1. Trang Chủ
  2. Nông nghiệp
  3. Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y

Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y

Bài viết Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y trình bày kết quả từ hai nghiên cứu ban đầu, cho thấy tiềm năng ứng dụng của metagenomics trong lĩnh vực thú y. Trong nghiên cứu đầu tiên, chúng tôi sử dụng phương pháp 16s rRNA metagenomics để phân tích các mẫu sữa từ bò lành, bò viêm vú nhẹ và bò viêm vú nặng. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 METAGENOMICS - PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH HỆ VI SINH MÔI TRƯỜNG CÓ

Thể loại Tài liệu miễn phí Nông nghiệp

Số trang 7

Ngày tạo 4/9/2023 5:34:42 AM +00:00

Loại tệp PDF

Kích thước 8.77 M

Tên tệp

Tải Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh mô... (.pdf)

Xem mẫu

  1. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 METAGENOMICS - PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH HỆ VI SINH MÔI TRƯỜNG CÓ NHIỀU TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG TRONG THÚ Y Huỳnh Văn Phúc1, Lê Lan Anh1, Nguyễn Thụy Vy2, Nguyễn Thị Diệu Ái1, Trần Huỳnh Bảo Nam1 và Hồ Huỳnh Thùy Dương2* Tóm tắt Metagenomics, phương pháp phân tích hệ vi sinh trong mẫu thông qua các trình tự DNA đặc trưng thu nhận được, cho phép đồng thời xác định sự hiện diện các vi sinh vật trong mẫu, cũng như dự đoán các con đường chức năng của chúng. Trong báo cáo này, chúng tôi trình bày kết quả từ hai nghiên cứu ban đầu, cho thấy tiềm năng ứng dụng của metagenomics trong lĩnh vực thú y. Trong nghiên cứu đầu tiên, chúng tôi sử dụng phương pháp 16s rRNA metagenomics để phân tích các mẫu sữa từ bò lành, bò viêm vú nhẹ và bò viêm vú nặng. Kết quả cho thấy một mẫu sữa từ bò viêm vú nặng có sự hiện diện của chi Pseudomonas spp. với tỉ lệ rất cao (96,7%). Trong nghiên cứu thứ hai, bằng cách sử dụng phương pháp shotgun metagenomics chúng tôi đã xác định được một số tác nhân gây bệnh chưa được ghi nhận trước đây trên mẫu phân mèo bị tiêu chảy, bao gồm Escherichia virus Goslar và Protoparvovirus sp. Bên cạnh đó, kết quả phân tích còn cho thấy sự xuất hiện của một số gene kháng kháng sinh trong hệ vi sinh ở phân mèo bệnh. Như vậy, metagenomics không chỉ cho phép nhận diện các chỉ dấu vi sinh đặc trưng cho tình trạng sức khoẻ ở vật nuôi, mà còn đặc biệt hữu ích khi cần phát hiện tác nhân gây bệnh mới. Từ khóa: Bò sữa viêm vú, giải trình tự thế hệ mới, metagenomics, mèo. METAGENOMICS - A METHOD FOR ANALYSIS OF MICROBIAL COMMUNITIES HAS A LOT OF POTENTIAL APPLICATIONS IN VETERINARY FIELD Abstract Metagenomics, a method of analyzing the microbiome in a sample through the obtained specific DNA sequences, allows simultaneously determining the presence of microorganisms in the sample, as well as predicting their functional pathways. In this report, we present results from two initial studies, suggesting the potential application of metagenomics in the veterinary field. In the first study, we used 16s rRNA metagenomics to analyze milk samples