1. Trang Chủ
  2. Công nghệ - Môi trường
  3. Đồ án tốt nghiệp: Tối ưu hóa các cặp mồi microsatellite trong phân tích đa dạng di truyền cá Tra (Pangasianodon hypophthamus)

Đồ án tốt nghiệp: Tối ưu hóa các cặp mồi microsatellite trong phân tích đa dạng di truyền cá Tra (Pangasianodon hypophthamus)

Đồ án tốt nghiệp này được thực hiện với mục tiêu nhằm tối ưu hóa và tuyển chọn các cặp mồi microsatellite có tính đa hình cao từ 16 cặp mồi microsatellite; tách chiết DNA mẫu cá Tra từ 4 quần đàn khác nhau. Mời các bạn cùng tham khảo. BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP. HỒ CHÍ MINH ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP TỐI ƯU HÓA CÁC CẶP MỒI MICROSATELLITE TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ TRA (Pangasianodon hypophthamus) Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng

Thể loại Tài liệu miễn phí Công nghệ - Môi trường

Số trang 76

Ngày tạo 10/11/2021 12:03:47 AM +00:00

Loại tệp PDF

Kích thước 1.41 M

Tên tệp

Tải Đồ án tốt nghiệp: Tối ưu hóa các cặp mồi microsate... (.pdf)

Xem mẫu

  1. BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP. HỒ CHÍ MINH ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP TỐI ƯU HÓA CÁC CẶP MỒI MICROSATELLITE TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ TRA (Pangasianodon hypophthamus) Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn : BÙI THỊ LIÊN HÀ Sinh viên thực hiện : TẠ THANH THẾ MSSV: 1151110518 Lớp: 11DSH01 TP. Hồ Chí Minh, 2015
  2. Đồ án tốt nghiệp LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, hình ảnh và kết quả trong luận văn là trung thực. Nếu có bất kỳ sự gian dối nào, tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm. TP. HCM, ngày … tháng … năm 2015 Sinh viên, Tạ Thanh Thế iii
  3. Đồ án tốt nghiệp LỜI CẢM ƠN Trước hết, em xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến quý thầy cô trong Khoa Công Nghệ Sinh Học – Thực Phẩm – Môi Trường đã tận tình giảng dạy và truyền đạt kiến thức cho em trong những năm học qua. Những kiến thức mà em nhận được trên giảng đường đại học không chỉ là nền tảng cho quá trình thực hiện luận văn tốt nghiệp này mà còn là hành trang quý báu giúp em vững bước trong tương lai. Đặc biệt, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II và Ths. Bùi Thị Liên Hà đã tận tình hướng dẫn, truyền đạt kinh nghiệm và tạo điều kiện tốt nhất cho em hoàn thành tốt khóa luận tốt nghiệp. Bên cạnh đó, em xin gửi lời cảm ơn đến chị Lê Ngọc Thùy Trang cùng các bạn sinh viên tại phòng thí nghiệm Di Truyền Phân Tử đã nhiệt tình giúp đỡ, hỗ trợ và động viên em trong suốt thời gian qua. Đồng thời, em xin chân thành gửi lời cảm ơn đến những người bạn đã là chỗ dựa vững chắc và cùng sát cánh bên nhau trong suốt những năm học qua. Cuối cùng, con gửi lời cảm ơn sâu sắc nhất đến ba mẹ đã động viên và giúp đỡ con vượt qua những khó khăn trong cuộc sống và trong quá trình học tập. TP. HCM, ngày … tháng … năm 2015 Sinh viên, Tạ Thanh Thế iv
  4. Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ........................................................................ ix DANH MỤC CÁC BẢNG ...................................................................................... xi DANH MỤC CÁC HÌNH ...................................................................................... xii MỞ ĐẦU……… ........................................................................................................1 1. Đặt vấn đề .....................................................................................................1 2. Mục tiêu nghiên cứu ....................................................................................2 3. Nội dung nghiên cứu....................................................................................2 CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ..............................................................3 