣợc lại, những record
PubMed chứa số Accession trong trƣờng SI (nguồn ID thứ cấp) chứa
những liên kết ngƣợc lại record trình tự.
Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide
và protein bởi số PubMed ID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm tài liệu ở
cơ sở dữ liệu PubMed của Entrez cho số PubMed ID, và sau đó liên kết
đến những record trình tự có quan hệ.
Thông tin liên lạc của ngƣời submit, nhƣ là viện/cơquan và địa chỉ bƣu
Direct
điện. Đây là sự trích dẫn sau cùng trong trƣờng References. Một vài
Submission
record cũ không chứa tham khảo “Direct Submission”. Tuy nhiên, nó
đƣợc yêu cầu trong tất cả những record mới.
Trƣờng con Authors chứa tên của ngƣời submit, Title chứa những từ
“Direct Submission”, và Journal chứa địa chỉ.
Ngày của trƣờng con Journal là ngày mà tác giả sửa submission. Trong
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 149
nhiều trƣờng hợp, nó còn là ngày mà trình tự đƣợc thừa nhận bởi nhóm
GenBank.
Cách tìm kiếm: dùng Field Author [AUTH] nếu tìm kiếm theo tên của
tác giả. Dùng All Fields [ALL] nếu tìm kiếm với những thông tin về tác
giả nhƣ địa chỉ tác giả, …(ví dụ: Yale University). Chú ý, những record
đƣợc trích lấy phải chứa tên của cơ quan trong trƣờng (field) nhƣ lời
dẫn giải, nhiều chi tiết phần tham khảo Submit trực tiếp, vì thế bạn có
thể lấy một vài danh mục sai.
Chỉ dẫn: thỉnh thoảng có một sự hữu dụng khi dùng cả từ đủ nghĩa kết
hợp với từ viết tắt trong tìm kiếm, ví dụ “Washington University” OR
“WashU”, bởi vì việc viết đúng đƣợc dùng cũng có một sức mạnh
riêng.
Chứa thông tin về các gene và những sản phẩm của gene, chính xác là
FEATURES
những vùng sinh học quan trọng đƣợc báo cáo lên trong một record
trình tự. Những điều này bao gồm những vùng trình tự mã hóa những
phân tử protein và phân tử RNA, đúng hơn là có một đặc trƣng
(fearures) khác nhau.
Một danh sách feature hoàn chỉnh có thể có những phần sau đây:
(có thể xem chi tiết hơn ở Appendix III, Appendix IV trong phần
3.4.12.1 của file GenBank notes).
Một record mẫu đƣợc đƣa ra ở trên chỉ bao gồm một số nhỏ những
thành phần của features (nhƣ nguồn, CDS, và gene, tất cả những mô tả
bên dƣới nó). Những phần Features khác, bên dƣới, cung cấp những
liên kết tới một vài GenBank record mà ở đó có trình diễn những
feature truyền thống khác.
Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY]
Chỉ dẫn: để xem danh các features có sẵn, tham khảo Bảng Feature
(phiên bản 6.2). Sau đó, bạn có thể chọn một hoặc nhiều feature từ
trong danh mục bao gồm luôn yêu cầu của bạn. Ví dụ, bạn có thể giới
hạn tìm kiếm của bạn tới những record chứa vừa primer gắn lẫn đặc
tính promoter.
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 150
Cách tìm kiếm: All Fields [ALL] bạn có thể dùng để tìm kiếm một vài
source
yếu tố trong trƣờng source, nhƣ chủng loại, dòng, loại mô.
Dùng trƣờng Sequence Length [SLEN] để tìm kiếm chiều dài và trƣờng
Organism [ORGN] để tìm kiếm tên sinh vật.
Là số ID duy nhất, ổn định của phân loại nguồn gốc sinh vật. Số phân
Taxon
loại ID đƣợc ấn định cho mỗi phân loại (loài, giống, họ, …) trong cơ sở
dữ liệu NCBI.
Cách tìm kiếm: Số ID phân loại thì không thể tìm kiếm trong trƣờng
Organism của trang Entrez nhƣng có thể tìm kiếm ở trang Taxonomy
Browser.
CDS Coding sequence.
Trình tự mã hóa; là vùng nucleotide tƣơng ứng với trình tự amino acids
trong một phân tử protein (vị trí từ codon mở đều cho đến codon kết
thúc). Điểm đặc trƣng của CDS bao gồm sự dịch amino acid. Tác giả có
thể chỉ rõ CDS tự nhiên bằng cách dùng từ hạn định
“/evidence=experimental” hoặc “/evidence=not_experimental”.
Ngƣời gởi còn đƣợc khuyến khích chú giải phần đặc tính của mRNA,
bao gồm vùng không mã hóa 5‟ (5‟UTR), trình tự mã hóa (CDS, exon),
và vùng mã hóa 3‟.
Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY]
Chỉ dẫn: Bạn có thể dùng trƣờng này để giới hạn tìm kiếm của bạn
những record chứa 1 đặc tính (feature) đặc biệt, nhƣ CDS. Để làm hiện
lên danh mục những đặc tính có giá trị, xem trƣờng Feature Key trong
chọn lựa danh mục.
) hay
trên mạch bổ sung (complement(3300..4037)).
Số xác định trình tự protein, tƣơng tự số version của trình tự nucleotide.
protein_id
Cách tìm: sử dụng “All Fields”
“GenInfo Identifier” số xác định trình tự, trong trƣờng hợp này cho sản
GI
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 151
phẩm protein.
Cách tìm: “All Fields”
Sự dịch mã aminoacid tƣơng ứng CDS. Trong nhiểu trƣờng hợp, sự
translation
dịch mã chỉ là giả định.
Cách tìm: không thể dùng Entrez tìm kiếm trƣờng con translation. Nếu
bạn muốn dùng chuỗi amino acid nhƣ query để lấy trình tự protein
tƣơng đồng, dùng BLAST.
Vùng sinh học quan tâm đƣợc xác định nhƣ là gene và đƣợc đặt tên.
gene
Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY]
Chỉ ra rằng đặc tính nằm trên mạch bổ sung.
complement
Các đặc tính Trong các record khác chỉ ra rất nhiều đặc tính sinh học khác. Ví dụ:
AF165912 (gene, promoter, TATA signal, mRNA, 5'UTR, CDS,
khác
3'UTR)
AF090832 (protein bind, gene, 5'UTR, mRNA, CDS, 3'UTR)
L00727 (alternatively spliced mRNAs)
Số lƣợng A, C, T, G trong trình tự.
BASE
COUNT
Thông tin trình tự bắt đầu ngay sau từ ORIGIN.
ORIGIN
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 152
PHỤ LỤC C
BẢNG THỐNG KÊ CÁC PRIMER DÙNG TRONG CHẨN ĐOÁN GMO
(Tổng hợp từ các tài liệu tham khảo 15, 16, 17, 20, 21, 23, 25, 27, 31, 34, 36, [12] )
STT Species Events PCR system Name Target gene Orientation Sequence
maize Mapping integrated
YieldGard®
1 MON810 cryIA(b) CRY2235R CryIA(b) Reverse primer 5'-GATGTAGCCGCGGAGCTGGTAGCGAGTGTAA-3'
CRY2571R Reverse primer 5'-GCTTCTCGCGCTTGTCCCTCCACTTCTTCTCA-3'
2 3-junction PCR CRY2388F Forward primer 5'-GCCCACCACAGCCACCACTTCTCC-3'
GENOMONR Reverse primer 5'-TCCCGAGCTCATGGCGAAAAATCAC-3'
3 TAIL-PCR CRY1213F Forward primer 5'-GGCACGGTGGATTCCCTGGACGAGAT-3'
CRY1825F Forward primer 5'-GTCACCTTCGAAGCCGAGTACGACCTGGAGAG-3'
AD2a Arbitrary primer 5'-(AGCT)GTCGA(GC)(AT)GA(AGCT)A(AT)GAA-3'
4 Long PCR 810Fb Forward primer 5'-CGAAGGACTCTAACGTTTAACATCCT-3'
GENOMONR Reverse primer 5'-TCCCGAGCTCATGGCGAAAAATCAC-3'
Real-time
5 quantitative PCR MONF Forward primer 5'-CAAGTGTGCCCACCACAGC-3'
MONR Reverse primer 5'-GCAAGCAAATTCGGAAATGAA-3'
FAM-5‟-CGACCTGAACGAGGACTTTCGGTAGCC-3‟-TAMRA
7 MONP Forward probe
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 153
Brassica BnACCg8
6 napus real-time acc1 (X77576) Forward primer 5'-GGTGAGCTGTATAATCGAGCGA-3'
real-time and
conventional acc2 Reverse primer 5'-GGCGCAGCATCGGCT-3'
7 conventional acc3 Forward primer 5'-GAGAATGAGGAGGACCAAGCTC-3'
real-time accp Probe 5'-AACACCTATTAGACATTCGTTCCATTGGTCGA-3'
8 Lectin1 Le1 (soya lectin) 5'-GACGCTATTGTGACCTCCTC-3'
Lectin6 Le1 (soya lectin) 5'-GAAAGTGTCAAGCTTAACAGCGACG-3'
EPSPS (specific
for Roundup
Ready® Soya)
9 RRO1 5'-TGGCGCCCAAAGCTTGCATGGC-3'
EPSPS (specific
for Roundup
RRO4 Ready Soya) 5'-CCCCAAGTTCCTAAATCTTCAAGT-3'