from healthy cows, mild mastitis cows and severe mastitis cows. The results showed that a milk sample from cows with severe mastitis had the presence of genus Pseudomonas spp. with a very high proportion (96.7%). In the second study, using shotgun metagenomics we identified previously unrecognized pathogens in cat feces with diarrhea, including Escherichia virus Goslar and Protoparvovirus sp. Moreover, the results also showed the occurrence of several antibiotic resistance genes in infected cat feces. Thus, metagenomics not only allows the identification of microbiological markers specific to health status in animals, but also is especially useful for detecting novel pathogens. Keywords: Bovine mastitis, feline, metagenomics, next generation sequencing. 1. MỞ ĐẦU Trong lĩnh vực chăn nuôi và thú y, việc bao gồm công tác chẩn đoán, phòng ngừa, và nhận diện chính xác tác nhân gây bệnh có vai điều trị. Các phương pháp vi sinh, sinh hoá trò chủ chốt trong việc kiểm soát dịch bệnh thông dụng hiện nay thiếu tính đặc hiệu và/ 1 Công ty TNHH Khoa Học KTest; 2 Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG TP. Hồ Chí Minh; * Tác giả liên hệ: PGS.TS. Hồ Huỳnh Thuỳ Dương; Email: hhtduong@hcmus.edu.vn 126
  2. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 hoặc độ nhạy, và không hiệu quả đối với tác 2 mẫu sữa từ 2 bò không viêm vú, 2 mẫu sữa nhân virus. Phương pháp PCR tuy có độ nhạy từ 2 bò viêm vú nhẹ, và 2 mẫu sữa từ 2 bò và độ đặc hiệu cao, nhưng không thể phát hiện viêm vú nặng. Mỗi mẫu sữa được thu nhận các tác nhân gây bệnh mới (Li và cs., 2020). bằng cách rút 4 ml sữa từ bầu sữa đã được vô Sự phát triển vượt bậc gần đây của trùng bằng vải tẩm cồn 70%. Với nghiên cứu công nghệ giải trình tự nucleic acid thế hệ mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân, mẫu phân mới (next generation sequencing - NGS), kết mèo khỏe (thể rắn) được thu thập vào ống hợp với các công cụ phân tích tin sinh học, vô trùng; mẫu phân mèo bệnh được thu nhận đã giúp giải và phân tích đồng thời một số bằng 3 tăm bông. Tất cả các mẫu đều được lượng rất lớn trình tự DNA, thậm chí cả bộ bảo quản ở -20oC ngay sau khi thu nhận. gene của sinh vật. Giải trình tự hệ vi sinh vật 2.2. Tách chiết DNA môi trường (metagenomic sequencing) dựa Mẫu sữa sau khi rã đông hoàn toàn và trên công nghệ NGS là một cách tiếp cận mới đồng nhất được ly tâm với tốc độ 13.000 g, giúp nhận diện các vi sinh vật tồn tại trong trong 20 phút. DNA được tách chiết từ cặn thu một môi trường (đất, nước, dịch ruột, sữa, hồi sau ly tâm bằng kit DNAeasy PowerSoil phân…) mà không cần qua nuôi cấy. Giải (Qiagen). 