1.1. Giới thiệu về cá Tra (Pangasianodon hypophthamus) ..............................3 1.1.1. Hệ thống phân loại ..............................................................................3 1.1.2. Đặc điểm hình thái ..............................................................................4 1.1.3. Đặc điểm phân bố và sinh thái ............................................................6 1.1.3.1. Đặc điểm phân bố ............................................................................6 1.1.3.2. Đặc điểm sinh sản ............................................................................7 1.2. Tình hình chọn giống cá tra tại đồng bằng sông Cửu Long ....................8 1.2.1. Tình hình nuôi cá tra ở đồng bằng sông Cửu Long.............................8 1.2.2. Tình hình chất lượng con giống cá Tra ở đồng bằng sông Cửu Long 8 1.2.3. Một số chương trình nghiên cứu liên quan đến cá tra .........................9 1.3. Ứng dụng di truyền phân tử vào trong chọn giống ................................10 1.3.1. Phân loại ............................................................................................10 1.3.2. RestrictionFragment Length Polymorphism (RFLP) ........................11 1.3.3. Amplifíed Fragment Length Polymorphism (AFLP) ........................12 v
  5. Đồ án tốt nghiệp 1.3.4. Kỹ thuật RAPD (Random Amplifíed Polymorphism DNA) ............13 1.3.5. Microsatellite (SSR) ..........................................................................13 1.4. Chỉ thị Microsatellite trong nghiên cứu đa dạng di truyền ...................14 1.4.1. Khái niệm về Microsatellite ..............................................................14 1.4.2. Tính chất ............................................................................................15 1.4.3. Sự phát triển của primer Microsatellite .............................................16 1.4.4. Giới hạn của Microsatellite ...............................................................16 1.4.5. Các loại Microsatellite.......................................................................18 1.4.6. Cơ chế hình thành microsatellite .......................................................18 1.4.7. Nguyên tắc phát hiện microsatellite bằng mồi microsatellite ...........19 1.4.8. Ưu và nhược điểm cùa microsatellite ................................................21 1.4.8.1. Ưu điểm .........................................................................................21 1.4.8.2. Nhược điểm ...................................................................................21 1.4.9. Vai trò của microsatellite ..................................................................22 1.4.10. Ứng dụng của microsatellite..............................................................23 CHƯƠNG 2. NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ..................24 2.1. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ............................................................24 2.2. Vật liệu nghiên cứu ....................................................................................24 2.2.1. Nguồn mẫu ........................................................................................24 2.2.2. Hóa chất, dụng cụ và thiết bị .............................................................24 2.2.2.1. Mồi .................................................................................................24 2.2.2.2. Thang .............................................................................................25 2.2.2.3. Các hóa chất sử dụng trong tách chiết DNA .................................26 2.2.2.4. Hóa chất sử dụng trong PCR .........................................................26 vi
