- Trang Chủ
- Nông nghiệp
- Đánh giá đa dạng di truyền loài Vên vên (Anisoptera costata Korth.) ở rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ bằng chỉ thị phân tử SSR
Xem mẫu
- TAP CHI SINH HOC 2019, 41(2se1&2se2): 23–31
DOI: 10.15625/0866-7160/v41n2se&2se2.14159
DIVERSITY ASSESSMENT OF Anisoptera costata Korth. IN SOUTHEASTERN
RAINFOREST USING SSR MARKERS
Pham Mai Phuong1, Nguyen Vu Anh1, Nguyen Minh Tam2,
Nguyen Thanh Tuan3, Bui Thi Tuyet Xuan4, Vu Dinh Duy1,*
1
Institute of Tropical Ecology, Vietnam-Russia Tropical Centre, Ha Noi, Vietnam
2
Vietnam National Museum of Nature, VAST, Vietnam
3
Vietnam Forestry University - Dongnai Campus, Dong Nai, Vietnam
4
Institute of Ecology and Biological Resources, VAST, Vietnam
Received 10 August 2019, accepted 28 September 2019
ABSTRACT
The distribution of Anisoptera costata Korth. (Dipterocarpaceae) is restricted to lowland
rainforests in southeastern Vietnam. For conservation of this species, its genetic diversity was
investigated based on nine microsatellites (single sequence repeat, SSR). In total, forty-eight A.
costata individuals in southeastern rainforest were analyzed. Polymorphism was found in all nine
loci, with a total of 23 alelles observed. The polymorphic information content (PIC) was 0.41 in
average (0.21–0.51) indicating a low polymorphic value. Other measured values include
discrimination power (PD = 0,43), resolving power (Rp = 3.29) and Marker index (MI = 2.1)
were revealed. The SSR data of A. costata Korth. in southeast rainforest of Vietnam indicated a
low genetic diversity (NA = 2.56; Ho = 0.232 and He = 0.252) with positive inbreeding value
(FIS= 0.148). This study also showed the importance of conserving the genetic resources of A.
costata in southeastern rainforests. The threatened status of A. costata was related to a lack of
genetic diversity. All existing populations remained in isolated small forest patches. An ex-situ
conservation site shoukd be established with new big populations for this species from all genetic
groups to improve the fitness of the species under different environmental stresses.
Keywords: Anisoptera costata, genetic diversity, microsatellites (SSR), species conservation.
Citation: Pham Mai Phuong, Nguyen Vu Anh, Nguyen Minh Tam, Nguyen Thanh Tuan, Bui Thi Tuyet Xuan, Vu
Dinh Duy, 2019. Diversity assessment of Anisoptera costata Korth. In southeastern rainforest using SSR markers.
Tap chi Sinh hoc, 41(2se1&2se2): 23–31. https://doi.org/10.15625/0866-7160/v41n2se1&2se2.14159.
*
Corresponding author email: duyvu@vnmn.vast.vn/duydinhvu87@gmail.com
©2019 Vietnam Academy of Science and Technology (VAST)
23
- TAP CHI SINH HOC 2019, 41(2se1&2se2): 23–31
DOI: 10.15625/0866-7160/v41n2se1&2se2.14159
ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI VÊN VÊN (Anisoptera costata Korth.)
