1. Trang Chủ
  2. Luận Văn - Báo Cáo
  3. Luận văn: Sử dụng kỹ thuật RFLP khảo sát sự đa dạng di truyền của nấm Rhizoctonia solani phân lập từ nhiều cây ký chủ khác nhau (part 5)

Luận văn: Sử dụng kỹ thuật RFLP khảo sát sự đa dạng di truyền của nấm Rhizoctonia solani phân lập từ nhiều cây ký chủ khác nhau (part 5)

Ngày nay với sự phát triển của công nghệ sinh học, nhiều kĩ thuật mới ra đời như kĩ thuật PCR, RFLP, AFLP, Southern blot, sequence v.v.. giúp cho quá trình nghiên cứu cấu trúc di truyền của quần thể nấm R. solani nhanh và chính xác hơn. Trên thế giới, các kĩ thuật này đã được áp dụng thành công trong việc nghiên cứu về sự đa dạng di truyền của nấm R. solani. Ở nước ta, những nghiên cứu như vậy còn rất ít.... 37 PHẦN VII PHỤ LỤC 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề

Thể loại Tài liệu miễn phí Luận Văn - Báo Cáo

Số trang 8

Ngày tạo 8/29/2018 9:09:34 PM +00:00

Loại tệp PDF

Kích thước

Tên tệp

Tải Luận văn: Sử dụng kỹ thuật RFLP khảo sát sự đa dạn... (.pdf)