200 mg phân và mẫu tăm bông được trình tự metagenomic còn cho phép dự đoán ủ trong 10 phút với dung dịch ly giải ở nhiệt các con đường chuyển hoá và chức năng của độ phòng; sau đó được ly tâm thu nhận dịch vi sinh vật môi trường nghiên cứu, như tính nổi. Dịch nổi được sử dụng để tách chiết DNA kháng kháng sinh, khả năng chuyển hoá một bằng kit DNAeasy PowerSoil (Qiagen). Nồng cơ chất xác định (Liu và cs., 2020; Ramayo- độ và độ tinh sạch DNA được đánh giá bằng Caldas và cs., 2020; Wu và cs., 2021). thiết bị Qubit 3.0 (Thermo Fisher Scientific) Trong báo cáo này, chúng tôi trình bày và Nanodrop (Thermo Fisher Scientific). kết quả từ hai nghiên cứu ban đầu ứng dụng 2.3. Chuẩn bị thư viện kỹ thuật metagenomics trong thú y. Nghiên cứu thứ nhất liên quan đến bệnh viêm vú ở Quy trình chuẩn bị thư viện và giải trình bò sữa. Đây là căn bệnh gây thiệt hại kinh tế tự NGS trên hệ thống Illumina được thực hiện lớn nhất cho ngành chăn nuôi bò sữa ở Việt tại Trung tâm Xét nghiệm Kỹ thuật cao KTest Nam và trên thế giới (Van Thanh và cs., 2015; (Bình Chánh, TP.HCM, Việt Nam). Koide và cs., 2019). Chúng tôi sử dụng kỹ 2.3.1. Chuẩn bị thư viện 16S rRNA thuật 16S rRNA metagenomics, nhân bản và giải trình tự các vùng biến động trên gene Các vùng biến động V1-V9 thuộc gene 16S rRNA của các vi khuẩn hiện diện trong 16S rRNA của vi khuẩn được nhân bản bằng mẫu, trên các mẫu sữa từ bò lành và bò viêm các cặp mồi chuyên biệt từ các mẫu DNA để phát hiện các tác nhân gây bệnh viêm vú. tách chiết được. Các amplicons V1-V9 sau Nghiên cứu thứ hai sử dụng kỹ thuật shotgun đó được gắn các trình tự chức năng (adapter, metagenomics nhằm xác định tác nhân gây index) và định lượng bằng bộ kit KAPA bệnh trên mẫu phân mèo bệnh chưa rõ nguyên Library Quantification Kit Illumina Platforms nhân. Trong shotgun metagenomics, toàn bộ (KAPABiosystems). DNA thu nhận từ các sinh vật trong mẫu được 2.3.2. Chuẩn bị thư viện Shotgun giải và phân tích; do đó cho phép phát hiện metagenomics được các tác nhân gây bệnh thuộc các nhóm DNA sau tách chiết được phân mảnh khác nhau như nấm, vi khuẩn, virus… bằng bộ kit NEBNext dsDNA Fragmentase 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU và gắn các trình tự chức năng bằng bộ kit NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for 2.1. Phương pháp thu mẫu Illumina (NEB). Thư viện của mỗi mẫu sau Với nghiên cứu bò sữa viêm vú, 6 mẫu đó được định lượng bằng thiết bị Qubit 3.0 sữa được thu nhận từ cùng một trang trại gồm (Thermo Fisher Scientific) và kiểm tra kích 127
  3. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 thước bằng thiết bị BioAnalyzer (Agilent cụ QIIME 2 (2020.2.0). Trình tự gene kháng Technologies). kháng sinh được xác định thông qua kết quả 2.3.3. NGS sắp gióng cột bằng công cụ Bowtie2 và cơ sở dữ liệu CARD (Comprehensive Antibiotic Thư viện các mẫu được phối trộn theo Resistance Database). Sự hiện diện gene dung lượng cần đạt, và được giải trình tự trên kháng kháng sinh được thể hiện thông qua hệ thống MiSeq sử dụng MiSeq Reagent Kit thông số RPM (Read Per Million), được xác v2 2x150 PE (Illumina). định theo công thức sau: 2.4. Phân tích dữ liệu ���� ������ ∗ 10� ��� = 2.4.1. 