Ở RỪNG NHIỆT ĐỚI ĐÔNG NAM BỘ BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR
Phạm Mai Phƣơng1, Nguyễn Vũ Anh1, Nguyễn Minh Tâm2,
Nguyễn Thanh Tuấn3, Bùi Thị Tuyết Xuân4, Vũ Đình Duy1,*
Viện Sinh thái Nhiệt đới, Trung tâm Nhiệt đới Việt-Nga
1
2
Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
3
Trường Đại học Lâm nghiệp phân hiệu Đồng Nai
4
Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
Ngày nhận bài 10-8-2019, ngày chấp nhận 28-9-2019
TÓM TẮT
Vên vên, Anisoptera costata, loài thực vật phân bố hẹp trong rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam
Bộ, được đánh giá mức độ đa dạng di truyền trên cơ sở phân tích 9 locus microsatellite (SSR), từ
48 cá thể trưởng thành. Chín locus đều có kết quả đa hình, có 23 alen đã được ghi nhận cho tất cả
locus nghiên cứu. Hàm lượng thông tin đa hình (PIC) cho mỗi cặp mồi đa hình trung bình 0,41
(0,24–0,51) và chỉ ra mức độ đa hình thấp. Các giá trị đặc điểm của mỗi cặp mồi SSR cũng được
xác định: chỉ số khác nhau giữa các cặp mồi (RP = 3,29), chỉ số khác nhau giữa các cặp cá thể
(PD = 0,43) và chỉ số đa dạng trung bình các băng đa hình (MI = 2,1). Dẫn liệu chỉ ra mức độ đa
dạng di truyền A. costata ở rừng nhiệt đới Đông Nam bộ thấp: số alen trung bình cho một locus
(NA = 2,56), hệ số gen dị hợp tử quan sát (HO = 0,232) thấp hơn hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng (HE
= 0,252) và hệ số sinh sản cận noãn là dương tính (FIS = 0,148). Kết quả nghiên cứu này khẳng
định đây là nguồn gen cần được bảo tồn ở rừng nhiệt đới Đông Nam bộ.
Từ khóa: Anisoptera costata, bảo tồn, đa dạng di truyền, microsatellite (SSR), Vên vên.
*Địa chỉ email liên hệ: duyvu@vnmn.vast.vn/duydinhvu87@gmail.com
MỞ ĐẦU của loài này càng bị suy giảm nghiêm trọng
Vên vên, Anisoptera costata Korth., loài do tỷ lệ tái sinh của loài này không cao khi bị
cây thường xanh thuộc họ Dầu phân cắt mạnh (Phạm Văn Hưởng, 2010).
(Dipterocarpaceae), phân bố ở Indonesia, Theo các tiêu chí của Quỹ Bảo tồn Thiên
Brunei, Malaysia, Philippines, Myanmar, Thái nhiên quốc tế IUCN (2019) loài A. costata
Lan, Lào, Cambodia và Việt Nam (Titi & hiện được xếp ở tình trạng nguy cấp (EN).
Titiek, 2007; Phạm Văn Hưởng, 2010). Ở Việt Loài này đã được đưa vào Sách Đỏ Việt Nam
Nam. Loài này phân bố ở một số tỉnh Nam Bộ (2007) ở mức độ nguy cấp EN A1c,d, B1 + 2a
và Tây Nguyên (Nguyễn Hoàng Nghĩa, 2005). và được pháp luật bảo vệ (nhóm IIA của nghị
Loài này không chỉ quan trọng đối với hệ sinh định 32/2006/NĐ-CP).
thái rừng mà còn có giá trị thương mại với các Chỉ thị phân tử (AFLP, ISSR, SSR,
sản phẩm như gỗ, tinh dầu và dược phẩm RAPD,...) là một trong những kỹ thuật nghiên
(Phạm Văn Hưởng, 2010). Xuất phát từ giá trị cứu đa dạng di truyền được áp dụng hiệu quả
này, quần thể tự nhiên của Vên vên đang bị đe hiện nay (Lim et al., 2001; Ng et al., 2004;
doạ do bị khai thác làm nguyên liệu và lấy gỗ Pandey & Geburek, 2009; Abasolo et al.,
(Phạm Văn Hưởng, 2010). Quần thể tự nhiên 2009; Trang & Triest 2016; Muhammad et al.,
24
- Đánh giá đa dạng di truyền
2016; Dinh Duy Vu et al., 2017, 2018; Tam Duc et al., 2016; Trang & Triest, 2016; Dinh
et al., 2019). Trong đó, chỉ thị phân tử vi vệ Duy Vu et al., 2018; Tam et al., 2019).