Ivr (maize
10 maize Ivr1A invertase) 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3'
Ivr (maize
Ivr1B invertase) 5'-GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC-3'
Cry1A(b) (specific
11 maize Cry1Ab for Bt Maize) 5'-ACCATCAACAGCCGCTAGAACGACC-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 154
Cry1A(b) (specific
Cry1As for Bt Maize) 5'-TGGGGAACAGGCTCACGATGTCCAG-3'
12 maize CryIA(b)-V3 I41419 5'-CCTGACCAAGAGCACCAACCTGG-3'
CryIA(b)-V4 I41419 5'-GCTCATGGTGGCGCTGAAGTTGC-3'
13 MSS-S AF023159 5'-TCAACATCCGTGGATTGCATC-3'
MSS-A AF023159 5'-TTCAGGGAAATCATCAGTTAATTGC-3'
polygalacturonase
(PG) gene from
Tomato Lycopersicon
14 tomato Nema 282F Single PCR PG34L esculentum Mill. Forward primer 5'-GGATCCTTAGAAGCATCTAGT-3'
nos terminator
from
Agrobacterium
t-Nos tumefaciens Reverse primer 5'-CATCGCAAGACCGGCAACAG-3'
polygalacturonase
15 PG34L gene (PG) Forward primer 5'-ggATCCTTAgAAgCATCTAgT-3'
PG34R Reverse primer 5'-CGTTGGTGCATCCCTGCATGG-3'
Tomato CaMV 35S
16 tomato Nema 282F Single PCR 35S-1 promoter Forward primer 5'-GCTCCTACAAATGCCATCA-3'
35S-2 Reverse primer 5'-GATAGTGGGATTGTGCGTCA-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 155
maize calcium-
dependent protein
kinase (CDPK)
promoter and
synthetic cryIA(b)
17 maize Event 176 Single PCR Cry03 gene Forward primer 5'-CTCTCGCCGTTCATGTCCGT-3'
Cry04 Reverse primer 5'-GGTCAGGCTCAGGCTGATGT-3'
18 IVR1-F invertase gene Forward primer 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3'
IVR1-R Reverse primer 5'-GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC-3'
35S promoter and
chloroplast-transit-
signal peptide
(CTP) from
Roundup Petunia
19 soya Ready TM Single PCR p35S-af2 hybridaepsps gene Forward primer 5'-TGATGTGATATCTCCACTGACG-3'
petu-ar1 Reverse primer 5'-TGTATCCCTTGAGCCATGTTGT-3'
20 GM03 lectin gene Forward primer 5'-GCCCTCTACTCCACCCCCATCC-3'
GM04 Reverse primer 5'-GCCCATCTGCAAGCCTTTTTGTG-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 156
maize calcium-
dependent protein
kinase (CDPK)
promoter and
synthetic cryIA(b)
21 maize Event 176 Competitive PCR Cry03 gene Forward primer 5'-CTCTCGCCGTTCATGTCCGT-3'
Cry04 Reverse primer 5'-GGTCAGGCTCAGGCTGATGT-3'
Tomato
22 Tomato Nema 282F Single PCR NOS-1 NOS-Terminator Forward primer 5'-GAATCCTGTTGCCGGTCTTG-3'
NOS-3 Reverse primer 5'-TTATCCTAGTTTGCGCGCTA-3'
Neomycin
phospho-
Tomato transferase (nptII)
23 Tomato Nema 282F Single PCR APH2 short gene Forward primer 5'-CTCACCTTGCTCCTGCCGAGA-3'
APH2 reverse Reverse primer 5'-CGCCTTGAGCCTGGCGAACAG-3'
Neomycin
phospho-
Tomato transferase gene
24 Tomato Nema 282F Single PCR TN5-1 (nptII) Forward primer 5'-GGATCTCCTGTCATCT-3'
TN5-2 Reverse primer 5'-GATCATCCTGATCGAC-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 157
maize calcium-
dependent protein
kinase (CDPK)
promoter and
synthetic cryIA (b)
25 maize Event 176 Single PCR btsyn-bf1 gene Forward primer 5'-TCGACATCAGCCTGAGCCTG-3'
btsyn-br1 Reverse primer 5'-TGGTTGATCAGCTGCTCGATC-3'
Roundup CaMV 35S
26 soya Ready TM Single PCR 35S-1 promoter Forward primer 5'-GCTCCTACAAATGCCATCA-3'
35S-2 Reverse primer 5'-GATAGTGGGATTGTGCGTCA-3'