16S rRNA metagenomics 2 ∗ ����� ���� Trước tiên, các trình tự adapter và mồi Trong đó: read mapped là số lượng trình được loại bỏ khỏi trình tự giải (read), và các tự giải cho kết quả sắp gióng cột tương đồng trình tự giải chất lượng thấp (Qscore < 20, (> 70% tương đồng và > 70% độ phủ toàn chiều dài < 100 bp) được loại bỏ khỏi dữ liệu gene) với gene kháng kháng sinh từ cơ sở dữ phân tích bằng các công cụ Trimmomatic liệu; total read là tổng số lượng trình tự giải (v.0.39) và Cutadapt (v.2.10). Sau đó, các được của mẫu. Phương pháp LDA (Linear trình tự giải được gom thành các trình tự ASV Discriminant Analysis) với công cụ LefSe (amplicon sequence variants), và các trình tự (Segata và cs, 2011) được sử dụng để so sánh hợp nhất từ 2 bản mẫu (chimeric read) trong sự khác biệt có ý nghĩa thống kê về tỉ lệ hiện diện của một vi sinh vật hay một gene kháng quá trình nhân bản PCR được loại bỏ khỏi khánh sinh giữa 2 mẫu nghiên cứu. dữ liệu phân tích thông qua công cụ QIIME2- DADA2 (v2020.2.0). Các ASV được phân 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN loại bằng QIIME2 (v2020.2.0) dựa trên cơ sở 3.1. Giải trình tự dữ liệu SILVA (v.138 SSURef Nr99). Kiểm Số trình tự giải thu nhận được, số trình định Permanova thuộc công cụ QIIME2 được tự ASV, và tỷ lệ trình tự giải định danh được sử dụng để so sánh sự khác biệt về thành phần của các mẫu được trình bày ở Bảng 1. và tỷ lệ vi sinh vật giữa các nhóm mẫu dựa trên chỉ số Bray-Curtis và Jaccard. Ở nghiên cứu bò sữa viêm vú, số lượng trình tự ASV ghi nhận được của 2 mẫu sữa từ 2.4.2. Shotgun metagenomics 2 bò không bị viêm vú lần lượt là 1 và 4; thấp Các trình tự adapter và trình tự giải chất hơn rất nhiều so với các mẫu từ bò viêm. Tỉ lệ lượng thấp (Qscore < 20, chiều dài < 100 trình tự giải định danh được ở tất cả các mẫu bp) được loại bỏ bằng công cụ Trimmomatic sữa đều đạt hơn 99,99%. (v.0.39). Các trình tự giải được phân loại bằng công cụ Kraken2 (https://github.com/ Ở nghiên cứu mèo bệnh chưa rõ nguyên DerrickWood/kraken2). Các thông số về độ đa nhân, Tỉ lệ trình tự giải định danh được ở các dạng sinh vật trong quần thể (alpha diversity mẫu MK2512, MK2001 và MB-01 lần lượt là và beta diversity) được xác định bằng công 24,67%, 45,51%, và 87,44%. Bảng 1. Kết quả giải trình tự Nghiên Số trình tự Số trình tự Tỷ lệ (%) trình tự Tên mẫu Cách tiếp cận cứu giải ASV giải được định danh A-F431 16S rRNA metagenomics 453 1 100,00% A-H6205 16S rRNA metagenomics 236 4 100,00% B-H4302 16S rRNA metagenomics 517.561 66.095 100,00% 1 B-H5903 16S rRNA metagenomics 284.379 44.859 99,99% C-2545 16S rRNA metagenomics 290.358 22.344 100,00% C-H2281 16S rRNA metagenomics 262.164 30.000 100,00% 128
  4. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 MK2512 Shotgun metagenomics 1.869.206 NA 24,67% 2 MK2001 Shotgun metagenomics 1.746.736 NA 45,51% MB-01 Shotgun metagenomics 1.883.471 NA 87,44% Ghi chú: A: Bò lành, B: Bò viêm nhẹ, C: Bò viêm nặng, MK: Mèo lành, MB: Mèo bệnh, NA: thông số ASV chỉ áp dụng cho phương pháp 16S rRNA metagenomics 3.2. Thành phần hệ vi sinh vật Deinococcota và Spirochaetoda ở các mẫu nghiên cứu. Firmicutes chiếm tỷ lệ cao nhất 3.2.1. Nghiên cứu bò sữa viêm vú trong các mẫu sữa từ bò bệnh, tiếp theo là Ở mức phân loại ngành, kết quả Proteobacteria và Actinobacteriota, nếu