tinh (microsatellite - SSR) được sử dụng rộng Trong khi đó, trên thế giới, đã có những
rãi trong việc đánh giá đa dạng di truyền ở nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể một
cả mức độ quần thể và loài thực vật (Gupta số loài khác thuộc họ Dầu (Ujino et al.,
& Varshney, 2000) nhờ có các đặc tính ưu 1998; Terauchi, 1994; Ng et al., 2004);
việt như sự phân bố rộng trong hệ gen, tính di Abasolo et al., 2009). Phân tích cấu trúc di
truyền đồng trội, tính lặp lại, bản chất đa allen truyền sử dụng chỉ thị phân tử cho thấy mức
và vị trí đặc hiệu ở nhiễm sắc thể (Li et al., độ đa dạng di truyền bị suy giảm rất cao có
2004; Varshney et al., 2005; Kalia et al., 2011; liên quan đến khả năng tăng hệ số gen đồng
Rajwant et al., 2011; Vieira et al., 2016; Xu et hợp tử trong các quần thể nhỏ và hẹp, đồng
al., 2017). Tuy nhiên, cho đến nay, ở Việt thời cũng chỉ ra mức độ đa dạng rất lớn
Nam, những nghiên cứu về phân loại thực vật giữa các quần thể, từ đó có thể đưa ra một
thường chỉ dựa vào đặc điểm hình thái, điều số biện pháp hiệu quả để phục hồi nguồn
tra lâm học và nơi phân bố (Nguyễn Hoàng gen một số loài bị đe doạ tuyệt chủng.
Nghĩa, 2005; Phạm Văn Hưởng, 2010). Gần
VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN
đây mới có những nghiên cứu về đa dạng di
CỨU
truyền nguồn gen cho taxon này ở Việt
Nam (Tam et al., 2014; Trang et al., 2014;
Bảng 1. Nguồn gốc của 48 mẫu A. costata được sử dụng trong nghiên cứu
Tọa độ địa lý
Số
Quần thể Địa điểm thu mẫu Độ cao (so mặt
mẫu Vĩ độ Kinh độ
nước biển)
Rừng phòng hộ Tân Phú,
Tân Phú 18 11o06’ Bắc 107o25’ Đông 116–127 m
Định Quán, Đồng Nai
Vườn Quốc gia Lò Gò -
Xa Mát 20 11o21’ Bắc 106o02’ Đông 10–20 m
Xa Mát, Tây Ninh
Bù Gia Vườn Quốc gia Bù Gia
10 12o12’ Bắc 107o08’ Đông 350 m
Mập Mập, Bình Phước
Bảng 2. Trình tự các nucleotide của 9 cặp mồi SSR
Kích Nhiệt độ bắt Nguồn tài
Locus Trình tự nucleotide của cặp mồi (5’-3’) Trình tự lặp
thước (bp) cặp (oC) liệu
F-5’-CTTCCCTAAATTCCCCAATGTT-3’ Isagi et al.
Dipt01 (AG)15 193 55
R-5’-TAATGGTGTGTGTACCAGGCAT-3’ (2002)
F-5’-ACAATGAAACTTGACCACCCAT-3’ Isagi et al.
Dipt03 (GA)24 226 56
R-5’-CAAAAGGACATACCAGCCTAGC-3’ (2002)
F-5’-TAGGGCATATTGCTTTCTCATC-3’ Isagi et al.
Dipt04 (AG)15 214 55
R-5’-CTTATTGCAGTCATCAAGGGAA-3’ (2002)
F-5’-TCTCAAAATCTGCAAAGACAGC-3’ Isagi et al.
Dipt05 (GA)25 293 55
R-5’-CCATAGTCATCACCTCTAATGGTC-3’ (2002)
F-5’-TGGCAAACAAGCTACTGTTCAT-3’ Isagi et al.
Dipt06 (TA)8 258 55
R-5’-CATGGGTTTAGCAACCTACACA-3’ (2002)
F-5’-CAGGAGGGGAATATGGAAAA-3’ Isagi et al.