hygromycin
phospho-
transferase (hph)
27 potato B33-INV Single PCR B1 gene Forward primer 5'-CGCCGATGGTTTCTACAA-3'
B2 Reverse primer 5'-GGCGTCGGTTTCCACTAT-3'
cloroplast tRNA
28 A1 gene Forward primer 5'-CGAAATCGGTAGACGCTACG-3'
A2 Reverse primer 5'-GGGGATAGAGGGACTTGAAC-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 158
pollen-specific
promoter of the
calcium-dependent
protein kinase
(CDPK) and cryIA
(b) gene (Bacillus
thuringiensis
29 maize Event 176 Single PCR Cry05 toxin) Forward primer 5'-CCGCAGCCGATCCAACAATG-3'
Cry06 Reverse primer 5'-GCTGATGTCGATGGGGGTGTAG-3'
CaMV 35S
promoter and
chloroplast-transit-
signal
peptide (CTP )
from Petunia
Roundup hybrida EPSPS
30 soya Ready TM Simplex Real Time RR1-F gene Forward primer 5'-CATTTGGAGAGGACACGCTGA-3'
RR1-R Reverse primer 5'-GAGCCATGTTGTTAATTTGTGCC-3'
31 GM1-F lectin gene Forward primer 5'-CCAGCTTCGCCGCTTCCTTC-3'
GM1-R Reverse primer 5'-GAAGGCAAGCCCATCTGCAAGCC-3'
32 GM01 lectin gene Forward primer 5'-TGCCGAAGCAACCAAACATGATCCT-3'
GMO2 Reverse primer 5'-TGATGGATCTGATAGAATTGACGTT-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 159
35S promoter and
chloroplast-transit-
signal peptide
(CTP) from
Roundup Petunia hybrida
33 soya Ready TM GM07 epsps gene Forward primer 5'-ATCCCACTATCCTTCGCAAGA-3'
GM08 Reverse primer 5'-TGGGGTTTATGGAAATTGGAA-3'
CaMV 35S
34 maize Event 176 35S-cf3 promoter Forward primer 5'-CCACGTCTTCAAAGCAAGTGG-3'
35S-cr4 Reverse primer 5'-TCCTCTCCAAATGAAATGAACTTCC-3'
Roundup
maize and Ready TM
35 soya and Bt 176 HA-nos118-f NOS terminator Forward primer 5'-GCATGACGTTATTTATGAGATGGG-3'
HA-nos118-r Reverse primer 5'-GACACCGCGCGCGATAATTTATCC-3'
Roundup CaMV 35S
36 soya Ready TM Double Competitive p35S-cf3 promoter Forward primer 5'-CCACGTCTTCAAAGCAAGTG-3'
p35S-cr4 Reverse primer 5'-TCCTCTCCAAATGAAATGAACTTCC-3'
37 sole-af1 lectin gene Forward primer 5'-GACGCTATTGTGACCTCCTC-3'
sole-cr4-1 Reverse primer 5'-TCTTTGTCCCAAATGTGGATG-3'
CaMV 35S
38 maize Event 176 Double Competitive p35S-af1u promoter Forward primer 5'-GGGTCTTGCGAAGGATAGTG-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
- Phần phụ lục 160
p35S- ar1 Reverse primer 5'-CCTACAAATGCCATCATTGCG-3'
high mobility
group (hmgA)
39 HMG-af1 gene Forward primer 5'-GAAATCCCTGAGCGAGTCGGTA-3'
HMG-ar1 Reverse primer 5'-GCGATGGCCTTGTTGTACTCGA-3'
CaMV 35S
40 maize Event 176 Competitive 35S-A promoter Forward primer 5'-AAGGGTCTTGCGAAGGATAG-3'
35S-B Reverse primer 5'-AGTGGAAAAGGAAGGTGGCT-3'
41 maize Event 176 CRYIA3 cryIA(b)-gene Forward primer 5'-CCGCACCCTGAGCAGCAC-3'
CRYIA4 Reverse primer 5'-GGTGGCACGTTGTTGTTCTGA-3'
42 SL1 lectin gene Forward primer 5'-ATGGGCTTGCCTTCTTTCTC-3'
SL2 Reverse primer 5'-CCGATGTGTGGATTTGGTG-3'
Roundup CP4 EPSPS
43 soya Ready TM RRS-F transgene Forward primer 5'-GGCATGTTGTTAATTTGTGCCAT-3'
RRS-R Reverse primer 5'-GAAGTTCATTTCATTTGGAGAGGAC-3
44 Lectin-F lectin gene Forward primer 5'-TCCACCCCCATCCACATTT-3'
Lectin-R Reverse primer 5'-GGCATAGAAGGTGAAGTTGAAGGA-3'
Roundup CaMV 35S
45 soya Ready TM 35S-F promoter Forward primer 5'-GCCTCTGCCGACAGTGGT-3'
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
nguon tai.lieu . vn