loại cho thấy có 14 ngành (phylum) hiện diện, trừ mẫu C-H2281 từ bò viêm nặng. Hầu như trong đó chủ yếu (> 1%) là Proteobacteria, toàn bộ vi sinh trong mẫu C-H2281 này thuộc Firmicutes, Actinobacteriota, Bacteroidota, ngành Proteobacteria (97,218%) (Bảng 2). Bảng 2. Danh sách 10 ngành và chi vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất trong mẫu sữa bò Mức phân loại Tên vi sinh B-H4302 B-H5903 C-2545 C-H2281 Proteobacteria 33,255% 19,434% 26,486% 97,218% Firmicutes 42,549% 53,316% 37,948% 1,603% Actinobacteriota 16,790% 10,815% 20,453% 0,951% Bacteroidota 5,134% 12,296% 8,485% 0,056% Deinococcota 0,085% 0,775% 2,412% 0,034% Ngành Spirochaetota 0,105% 1,236% 0,385% 0,000% Vertebrata 0,653% 0,321% 0,371% 0,100% Fusobacteriota 0,029% 0,250% 1,101% 0,000% Campilobacteriota 0,455% 0,307% 0,336% 0,006% Desulfobacteriota 0,000% 0,172% 0,926% 0,003% Các ngành khác 0,945% 1,079% 1,096% 0,029% Pseudomonas 0,080% 0,416% 0,188% 96,738% Acinetobacter 20,741% 7,497% 3,102% 0,347% Corynebacterium 2,793% 5,587% 6,046% 0,625% Weissella 10,709% 1,018% 2,645% 0,018% Oscillospiraceae_UCG-005 2,575% 6,846% 3,947% 0,023% Chi Janibacter 3,678% 1,770% 3,325% 0,097% Vibrio 0,109% 0,631% 5,388% 0,009% Cutibacterium 1,103% 0,166% 4,690% 0,000% Succinivibrio 0,357% 2,207% 2,457% 0,034% Solibacillus 1,839% 2,333% 0,765% 0,068% Các chi khác 56,016% 71,527% 67,445% 2,040% Ở mức phân loại chi, Acinetobacter nhóm mẫu từ bò viêm nhẹ và nhóm mẫu từ hiện diện với tỷ lệ cao nhất ở các mẫu trừ bò viêm nặng dựa trên chỉ số Bray-Curtis và mẫu C-H2281, tiếp theo là Corynebacterium Jaccard đều chưa cho thấy sự khác biệt có ý và Weissella. Ở mẫu C-H2281, Pseudomonas nghĩa thống kê. hiện diện với tỷ lệ đặc biệt cao (96,737%), phù hợp với kết quả định danh ở mức ngành, 3.2.2. Nghiên cứu mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân như vậy Proteobacteria ở mẫu này chủ yếu Kết quả phân loại trình tự giải được ở thuộc chi Pseudomonas. Phân tích các chỉ các mẫu cho thấy trình tự từ vi khuẩn chiếm số đa dạng loài cho thấy mẫu C-H2281 có tỷ lệ cao nhất (23,575%, 45,372%, 81,472%), độ đa dạng thấp nhất so với các mẫu còn lại tiếp theo là động vật có dây sống, virus, nấm (observed = 666,56 ± 1328,00; shanon = 9,32 và nguyên sinh động vật (Bảng 3). ± 0,74). Kết quả kiểm định Permanova giữa 129
  5. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 Bảng 3. Danh sách các nhóm sinh vật chiếm tỷ lệ cao nhất trong 3 mẫu phân mèo Mẫu MK2512 Mẫu MK2001 Mẫu MB-01 Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm dây sống 1,066% 0,126% 1,053% Tỷ lệ (%) trình ự định danh nhóm vi khuẩn 23,575% 45,374% 81,472% Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm virus 0,012% 0,003% 4,908% Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm nấm 0,003% 0,002% 0,000% Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm động vật 0,002% 0,001% 0,001% nguyên sinh Trong nhóm vi khuẩn, Escherichia coli nhân gây bệnh thường gặp ở chó (Moreno chiếm tỷ lệ rất cao ở mẫu mèo bệnh MB-01 và cs., 