  6. Đồ án tốt nghiệp 2.2.2.5. Hóa chất sử dụng trong điện di agarose ........................................27 2.2.2.6. Dụng cụ và thiết bị .........................................................................27 2.3. Phương pháp nghiên cứu ..........................................................................27 2.3.1. Phương pháp thu và bảo quản mẫu ...................................................27 2.3.2. Phương pháp tách chiết DNA............................................................28 2.3.2.1. Quy trình ........................................................................................28 2.3.2.2. Điện di kiểm tra sản phẩm DNA tách chiết ...................................28 2.3.3. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) .............................29 2.3.3.1. Khái niệm.......................................................................................29 2.3.3.2. Nguyên tắc của phản ứng PCR ......................................................29 2.3.3.3. Các chỉ tiêu ảnh hưởng đến phản ứng PCR ...................................31 2.3.3.4. Ưu nhược điểm của phản ứng PCR ...............................................33 2.3.3.5. Ứng dụng .......................................................................................33 2.3.4. Phương pháp điện di trên gel agarose ..............................................33 2.3.4.1. Nguyên tắc .....................................................................................34 2.3.4.2. Các yếu tố ảnh hưởng ....................................................................35 2.4. Bố trí thí nghiệm ........................................................................................37 2.4.1. Thí nghiệm 1: tách chiết DNA ..........................................................38 2.4.1.1. Tách chiết DNA .............................................................................38 2.4.1.2. Kiểm tra DNA tách chiết ...............................................................38 2.4.2. Thí nghiệm 2: tối ưu hóa phản ứng PCR...........................................39 2.4.2.1. Thí nghiệm 2.1: khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các cặp mồi microsatellite .................................................................................................39 2.4.2.2. Thí nghiệm 2.2: khảo sát nồng độ MgCl2 ......................................42 vii
  7. Đồ án tốt nghiệp 2.4.2.3. Thí nghiệm 2.3: khảo sát nồng độ Taq DNA polymerase .............42 2.4.3. Thí nghiệm 3: Khảo sát tính hoạt động của các cặp mồi microsatellite. ....................................................................................................43 CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .....................................................45 3.1. Kết quả tách chiết DNA ............................................................................45 3.2. Kết quả tối ưu hóa phản ứng PCR ...........................................................46 3.2.1. Khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các cặp mồi microsatellite .................46 3.2.2. Khảo sát nồng độ MgCl2 ...................................................................53 3.2.3. Khảo sát nồng độ Taq DNA polymerase ..........................................57 3.3. Khảo sát tính hoạt động của các cặp mồi microsatellite ........................58 CHƯƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ..........................................................60 4.1. Kết luận........................................................................................................60 4.2. Đề nghị ........................................................................................................60 TÀI LIỆU THAM KHẢO ......................................................................................61 viii