Xem mẫu

  1. 37 PHẦN VII PHỤ LỤC 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài Bảng 7.1. Danh sách các dòng nấm Rhizoctonia solani đƣợc sử dụng trong đề tài Tên dòng nấm Cây kí chủ Nơi thu thập STT Bắp Song Phượng, Hoài Đức, Hà Tây 1 B-34-01 Bắp Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 2 B-61-01 Bắp HTX Quỳnh Vinh, Quỳnh Lưu, Nghệ An 3 B-38 Cải bắp Đà Lạt, Lâm Đồng 4 BC-63-01 Bồ ngót Định Quán, Đồng Nai 5 BN-61-01 Bí đao Thái Lan BĐ-TL 6 Bông vải Cư M Nga, Daklak 7 BV-50-01 Bông vải Cư Jút, Daklak 8 BV-50-02 Bông vải Sông Trầu, Thống Nhất, Đồng Nai 9 BV-61-01 Bông vải Vĩnh Tân, Thống Nhất, Đồng Nai 10 BV-61-02 Bông vải Vĩnh Tâm, Vĩnh Cửu, Đồng Nai 11 BV-61-04 Bông vải Xã lộ 25, Thống Nhất, Đồng Nai 12 BV-61-05 Bông vải Cẩm Đường, Long Thành, Đồng Nai 13 BV-61-06 Bông vải Bình Thuận 14 BV-62-01 Bông vải Ninh Thuận 15 BV-62-02 Bông vải Ninh Thuận 16 BV-62-03 Bông vải Ô Môn, Cần Thơ 17 BV-71-01 Bông vải Phụng Hiệp, Cần Thơ 18 BV-71-02 Cải bắp Song Phượng, Hà Tây 19 CB-34-02 Cỏ chỉ Sóc Trăng 20 CC-79-01 Cỏ chỉ Đức Huệ, Long An 21 CC-72 Cỏ gừng Chợ Gạo, Tiền Giang 22 CG-73 Cỏ lồng vực Đức Huệ, Long An 23 CLV-72-02
  2. 38 Cải ngọt Nhập 24 CN1 Cỏ ống Sóc Trăng 25 CO-79-01 Cỏ ống Phước Thiền, Nhơn Trạch, Đồng Nai 26 CO-61-02 Cà phê Eakmak, Daklak 27 CP-50-02 Cam thảo đất Rạch Giá, Kiên Giang CTĐ-77 28 Cải xanh Chợ Mới, An Giang 29 CX-76 Cải xanh Tp.Hồ Chí Minh 30 CX-8-02 Khoai tây Đà Lạt, Lâm Đồng 31 KT-63-01 Đậu cove Đơn Dương, Lâm Đồng Đcv-63-02 32 Đậu hà lan Đà Lạt, Lâm Đồng ĐHL-63 33 Đậu phộng Chương Mỹ, Hà Tây ĐP-34 34 Đậu phộng Nam Thịnh, Diễn Châu, Nghệ An ĐP-38 35 Đậu trắng Vĩnh Thuận, Kiên Giang ĐT-77 36 Đậu xanh Thống Nhất, Đồng Nai ĐX-61-01 37 Phát tài Tây Ninh 38 PT-66 Rau muống Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 39 RM-61 Sầu riêng Phước Tân, Long Thành, Đồng Nai 40 SR-61-01 Sầu riêng Phú Giáo, Bình Dương 41 SR-650 Tiêu Bình Phước 42 T-651 Thuốc lá Đức Hòa, Long An 43 TL-72 Xúp lơ Đông Anh, Hà Nội 44 XL-4 Xà lách Chợ Mới, An Giang 45 XL-76 7.2. Danh sách các primer đƣợc sử dụng để nghiên cứu rDNA nhân của nấm Bảng 7.2. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA nb Những trình tự primer trên tiểu đơn vị nhỏ của rDNA ssu ref. pb BMB-'A' (Lan) GWA TTA CCG CGG CKG CTG 583-566 18 1147- BMB-'B' (Lan) CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT 20 1128 BMB-'C' (Lan) ACG GGC GGT GTG TRC 1641- 15
  3. 39 1637 1131- BMB-BR (Lan) CTT AAA GGA ATT GAC GGA A 19 1149 1637- BMB-CR (Lan) GTA CAC ACC GCC CGT CG 17 1643 nssu97a (Kau) TAT ACG GTG AAA CTG CGA ATG GC 75-97 23 nssu97b (Kau) CGG TGA AAC TGC GAA TGG C 79-97 19 nssu634 (Kau) CCC CAG AAG GAA AGI CCC GIC C 705-684 22 nssu897R (Kau) AGA GGT GAA ATT CTT GGA 897-914 18 1088- nssu1088 (Kau) TGA TTT CTC GTA AGG TGC CG 20 1069 nssu1088R 1069- CGG CAC CTT ACG AGA AAT CA 20 (Kau) 1088 nssu131 (Kau) CAG TTA TCG TTT ATT TGA TAG TAC C 107-131 25 NS1 (Whi) GTA GTC ATA TGC TTG TCT C 20-38 19 NS2 (Whi) GGC TGC TGG CAC CAG ACT TGC 573-553 21 NS3 (Whi) GCA AGT CTG GTG CCA GCA GCC 553-573 21 CTT CCG TCA ATT CCT TTA AG (sim. to BMB- 1150- NS4 (Whi) 20 b) 1131 AAC TTA AAG GAA TTG ACG GAA G (sim. to 1129- NS5 (Whi) 22 