Dipt07 (AC)9 120 54
R-5’-AAGTCGTCATCTTTGGATTGC-3’ (2002)
F-5’-ATGCTTACCACCAATGTGAATG-3’ Terauchi
Dipt08 (GA)6 170 55
R-5’-CTCGCAGCAGAACAACTTTCTA-3 (1994)
(CT)8CA(CT)
F-5’-ATGTC CATGT TTGAG TG-3’ Ujino et al.
Shc07 5CACCC(CTC 169 54
R-5’-CATGG ACATA AGTGG AG-3’ (1998)
A)3CT(CA)10
F-5’-ATCTGTTCTTCTACAAGCC-3’ Ujino et al.
Shc11 (CT)4TT(CT)5 166 54
R-5’-TTAGAACTTGAGTCAGATC-3’ (1998)
25
- Pham Mai Phuong et al.
Mẫu lá (hoặc vỏ cây) từ 48 cá thể A. Phân tích số liệu
costata từ ba tỉnh Đồng Nai, Tây Ninh và Hiệu quả của mỗi cặp mồi SSR được phân
Bình Phước (bảng 1) đã được thu thập. Các tích thông qua các chỉ số PIC (Polymorphism
mẫu được đánh số, bảo quản trong túi nhựa Information Content - hàm lượng thông tin đa
dẻo có chứa silicagel ngay tại thực địa và hình), Rp (resolving power - chỉ số khác nhau
chuyển đến phòng thí nghiệm giữ ở nhiệt độ của cặp mồi) và PD (Discrimination power -
phòng cho đến khi sử dụng. Trình tự chỉ số khác biệt giữa các cặp cá thể) và MI
nucleotide của 9 chỉ thị phân tử SSR sử dụng (Marker index - chỉ số đa dạng trung bình của
trong nghiên cứu được tham khảo từ các các băng đa hình) được mô tả bởi Prevost và
nghiên cứu của Isagi et al. (2002), Terauchi Wilkinson (1999). Sử dụng các phần mềm
(1994), Ujino et al. (1998) được tổng hợp bởi GenAlex (Peakall & Smouse, 2006) và
công ty IDT, Hoa Kỳ (Intergarated DNA Arlequin (Excoffer et al., 2005) đánh giá dạng
Technology, USA) (bảng 2). di truyền quần thể bao gồm NA (Số alen cho
Tách chiết ADN tổng số một locus), HO (Hệ số gen dị hợp tử quan sát -
observed heterozygosity), HE (Hệ số gen dị
Mẫu được tách chiết theo phương pháp hợp tử kỳ vọng - expected heterozygosity, FIS
CTAB của Doyle & Doyle (1990) có cải tiến (Hệ số cận noãn - inbreeding coefficient) và
cho phù hợp với điều kiện phòng thí nghiệm FST (Hệ số sai khác giữa các quần thể - genetic
của Việt Nam. Kiểm tra độ sạch và hàm lượng differentiation).
ADN tổng số bằng cách đo quang phổ hấp thụ
(Nanodrop 2000) kết hợp với điện di trên gel KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
agarose 1%. ADN tổng số được pha loãng Đánh giá tính đa hình của các cặp mồi SSR
dùng cho phản ứng PCR ở nồng độ 10 ng/µl. Với 9 cặp mồi microsatellite (SSR), đã
Chu trình phản ứng chuỗi trùng hợp (PCR ) xác định 23 alen khác nhau, với kích thước
Thể tích mỗi phản ứng PCR là 25 µl, dao động từ 100 bp đến 300 bp từ 48 cá thể
trong đó chứa các thành phần và nồng độ trưởng thành. Không tìm thấy alen lặn ở tất
các chất tham gia phản ứng gồm: 2 µl ADN cả các locus SSR. 9 locus nghiên cứu đều