  8. Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT µg : Microgram µl : Microlite µM : Micromol/lite mM : Milimolar (milimol/lite) AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism ALP : Amplicon Length Polymorphism AP-PCR : Arbitrary Primer-PCR bp : Base pair DAF : DNA Amplification Fingerprinting DNA : Deoxyribonucleic acid dNTP : Deoxyribonucleotide triphosphate EBV : Estimated Breeding Value EDTA : Ethylene diamine tetraacetic acid g : Gram ha : Hecta kb : kilobases kg : Kilogram M : Ladder DNA mA : Miliampe mM : Milimolar (milimol/lite) nu : Nucleotide PCR : Polymerase chain reaction RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA RE : Restriction enzyme RFLP : RestrictionFragment Length Polymorphism SDS : Sodium Dodecyl Sulphate SNP : Single Nucleotide Polymorphism SSCP : Single Strand Conformation Polymorphism ix
  9. Đồ án tốt nghiệp SSR : Simple Sequence Repeat (Microsatellite) STR : short tandem repeats STS : Sequence-Taqged Sites Ta : Annealing temperature Taq DNA polymerase: Thermos aquaticus DNA polymerase TBE : Tris Borate EDTA UV : Ultra Violet - tia cực tím V : Vôn VNTR : Variable Number Tamdem Repeat x
  10. Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1. Các loại marker DNA (Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang, 2005). .........11 Bảng 2.1. Thông tin 16 cặp mồi microsatellite dùng trong nghiên cứu. ..................24 Bảng 2.2. Các thông số điện di DNA bằng gel agarose. ..........................................36 Bảng 2.3. Gradient nhiệt độ lai cho 16 cặp mồi microsatellite. ...............................40 Bảng 2.4. Chu trình nhiệt của các mồi CB12, CB13, CB14, CB15, CB18, CB19. ...................................................................................................................................40 Bảng 2.5. Chu trình nhiệt của mồi Pg –13, PSP – G565, PSP – G579, PSP – G593. ...................................................................................................................................41 Bảng 2.6. Chu trình nhiệt của mồi Ph–7, Ph–9, Ph–21, Ph–25. ............................41 Bảng 2.7. Chu trình nhiệt của mồi Phy01, Phy03. .................................................41 Bảng 2.8. Nồng độ MgCl2 khảo sát cho từng cặp mồi microsatellite. .....................42 Bảng 2.9. Nồng độ Taq DNA polymerase khảo sát. ................................................42 Bảng 2.10. Thành phần buffer, dNTP, cặp mồi Microsatellite (Primer), DNA, Taq polymerase cho một phản ứng PCR. .........................................................................43 Bảng 3.1. Nhiệt độ bắt cặp của các mồi sau khảo sát nhiệt độ tối ưu. .....................52 Bảng 3.2. Bảng kết quả tối ưu nồng độ MgCl2 của 12 cặp mồi................................56 xi
  11. Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1.Cấu tạo răng vòm miệng của cá Tra nuôi (Roberts và Vidthayanon, 1991). .....................................................................................................................................5 Hình 1.2. Cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus). ..................................................5 Hình 1.3. 2 đôi râu ở cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus); 1 đôi râu mép dài; 1 đôi râu hàm dưới ngắn. ...............................................................................................5 Hình 1.4. Vị trí và hình dạng bong bóng khí của cá Tra. ...........................................6 Hình 1.5. Cấu tạo bong bóng khí của cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus)........6 Hình 1.6. Cơ chế bắt chéo lỗi trong giảm phân. .......................................................18 Hình 1.7. Cơ chế trượt lỗi trong quá trình sao mã. ...................................................19 Hình 1.8. Phát hiện microsatellite