BMB-BR) 1150 1436- NS6 (Whi) GCA TCA CAG ACC TGT TAT TGC CTC 24 1413 1413- NS7 (Whi) GAG GCA ATA ACA GGT CTG TGA TGC 24 1436 1788- NS8 (Whi) TCC GCA GGT TCA CCT ACG GA 20 1769 NS17 (Gar) CAT GTC TAA GTT TAA GCA A 54-72 19 NS18 (Gar) CTC ATT CCA ATT ACA AGA CC 516-497 20 NS19 (Gar) CCG GAG AAG GAG CCT GAG AAA C 381-402 22 NS20 (Gar) CGT CCC TAT TAA TCA TTA CG 871-852 20 NS21 (Gar) GAA TAA TAG AAT AGG ACG 802-819 18 1312- NS22 (Gar) AAT TAA GCA GAC AAA TCA CT 20 1297 1184- NS23 (Gar) GAC TCA ACA CGG GGA AAC TC 20 1203 1769- NS24 (Gar) AAA CCT TGT TAC GAC TTT TA 20 1750 SR1 (VilU) ATT ACC GCG GCT GCT (similar to BMB-'A') 581-567 15
  4. 40 SR1R (Vil0) TAC CTG GTT GAT TCT GC 21-1 21 1277- SR2 (Elw) CGG CCA TGC ACC ACC 15 1263 SR3 (VilU) GAA AGT TGA TAG GGC T 321-306 16 SR4 (VilU) AAA CCA ACA AAA TAG AA 841-825 17 1155- SR5 (VilU) GTG CCC TTC CGT CAA TT 17 1139 1763- SR6 (VilU) TGT TAC GAC TTT TAC TT 17 1747 SR7 (VilU) GTT CAA CTA CGA GCT TTT TAA 637-617 21 SR7R (VilU) TTA AAA AGC TCG TAG TTG AAC 617-637 21 SR8R (VilU) GAA CCA GGA CTT TTA CCT T 732-750 19 SR9R (Elw) YAG AGG TGA AAT TCT 896-910 15 1181- SR10R (VilU) TTT GAC TCA ACA CGG G 16 1196 SR11R (Spa) GGA GCC TGA GAA ACG GCT AC 389-408 20 1241- 1 (DeP) GCT CTT TCT TGA TTT TGT 18 1258 1410- 3 (DeP) TTT GAG GCA ATA ACA GGT 18 1427 1445- 4 (DeP) CAT CTA AGG GCA TCA CAG 18 1428 1482- 5 (DeP) TTG TCT CTG TCA GTG TAG 18 1465 1566- 6 (DeP) CAA CGA GGA ATT CCT AGT 18 1583 1797- 9 (DeP) AAT GAT CCT TCC GCA GGT 18 1780 Bảng 7.3. Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA Những trình tự primer trên tiểu đơn vị lớn của rDNA lsu ref. nb pb GUADET P1 GAG TCG AGT TGT TTG GGA ATG 275-300 25 (Gua) CAG C GUADET P2 GAA AAG AAC TTT GAA AAG AGA 379-403 26 (Gua) GTG AA GUADET P3 CCC GTC TTG AAA CAC GGA CCA 661-685 24 (Gua) AGG P2R (Reh) CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT 1412- 17
  5. 41 CT 1396 LR0R (VilU) ACC CGC TGA ACT TAA GC 26-42 17 LR0R (Reh) GTA CCC GCT GAA CTT AAG C 24-42 19 LR1R (Mon) AGG AAA AGA AAC CAA CC 57-73 17 LR2 TTT TCA AAG TTC TTT TC 395-379 17 LR2R AAG AAC TTT GAA AAG AG 382-398 17 LR3 (Vil0) GGT CCG TGT TTC AAG AC 677-661 17 LR3R GTC TTG AAA CAC GGA CC 664-680 17 LR4 ACC AGA GTT TCC TCT GG 887-871 17 LR5 (Vil0) ATC CTG AGG GAA ACT TC 997-981 17 LR5R (VilU) GAA GTT TCC CTC AGG AT 981-997 17 1173- LR6 (Vil0) CGC CAG TTC TGC TTA CC 17 1157 1483- LR7 (Vil0) TAC TAC CAC CAA GAT CT 17 1467 1465- LR7R (Vil0) AGA TCT TGG TGG TAG TA 17 1481 1917- LR8 CAC CTT GGA GAC CTG CT 17 1901 1901- LR8R AGC AGG TCT CCA AGG TG 17 1917 2292- LR9 AGA GCA CTG GGC AGA AA 17 2276 2508- LR10 AGT CAA GCT CAA CAG GG 17 2492 2490- LR10R GAC CCT GTT GAG CTT GA 17 2506 2919- LR11 GCC AGT TAT CCC TGT GGT AA 20 2900 3221- LR12 (Vil0) GAC TTA GAG GCG TTC AG 17 3204 3205- LR12R (VilU) CTG AAC GCC TCT AAG TCA GAA 21 3225 3464- LR13 CAT CGG AAC AAC AAT GC 17 3448 2701- LR14 AGC CAA ACT CCC CAC CTG 18 2694 LR15 TAA ATT ACA ACT CGG AC 161-145 17 LR16 (Mon) TTC CAC CCA AAC ACT CG 716-700 17