tổng số, 12,5 µl Master Mix 2X, 1 µl mồi cho kết quả đa hình với loài Vên vên ở 3 khu
vực nghiên cứu. Số alen trung bình cho một
xuôi 10 µM; 1 µl mồi ngược 10 µM và 9,5
locus là 2,56. Các giá trị hàm lượng thông tin
µl H2O deion. Quá trình nhân bản được tiến
đa hình (PIC), chỉ số sai khác giữa các cặp cá
hành trên máy Gene amp PCR system 9700
thể (PD), chỉ số sai khác giữa các cặp mồi
theo chu trình nhiệt như sau: (1) Biến tính
(Rp) và chỉ số trung bình của các băng đa
ban đầu: 94oC trong 3 phút; (2) Biến tính: hình (MI) lần lượt là 0,41; 0,43; 3,29 và 2,1,
94oC trong 1 phút; (3) Bắt cặp: 55oC trong 1 tương ứng (bảng 3). Hàm lượng thông tin đa
phút; (4) Kéo dài: 72 oC trong 1 phút; (5) hình (PIC = 0,41) của loài Vên vên là cao so
Lặp lại (2) đến (4) 40 chu kì; (6) Phản ứng với hàm lượng thông tin đa hình của loài Dầu
kết thúc hoàn toàn: 72 oC trong 10 phút; (7) mít (PIC = 0,207) (Nguyễn Minh Đức và
Giữ sản phẩm PCR ở 4oC. Điện di sản phẩm nnk., 2017) và loài Dầu nước (PIC = 0,218)
PCR trên gel polyacrylamide 8% trong 40 (Vũ Đình Duy và Bùi Thị Tuyết Xuân, 2014).
ml dung dịch đệm 1xTAE trên bộ điện di Tuy nhiên giá trị này của loài Vên vên lại
Sequi-Gen (BIO-RAD, Hoa Kỳ), nhuộm thấp hơn loài Dầu song nàng (PIC = 0,459)
GelRedTM Nucleotic Acid Gel Stain và chụp (Nguyễn Thị Hải Hà và nnk., 2016). Các cặp
ảnh trên máy soi gel BioDocAnalyze mồi SSR được phân tích ở loài Vên vên sản
(BIOMETRA, Đức). Kích thước alen được sinh ra số băng đa hình (MI = 2,1) cao hơn
xác định bởi phần mềm Gel-Analyzer loài Dầu song nàng (MI = 1,19) (Nguyễn Thị
GenoSens1850 (Clinx Sci. Instruments Co. Hải Hà và nnk., 2016) và loài Dầu mít (MI =
Ltd, Trung Quốc) với thang marker DNA 20 3,89) (Nguyễn Minh Đức và nnk., 2017). Các
bp (Invitrogen, CHLB Đức). giá trị này đã phản ánh các cặp mồi SSR
26
- Đánh giá đa dạng di truyền
trong nghiên cứu đã cung cấp những thông dạng di truyền A. costata.
tin có giá trị hữu ích để đánh giá mức độ đa
Bảng 3. Số alen và các giá trị PIC, PD, Rp và MI cho các locus đa hình
Locus Số alen PIC PD Rp MI
Dipt01 3 0,43 0,42 4,60 2,1
Dipt03 3 0,51 0,63 2,86 2.8
Dipt04 3 0,48 0,57 3,25 2,6
Dipt05 2 0,33 0,41 3,66 1,2
Dipt06 2 0,29 0,39 2,68 1,6
Dipt07 2 0,24 0,47 3,32 1,9
Dipt08 3 0,39 0,32 2,80 2,5
Shc07 3 0,50 0,36 3,32 2,6
Shc11 2 0,48 0,32 3,11 1,4
TB 2,56 0,41 0,43 3,29 2,1
Ghi chú: PIC: Hàm lượng thông tin đa hình, PD: Chỉ số sai khác giữa các cặp cá thể, Rp: Chỉ số sai khác
của mỗi cặp mồi và MI: Chỉ số đa dạng trung bình của các băng đa hình.