từ DNA tổng số..................................................20 Hình 1.9.Vùng flanking (vùng sườn) ở 2 bên trình tự microsatellite. ......................20 Hình 2.1. Thang chuẩn 100 bp. ................................................................................26 Hình 2.2. Quy trình tách chiết DNA Salt extraction (Miller và ctv, 1988). .............28 Hình 2.3. Các bước cơ bản của phàn ứng PCR. .......................................................30 Hình 2.4. Sơ đồ minh họa các bước trong quá trình điện di agarose gel. ................35 Hình 2.5. Kết quả điện di với plasmid mạch vòng bên trái và plasmid cùng loại mạch thẳng ở bên phải. .............................................................................................36 Hình 2.6. Sơ đồ bố trí thí nghiệm. ............................................................................37 Hình 2.7. Chu trình nhiệt của máy PCR sau khi tối ưu nhiệt độ bắt cặp mồi microsatellite. ............................................................................................................44 Hình 3.1. Kết quả tách chiết DNA 15 mẫu vây đuôi cá tra ngẫu nhiên cho 4 quần đàn G2–2001, G2–2002 , G2–2003, G3–2001. ........................................................45 Hình 3.2. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB12.................................46 Hình 3.3. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB13.................................47 Hình 3.4. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB14................................47 Hình 3.5. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB15.................................48 Hình 3.6. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB18.................................48 xii
  12. Đồ án tốt nghiệp Hình 3.7. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi CB19.................................49 Hình 3.8. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi Phy01. ...............................50 Hình 3.9. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi Phy03. ...............................50 Hình 3.10. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi Ph–7. ...............................51 Hình 3.11. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi Ph–21. .............................51 Hình 3.12. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi PSP–G579. .....................52 Hình 3.13. Phản ứng PCR gradian nhiệt độ của cặp mồi Pg–13. .............................52 Hình 3.14. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB14. ..........................54 Hình 3.15.Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB15. ...........................54 Hình 3.16. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB12. ..........................55 Hình 3.17. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB13. ..........................55 Hình 3.18. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB18. ..........................55 Hình 3.19. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi CB19 ...........................55 Hình 3.20. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi Phy01. ..........................55 Hình 3.21. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi Phy03. ..........................56 Hình 3.22. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi Ph-7..............................56 Hình 3.23. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi Ph-21............................56 Hình 3.24. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi PSP-G579. ...................56 Hình 3.25. Phản ứng tối ưu nồng độ MgCl2 của cặp mồi Pg–13. ..........................56 Hình 3.26. Kết quả điện di thay đổi nồng độ Taq DNA polymerase trên gel Agarose 2,5 %..........................................................................................................................57 Hình 3.27. Sản phẩm khuếch đại của mồi CB19 trên 12 mẫu cá tra. .......................59 Hình 3.28. Hình kiểm tra đa hình sản phẩm khuếch đại của các mồi CB13, CB14, CB18, CB19, Pg-13, Ph-7 trên 4 mẫu cá tra. ...........................................................59 xiii