  6. 42 1066- LR17R TAA CCT ATT CTC AAA CTT 18 1083 3058- LR20R GTG AGA CAG GTT AGT TTT ACC CT 23 3080 LR21 ACT TCA AGC GTT TCC CTT T 442-424 19 LR22 CCT CAC GGT ACT TGT TCG CT 371-352 20 AGA TGA AAA GAA CTT TGA AAA F377 375-400 26 GAG AA CTC TCT TTT CAA AGT TCT TTT CAT R377 400-375 26 CT LIC15R (Mia2) GGA GGA AAA GAA ACC AAC AG 55-74 20 * LIC24R (Mia1) GAA ACC AAC AGG GAT TG 64-80 17 LIC2044 (Kau) ACG CCT GCC TAC TCG CC 26-42 17 Bảng 7.4. Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA Những trình tự primer trên vùng IGS và 5S của rDNA ATC AGA CGG GAT GCG 5S RNA (VilU) 17 GT 5S RNAR ACQ GCA TCC CGT CTG 17 (VilU) AT GAG ACA AGC ATA TGA NS1R 38-20 (SSU) 19 CTA C 3448- LR13R GCA TTG TTG TTC CGA TG 17 3464(lsu) Bảng 7.5. Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA Những trình tự primer trên vùng ITS và 5,8S của rDNA 1769- ITS1 (Whi) TCC GTA GGT GAA CCT GCG G 19 1787(ssu) ITS1F CTT GGT CAT TTA GAG GAA GTA A 22 (Gad) GCT GCG TTC TTC ATCG ATG C (sim. to ITS2 (Whi) 20 5.8S) GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC (sim. to ITS3 (Whi) 20 5.8SR) ITS4 (Whi) TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC 60-41(lsu) 20 ITS4B CAG GAG ACT TGT ACA CGG TCC AG 23
  7. 43 (Gad) ITS4S CCT CCG CTT ATT GAT ATG CTT AAG 59-36 (lsu) 24 (Kre) GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G 1745- ITS5 (Whi) 22 (sim. to SR6R) 1766(ssu) 1766-1745 ITS5R CCT TGT TAC GAC TTT TAC TTC C 22 (ssu) 5.8S (Vil0) CGC TGC GTT CTT CAT CG 17 5.8SR TCG ATG AAG AAC GCA GC 18 (Vil0) SR6R 1747- AAG TAP AAG TCG TAA CAA GG 20 (VilU) 1766(ssu) LR1 (Vil0) GGT TGG TTT CTT TTC CT 73-57(lsu) 17 SLG-1 1773- TTG CGC AAC CTG CGG AAG GAT 21 (Gro) 1793(ssu) 1750- NS24R TAA AAG TCG TAA CAA GGT TT 20 1769(ssu) ssu ref. Mankin et al., 1986. Gene 44:143-145 lsu ref. Lapeyre et al., 1993. Nucleic Acids Res. 21:3322-3322 Những primer được thiết kế trong phòng thí nghiệm của Lutzoni: - (DeP) DePriest,1993. Gene 134:67-74 - (Elw) Elwood et al., 1985. Mol. Biol. Evol. 2:399-410 - (Gad) Gardes and Bruns, 1993. Mol. Ecol. 2:113-118 - (Gar) Gargas and Taylor, 1992. Mycologia 84(4): 589-592 - (Gro) Groner and LaGreca, 1997. Lichenologist 29(5):441-454 - (Gua) Guadet et al., 1989. Mol. Biol. Evol. 6:227-242 - (Kau) Kauff and Lutzoni, 2002. Mol. Phylogen. Evol. 25:138-156 - (Kre) Kretzer et al., 1996. Mycologia 88(5): 776-785 - (Lan) Lane et al., 1985. PNAS USA 82:6955-6959 - (Mia1) Miadlikowska and Lutzoni, 2000. Int. J. Plant Sci. 161(6) - (Mia2) Miadlikoska, McCune, Lutzoni,2001. Bryologist 105:1-10 - (Mon) Moncalvo et al., 1993. Mycologia 85(5):788-794 - (Reh) Rehner and Samuels, 1994. Mycol. Res. 98(6):625-634 - (Spa) Spatafora et al, 1995. J. Clinical Microbiol. 33:1322-1326
  8. 44 - (Vil0) Vilgalys and Hester, 1990. Journal of bacteriology 172:4238-4246 - (VilU) Vilgalys unpublished [http://www.botany.duke.edu/fungi/mycolab] - (Whi) White et al., 1990. pp 315-322 in PCR protocols: A guide to methods and applications 7.3. Nuôi thu sinh khối nấm R. solani Hình 7.1. Ảnh của sợi nấm R. solani sau khi nuôi lắc 4 ngày
nguon tai.lieu . vn
Thạc sĩ - Tiến sĩ - Cao học Công nghệ thông tin Kinh tế - Thương mại Tài chính - Ngân hàng Kiến trúc - Xây dựng Điện-Điện tử-Viễn thông Cơ khí - Chế tạo máy Công nghệ - Môi trường Báo cáo khoa học Quản trị kinh doanh Khoa học xã hội Khoa học tự nhiên Nông - Lâm - Ngư Y khoa - Dược