2017), heo (Palinski và cs., 2016), gà (86,511%) (Bảng 4) nhưng hầu như không (Lima và cs., 2019), lại được tìm thấy ở mẫu hiện diện ở hai mẫu mèo khỏe MK2512 và mèo bệnh (MB-01) với tỷ lệ 36,085%, cao MK2001. Đáng chú ý là trong nhóm virus, hơn đáng kể so với mẫu mèo khỏe (0,966% tỷ lệ phân loại được ở mẫu mèo bệnh là và 2,703%). Kết quả này của chúng tôi tương 4,908%, cao hơn nhiều so với mẫu mèo khoẻ tự với kết quả đã được công bố trong một số (< 0,02%). Trong gần 5% trình tự virus nhận công trình gần đây (Li và cs., 2020). Ngoài diện được, phage của E. coli (Escherichia ra, sự hiện diện với tỷ lệ thấp của Feline virus Goslar) chiếm 63,774% ở mẫu mèo leukemia virus ở mẫu MK2512 (1,449%) và bệnh và xuất hiện rất ít ở mẫu mèo khoẻ. Đặc MB-01 (0,006%) có thể là do dư lượng của biệt, chi Protoparvovirus được xem là tác vaccine (Bảng 4). Bảng 4. Danh sách các loài vi khuẩn và virus chiếm tỷ lệ cao nhất trong mẫu phân mèo Kingdom Species MK2512 MK2001 MB-01 Escherichia coli 1,222 0,065 86,511 Phocaeicola vulgatus 4,771 44.478 4,533 Enterococcus faecalis 1,136 0,008 1,458 Citrobacter werkmanii 0,000 0,000 0,551 Shigella flexneri 0,000 0,000 0,539 Vi khuẩn Flavonifractor plautii 1,783 1.317 0,481 Pseudomonas aeruginosa 0,001 0,121 0,429 Pasteurella multocida 0,057 0,000 0,368 Phocaeicola dorei 0,71 3,048 0,304 Streptococcus suis 0,277 0,029 0,302 Escherichia virus Goslar 3,382 0,000 63,774 Carnivore protoparvovirus 1 0,966 2,703 36,085 Enterococcus phage vB EfaS IME197 0,0000 0,000 0,065 RD114 retrovirus 4,831 5,405 0,037 Virus và Enterococcus phage EF62phi 0,000 0,000 0,021 Phage Feline leukemia virus 1,449 0,000 0,006 Wenzhou picorna-like virus 53 0,000 0,000 0,004 Snyder-Theilen feline sarcoma virus 0,000 0,000 0,002 Hardy-Zuckerman feline sarcoma virus 0,000 0,000 0,002 Faecalibacterium virus Taranis 9,179 40,541 0,001 130
  6. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 Kết quả shotgun metagenomics còn cho gồm rrnB, rrsC được tìm thấy nhiều nhất ở phép phát hiện các gene chức năng của hệ vi mẫu mèo bệnh (RPM lần lượt là 13042,409 sinh vật nghiên cứu. Kết quả phân tích cho và 5540,303) (Bảng 5). thấy gene kháng kháng sinh nhóm tetracycline Bảng 5. Danh sách 10 gene kháng kháng sinh chiếm tỷ lệ cao nhất trong mẫu phân mèo (đơn vị RPM) Mã ARO (Antibiotic MK2512 MK2001 MB-01 Resistance Ontology) 3003411 288,893 349,223 13042,409 3003411 288,893 349,223 13042,409 3003411 288,893 349,223 13042,409 3003333 433,339 260,486 5540,303 3003303 2,675 0,000 3071,457 3003775 0,000 0,000 2006,933 3000027 5,350 5,725 1807,832 3003390 0,000 0,000 1523,782 3003893 0,000 0,000 1454,761 3004049 2,675 0,000 998,157 4. KẾT LUẬN Agricultural Sciences. 2(4): 461-468. Đối với mẫu sữa từ bò bị viêm vú, Li, Y., Gordon, E., Idle, A., Altan, E., Seguin, chúng tôi đã nhận diện được một tác nhân M. A., Estrada, M., Deng, X., and Delwart, thuộc nhóm gây bệnh là Pseudomonas spp. E. (2020). Multiple known and a novel hiện diện với tỷ lệ đặc biệt cao ở một mẫu bò parvovirus associated with an outbreak of bệnh. Đây là một chỉ dấu có thể được sử dụng feline diarrhea and vomiting. 