Đa dạng di truyền quần thể phòng hộ Tân Phú (HO = 0,252), cao hơn so
Giá trị đa dạng di truyền quần thể của A. với hệ số này ở loài từ Vườn quốc gia Bù Gia
costatathu từ rừng nhiệt đới núi thấp Đông Mập (HO = 0,196), và Vườn quốc gia Lò Gò -
Nam Bộ được trình bày ở bảng 4. Kết quả cho Xa Mát (HO = 0,248). Tương tự, hệ số gen dị
thấy, giá trị đa dạng di truyền của A. costata ở hợp tử lý thuyết ở rừng phòng hộ Tân Phú là
rừng phòng hộ Tân Phú (HO và HE) cao hơn 0,275, trong khi đó hệ số này cao hơn ở VQG
so sánh với loài này ở Vườn quốc gia (VQG) Bù Gia Mập (HE = 0,216) và VQG Lò Gò - Xa
Bù Gia Mập và Vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát (HE = 0,266).
Mát. Hệ số gen dị hợp tử quan sát ở rừng
Bảng 4. Các giá trị HO, HE và FIS của các quần thể A. costata ở Đông Nam Bộ
Quần thể Kích thước quần thể HO HE FIS Giá trị P
Tân Phú 18 0,252 0,275 0,113 ns
Bù Gia Mập 20 0,196 0,216 0,095 ns
Lò Gò - Xa Mát 10 0,248 0,266 0,235 0,05
Trung bình 0,232 0,252 0,148
Ghi chú: HO: Hệ số gen dị hợp tử quan sát, HE: Hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng, FIS: Hệ số sinh sản cận noãn,
P: Mức ý nghĩa, ns: Không có ý nghĩa.
Hệ số sinh sản cận noãn (FIS) là sự gia chịu của quần thể. Kết quả nghiên cứu được
tăng tỉ lệ các cá thể mang gen đồng hợp tử chỉ ra ở bảng 3 cho thấy hệ số cận noãn thấp
trong quần thể không thuần chủng. Đây cũng được tìm thấy ở cả 3 quần thể Vên vên, trung
là mức giảm dự kiến trong suốt quá trình giao bình FIS = 0,148. Hệ số cận noãn được tìm
phối giữa các kiểu gen dị hợp. Hệ số cận noãn thấy ở Tân Phú là 0,113, thấp hơn so với hệ số
trong khoảng từ 0 (đối với các cá thể dị hợp) này ở VQG Lò Gò - Xa Mát (FIS = 0,235, p =
đến 1 (đối với các cá thể đồng hợp hoàn toàn). 0,05) và cao hơn so với VQG Bù Gia Mập
Giao phối gần tạo ra sự gia tăng tỉ lệ đồng hợp (FIS = 0,095). Kết quả này có thể cho thấy hiện
tử lặn, dẫn đến biểu hiện của một số alen lặn tượng giao phối cận noãn diễn ra trong quần
có hại bẩm sinh, do đó làm giảm sức chống thể A. costata ở Đông Nam Bộ.
27
- Pham Mai Phuong et al.
Tỷ lệ dị hợp tử là chỉ số đánh giá mức độ (NA=11,0–11,4; Ng et al., 2004),
đa dạng di truyền của quần thể, phản ánh tiềm Dryobalanops aromatic (NA = 5,1; Lim et al.,
năng di truyền và khả năng thích ứng của 2001). Tuy nhiên, cũng có kết quả di truyền
nguồn gen (Lê Sơn et al., 2012). Kết quả đa của loài Dầu rái (Dipterocarpus alatus) ở Thái
dạng di truyền của A. costata ở Đông Nam Bộ Lan thấp hơn (HO = 0,088, HE = 0,092;
(HO = 0,232 và HE = 0,252) đều tương tự so Changtragoon, 2001) loài A. costata trong
với một số loài Dầu khác ở Việt Nam, như nghiên cứu này.