  13. Đồ án tốt nghiệp MỞ ĐẦU 1. Đặt vấn đề Việt Nam đang là một trong năm nước đứng đầu thế giới về sản lượng nuôi trồng thủy sản. Sau nghề nuôi tôm thì nghề nuôi cá tra là một trong những nghề phát triển mạnh nhất trong thời gian qua ở vùng đồng bằng sông Cửu Long. Cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) là loài cá nước ngọt bản địa của Việt Nam và được biết phổ biến như là một biểu tượng thương mại của ngành nuôi trồng thủy sản nói riêng, đóng vai trò chủ chốt trong kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam. Hiện nay, nghề nuôi cá Tra sản xuất ngày càng phát triển và mở rộng dẫn đến nhu cầu con giống cá Tra càng tăng cao. Tuy nhiên, việc sản xuất và cung ứng giống cá tra tại các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long chủ yếu do người dân tự phát, tự cân đối nên chưa có sự phát triển đồng bộ giữa số lượng cũng như chất lượng con giống. Chất lượng con giống có chiều hướng suy giảm trong những năm trở lại đây với những biểu hiện như tỷ lệ dị hình cao, chậm lớn, dễ nhiễm bệnh và tỷ lệ sống thấp. Giá cá bột không có sự khác biệt giữa cá có cải thiện di truyền và cá tại địa phương. Từ đó ảnh hưởng tới vệc nuôi trồng và sản xuất của các hộ nuôi cá tra thương phẩm cũng như ảnh hưởng tới việc xuất khầu cá tra ra thị trường nước ngoài. Trước tình hình như vậy bên cạnh việc ban hành các thông tư và nghị định về nuôi chế biến và sản xuất cá tra thì hỗ trợ những trang thiết bị, máy móc cần thiết để phục vụ cho công tác kiểm soát chất lượng con giống, kiểm soát môi trường nuôi, đào tạo nghiệp vụ cho các cơ quan quản lý địa phương nhằm chủ động hơn trong nhiệm vụ quản lý cá tra giống là việc rất cần thiết. Với ý nghĩa thực tiễn và ý nghĩa khoa học như vậy, chúng tôi tiến hành thực hiền đề tài “Tối ưu hóa các cặp mồi microsatellite trong phân tích đa dạng di truyền cá Tra (Pangasianodon hypophthamus)”. Nghiên cứu này được hy vọng sẽ tạo tiền đề cho nghiên cứu tiếp theo trong việc phân tích đa dạng di truyền cá Tra 1
  14. Đồ án tốt nghiệp nhằm góp phần vực dậy chất lượng con giống tra, nâng cao năng suất, tạo ra những sản phẩm có chất lượng đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của thị trường trong và ngoài nước. Đề tài được thực hiện tại Phòng Thí Ngiệm Di Truyền Phân Tử, Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II. 2. Mục tiêu nghiên cứu Tối ưu hóa và tuyển chọn các cặp mồi microsatellite có tính đa hình cao từ 16 cặp mồi microsatellite. 3. Nội dung nghiên cứu  Tách chiết DNA mẫu cá Tra từ 4 quần đàn khác nhau.  Tối ưu hóa phản ứng PCR.  Khảo sát tính hoạt động của các cặp mồi microsatellite. 2
  15. Đồ án tốt nghiệp CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Giới thiệu về cá Tra (Pangasianodon hypophthamus) Bộ Siluriformes gồm có 36 họ, 477 giống, 3088 loài cá phân bố rộng khắp trên toàn thế giới. Trong 36 họ cá đã nêu có một số họ cá có giá trị kinh tế được nuôi và khai thác phổ biến như các họ: Ariidae (cá Úc), Bagridae (cá Chốt), Clariidae (cá Trê), Ictaluriidae (cá Nheo), Pangasiidae (cá Trơn), Plotosidae (cá Ngát), Silurudae (cá Leo) và Sisoridae (cá Chiên)…(Carl và ctv, 2007). Cá Tra là loài cá kinh tế phổ biến ở khu vực châu Á và là một trong 30 loài cá thuộc họ Pangasiidae (http://www.fishbase.org). Pangasiidae được phát hiện đầu tiên trong thủy vực nước ngọt ở các quốc gia phụ cận khu vực hạ lưu của Ấn Độ Dương; sự đa dạng thành phần loài của họ cá này tập trung chủ yếu ở khu vực Đông Nam châu Á (Roberts và Vithayanon, 1991). Cá