415. trong điều trị kháng sinh. Đối với mẫu phân Lima, D. A., Cibulski, S. P., Tochetto, C., từ mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân, chúng tôi Varela, A. P. M., Finkler, F., Teixeira, T. đã phát hiện được một số tác nhân gây bệnh F., Loiko, M. R., Cerva, C., Junqueira, D. tiềm năng là Escherichia virus Goslar và M., Mayer, F. Q., & Roehe, P. M. (2019). Protoparvovirus. Các kết quả trình bày cho The intestinal virome of malabsorption thấy tính hữu ích của việc sử dụng phương syndrome-affected and unaffected pháp metagenomics trong lĩnh vực thú y, đặc broilers through shotgun metagenomics. biệt hiệu quả để phát hiện các tác nhân gây Virus Research. 261(August 2018): 9-20. bệnh chưa được biết. Tuy nhiên, kết quả cần Liu, J., Zhu, Y., Jay-russell, M., Lemay, D. được lặp lại trên số mẫu lớn hơn. Bên cạnh G., and Mills, D. A. (2020). Reservoirs đó, các kết quả nghiên cứu hệ vi sinh vật of antimicrobial resistance genes in retail trong mẫu có thể là cơ sở để phát triển các xét raw milk. nghiệm có chi phí thấp như PCR. Moreno, P. S., Wagner, J., Mansfield, C. TÀI LIỆU THAM KHẢO S., Stevens, M., Gilkerson, J. R., and Kirkwood, C. D. (2017). Characterisation K. Koide, R. Murata, A. Xuan Khoa, N. K. of the canine faecal virome in healthy L. et al. (2019). Influence of Mastitis dogs and dogs with acute diarrhoea using and Repeat Breeding Incidence on shotgun metagenomics. PLoS ONE, Participation in the Animal Insurance 12(6): 1-16. Program for Dairy Farmers in Ba Vi, Palinski, R. M., Mitra, N., & Hause, B. M. Hanoi, Vietnam. Vietnam Journal of (2016). Discovery of a novel Parvovirinae 131
  7. HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 virus, porcine parvovirus 7, by biomarker discovery and explanation. metagenomic sequencing of porcine rectal Genome Biology. 12(6): R60. swabs. Virus Genes. 52(4): 564-567. Van Thanh, N., Thanh Hai, N., Ngoc Son, Ramayo-Caldas, Y., Zingaretti, L., Popova, N., Van Dung, B., and Atsushi, M. M., Estellé, J., Bernard, A., Pons, N., (2015). A study about mastitis infection Bellot, P., Mach, N., Rau, A., Roume, characteristics in dairy cow of Bavi, H., Perez-Enciso, M., Faverdin, P., Hanoi, Vietnam. Asian Journal of Edouard, N., Ehrlich, D., Morgavi, D. Pharmaceutical and Clinical Research, P., & Renand, G. (2020). Identification 8(3): 165-168. of rumen microbial biomarkers linked Wu, X., Huang, S., Huang, J., Peng, P., to methane emission in Holstein dairy Liu, Y., Han, B., and Sun, D. (2021). cows. Journal of Animal Breeding and Identification of the potential role of Genetics. 137(1): 49-59. the rumen microbiome in milk protein Segata, N., Izard, J., Waldron, L., Gevers, and fat synthesis in dairy cows using D., Miropolsky, L., Garrett, W. S., & metagenomic sequencing. Animals, Huttenhower, C. (2011). Metagenomic 11(5). 132
nguon tai.lieu . vn
Nông nghiệp Ngư nghiệp Lâm nghiệp Sinh học Hoá học Ngôn ngữ học Ngân hàng - Tín dụng