Tra có nguồn gốc từ Cambodia, Lào, Thái Lan và Việt Nam (www.fishbase.org). Ngoài ra, cá Tra còn được đưa vào nuôi rộng rãi khắp các nước Đông Nam Á. Kiến thức về sinh học và sinh thái học của loài này trong tự nhiên còn hạn chế (Hung và ctv, 2003). Cá Tra có tính ăn tạp và thức ăn chủ yếu là thực vật và một số loài động vật thân mềm (Vithayanon, 1993). Cá Tra phân bố tự nhiên ở vùng hạ lưu sông Mekong bao gồm các nước: Cambodia, Lào, Thái Lan, Việt Nam và chúng cũng được phát hiện ở sông Chao Praya – Thái Lan. 1.1.1. Hệ thống phân loại Theo hệ thống phân loại Roberts và Vidohayanon (1991) cá Tra thuộc : Giới: Animalia Linnaeus Ngành: Chordata Bateson Ngành phụ: Vertebrata Cuvier Tổng lớp: Osteichthyes Huxley Lớp: Actinopterygii Huxley Lớp phụ: Neopterygii Infraclass: Teleostei 3
  16. Đồ án tốt nghiệp Tổng bộ: Ostaryphysi Bộ: Siluriformes Họ: Pangasiidae Bleeker Giống (chi): Pangasius Loài: Pangasius hypophthalmus Các đồng danh của loài cá Tra :  Helicophagus hypophthalmus  Pangasianodon hypophthalmus  Pangasius hypophthalmus  Pangasius pangasius  Pangasius pleurotaenia  Pangasius sutchi Tên loài Pangasianodon hypophthalmus được Rainboth sử dụng lần đầu vào năm 1996 để chỉ định cho loài cá Tra và sau đó được nhiều tác giả khác sử dụng phổ biến đến nay. Tuy nhiên tên khoa học Pangasius sutchi thì không còn sử dụng nữa. Tên đặt cho loài này khác nhau theo các nước trong vùng nó phân bố. Ở Campuchia là Trey pra (tên Khmer), Lào là Pa souay kheo, Pa suay, Thái là Pla saa wha, Pla suey và Việt Nam là Cá Tra (Nguyễn Văn Thường, 2008). 1.1.2. Đặc điểm hình thái Theo Trương Thủ Khoa và Trần Thị Thu Hương (1993) cá Tra được mô tả như sau:  Đầu rộng, dẹp bằng. Mõm ngắn, nhìn từ trên xuống chót mõm tròn.  Miệng trước, rộng ngang, không co duỗi được có dạng hình vòng cung và nằm trên mặt phẳng ngang.  Răng nhỏ mịn, răng vòm miệng chia thành 4 đám nhỏ, mỏng, nằm trên đường vòng cung, đôi khi bị che lấp bởi nếp da vòm miệng (Hình 1.1). 4
  17. Đồ án tốt nghiệp Hình 1.1.Cấu tạo răng vòm miệng của cá Tra nuôi (Roberts và Vidthayanon, 1991).  Lỗ mũi sau gần lỗ mũi trước hơn mắt và nằm trên đường thẳng kẻ từ lỗ mũi trước đến cạnh trên của mắt.  Có hai đôi râu, râu mép kéo dài chưa chạm đến gốc vi ngực, râu cằm ngắn hơn.  Thân thon dài, phần sau dẹp bên. Đường bên hoàn toàn và phân nhánh, bắt đầu từ mép trên của lỗ mang đến điểm giữa gốc vi đuôi. Mặt sau của vi lưng, vi ngực có răng cưa hướng xuống gốc vi. Vi bụng kéo dài chưa chạm đến khởi điểm của gốc vi hậu môn. Hình 1.2. Cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus). Hình 1.3. 2 đôi râu ở cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus); 1 đôi râu mép dài; 1 đôi râu hàm dưới ngắn. 5
  18. Đồ án tốt nghiệp Hình 1.4. Vị trí và hình dạng bong bóng khí của cá Tra. Hình 1.5. Cấu tạo bong bóng khí của cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus). 1.1.3. Đặc điểm phân bố và sinh thái 1.1.3.1. Đặc điểm phân bố Vùng phân bố tự nhiên của cá Tra giới hạn trong hạ lưu sông Mekong, bao gồm Cambodia, Lào, Thái Lan và Việt Nam, kể cả sông Chao Praya ở Thái Lan (Roberts và Vidthayanon, 1991; Poulsen và ctv, 2004). Theo Nguyễn Thị Thu Thủy (2009) có ít nhất hai quần thể lớn khác nhau được tìm thấy ở khu vực hạ lưu sông Mekong: Một quần thể ở khu thượng nguồn sông Mekong (Thái Lan, Lào). Quần thể này có thể mở rộng từ cửa sông Loei đi ngược lên biên giới Myanmar và Trung Quốc. 6
  19. Đồ án tốt nghiệp  Quần thể hạ nguồn là quần thể trội hơn, và chiếm ưu thế trong khắp khu vực phân bố của chúng, kéo dài từ đồng bằng sông Mekong ở Việt Nam, trong hệ thống hồ lớn Campuchia và ngược lên Khone Falls (Campuchia). Cũng có thể có một quần thể nhỏ hơn ở khu vục sông Xe Bang Fai và sông Songkhram. Quần thể này có thể trùng lặp một phần với quần thể nói trên do sự di cư chậm về phương diện không gian lẫn di truyền. 1.1.3.2. Đặc điểm sinh sản Cá Tra là loài cá di cư sinh sản, ngược dòng Mekong từ một vùng chưa rõ vào tháng 5 – 7 và quay lại dòng chính khi nước sông đổ về dâng ngập vào tháng 9 – 12. Ở phía Nam thác Khône, sự di cư ngược dòng của cá Tra xảy ra từ tháng 10 – 2 năm sau, cao điểm vào tháng 11 – 12. Sự di cư này xảy ra khi nước rút và xuất hiện rải rác theo sau đó là các hoạt động di cư theo chiều ngang của cá từ các vùng ngập nước trở về dòng Mekong vào cuối thới kỳ mùa lũ. Hoạt động di cư xuôi dòng của cá xảy ra vào tháng 5 – 8 từ Stung Treng đến Kandal ở Cambodia và sau đó đến hạ lưu sông Mekong ở Việt Nam. Trứng cá xuất hiện vào tháng 3 – 8 từ Stung Treng đến Kandal, cho thấy rằng sự di cư xuôi dòng của cá bao gồm cả hai hoạt động: di cư sinh sản và di cư dinh dưỡng và cuối cùng cá di chuyển đến các cánh đồng ngập nước ở Cambodia và Việt Nam trong mùa lũ. Ở Việt Nam, cá Tra thuộc đàn cá hạ lưu, phân bố rộng khắp trên sông Tiền và sông Hậu. Vào mùa mưa (tháng 5 – 6) cá Tra bột trôi theo dòng nước từ bãi đẻ ở đoạn giữa Kra – chê và thác Khône. Khi chúng đến biên giới giữa Cambodia và Việt Nam, cá sẽ dạt vào các vùng ngập nước ở đây. Sông Tonle Sap chảy theo chiều nguợc lại giúp cho cá bột có thể đi sâu vào vùng ngập thuộc hệ thống này. Sức sinh sản của cá tra là 120.000 – 145.700 trứng/kg cá cái (Huỳnh Quốc Khanh, 2009). 7
  20. Đồ án tốt nghiệp 1.2. Tình hình chọn giống cá tra tại đồng bằng sông Cửu Long 1.2.1. Tình hình nuôi cá tra ở đồng bằng sông Cửu Long Việt Nam đang là một trong năm nước đứng đầu thế giới về sản lượng nuôi trồng thủy sản. Sau nghề nuôi tôm thì nghề nuôi cá tra là một trong những nghề phát triển mạnh nhất trong thời gian qua ở vùng đồng bằng sông Cửu Long. Đây là loài cá nước ngọt bản địa của Việt Nam thường được nuôi trong ao hoặc trong lồng bè và xu hướng hiện nay chủ yếu là nuôi trong ao. Theo Tổng cục Thủy sản: ước tính tổng diện tích thả nuôi cá tra tháng 1/2015 là 1.701 ha, tăng nhẹ 3,5 % so với cùng kì năm 2014. Trong đó tỉnh Đồng Tháp có diện tích nuôi cá tra đạt 1.072 ha chiếm 63% diện tích nuôi cá tra, tăng 10,7% so với năm 2014. Sản lượng thu hoạch lũy kế tính ước tính đạt 73 nghìn tấn, năng suất bình quân đạt 300 tấn/ha, tăng 1,6 lần so với năng suất bình quân năm 2014, trong đó tỉnh Đồng Tháp có năng suất cao nhất đạt 410 tấn/ha và năng suất thấp nhất của Bến Tre đạt 205,2 tấn/ha. Đến đầu năm 2015, giá cá tra nguyên liệu tăng thêm 500 đồng/kg so với cuối tháng 12 năm 2014, phổ biến ở mức 24.000 – 25.000 đồng/kg tùy theo địa phương, doanh nghiệp và thời điểm. Sau khi trừ chi phí sản xuất, người nuôi có thể thu lãi từ 2.000 – 2.500 đồng/kg, tương đương lợi nhuận 600 – 900 triệu đồng/ha. Với mức giá này, khả năng diện tích nuôi cá tra thâm canh sẽ gia tăng trong thời gian tới. 1.2.2. Tình hình chất lượng con giống cá Tra ở đồng bằng sông Cửu Long Chất lượng cá tra giống là một trong những yếu tố quan trọng để nâng cao hiệu quả nghề nuôi cá tra thâm canh, từ đó góp phần phát triển bền vững nghề nuôi và chế biến cá tra xuất khẩu. Tuy nhiên, hiện nay cá tra giống vẫn chưa đạt yêu cầu về chất lượng mặc dù ngành chức năng các cấp đã có nhiều nỗ lực. Việc sản xuất và cung ứng giống cá tra tại các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long phần lớn do người dân tự phát, tự cân đối nên phát triển chưa đồng bộ giữa số lượng cũng như chất lượng. Chất lượng con giống có chiều hướng suy giảm trong những năm gần đây với những biểu hiện như tỷ lệ dị hình cao, chậm lớn, dễ nhiễm bệnh và tỷ lệ sống thấp. 8
nguon tai.lieu . vn
Thạc sĩ - Tiến sĩ - Cao học Công nghệ thông tin Kinh tế - Thương mại Tài chính - Ngân hàng Kiến trúc - Xây dựng Điện-Điện tử-Viễn thông Cơ khí - Chế tạo máy Công nghệ - Môi trường Báo cáo khoa học Quản trị kinh doanh Khoa học xã hội Khoa học tự nhiên Nông - Lâm - Ngư Y khoa - Dược