Dầu rái (Dipterocarpus alatus) với HO = 0,209 Ngoài ra, mức độ khác nhau giữa các cặp
và HE = 0,239 (Tam et al., 2014); Sao đen quần thể nghiên cứu (FST) cũng được xác định
(Hopea odorata) với HO = 0,366 và HE = và chỉ ra rằng hầu hết sự khác nhau này đều
0,356 (Trang et al., 2014). Khi so sánh đa
có ý nghĩa với p < 0,05 (bảng 5). Giá trị khác
dạng di truyền của loài A. costata với một số
loài khác thuộc họ Dầu trên thế giới cũng chỉ nhau giữa các cặp quần thể dao động từ 0,418
ra mức độ di truyền thấp hơn nhiều so với loài giữa quần thể từ hai VQG Bù Gia Mập và Lò
Shorea leprosula (HO = 0,63–0,66, HE = 0,69– Gò - Xa Mát đến 0,586 giữa Tân Phú và Bù
0,71; Ng et al., 2004), Parashorea Gia Mập, trung bình 0,476, (p < 0,05) và dòng
malaanonan (HO = 0,26, HE = 0,46; Abasolo et gen trao đổi (gene flow) giữa các quần thể,
al., 2009). Bên cạnh đó, số alelle cho một trung bình 0,46. Kết quả này chỉ ra giữa các
locus (NA) ở loài A. costata nghiên cứu cũng nơi thu thập loài A. costata ở trạng thái cô lập,
thấp hơn nhiều so với loài S. leprosula sự trao đổi di truyền rất thấp.
Bảng 5. Mức độ khác nhau di truyền giữa các quần thể (FST) ở Đông Nam Bộ
Quần thể Tân Phú Bù Gia Mập Lò Gò - Xa Mát
Tân Phú - + +
Bù Gia Mập 0,586 - ns
Lò Gò - Xa Mát 0,423 0,418 -
Ghi chú: +: Mức ý nghĩa P < 0,05; ns: Không có ý nghĩa.
Như vậy, suy giảm rừng liên quan đến độ đa dạng di truyền thấp (NA = 2,56; HO =
phân cắt sinh cảnh, suy giảm nơi sống của loài 0,232 và HE = 0,252). Kết quả này phản ánh
A. costata là những nguyên nhân chủ yếu và số lượng cá thể của A. costata ở Đông Nam
có thể giải thích mức độ đa dạng di truyền Bộ rất thấp, chủ yếu tập trung ở 3 khu bảo
thấp của loài này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. tồn, rừng phòng hộ Tân Phú (Đồng Nai), hai
Số lượng cá thể của A. costata ở mỗi khu vực VQG Bù Gia Mập (Bình Phước) và Lò Gò -
chỉ còn khoảng 30 cá thể trưởng thành và chỉ Xa Mát (Tây Ninh).
tìm thấy ở mảnh rừng thứ sinh đã được phục Trong thời gian khảo sát, cây con tái
hồi sau khai thác. Không tìm thấy cây tái sinh sinh không được tìm thấy ở cả 3 khu vực
của loài này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. Rõ nghiên cứu. Để góp phần bảo tồn A. costata
ràng, số lượng cá thể thấp có thể ảnh hưởng ở rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam Bộ,
đến số lượng alen của A. costata. Như vậy, bảo tồn chuyển vị là giải pháp cấp bách hiện
quần thể nhỏ cũng dẫn đến quan hệ cận noãn nay. Phương pháp này sẽ làm tăng số lượng
giữa các cá thể ở cùng một nơi sống và chỉ ra cá thể hiện có trong tự nhiên hoặc có thể tạo
mức độ thiếu hụt hệ số gen di hợp tử của loài ra quần thể mới có kích thước lớn hơn có
này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. thể duy trì tính đa dạng di truyền cao và có
KẾT LUẬN khả năng chịu đựng tốt trong môi trường
bất lợi.
Kết quả nghiên cứu đa dạng di truyền
loài Anisoptera costata ở rừng nhiệt đới Lời cảm ơn: Nghiên cứu được hỗ trợ kinh phí
Đông Nam Bộ đã chỉ ra loài này duy trì mức từ quỹ Bảo tồn loài Mohamed bin Zayed cho
28
- Đánh giá đa dạng di truyền
Vu Dinh Duy (2019–2020), mã số dự án Duc N. M., Duy V. D., Xuan B. T., Thang B.
(180518329). V., Ha N. T., Tam N. M., 2016. Genetic
structure of the threatened Dipterocarpus
TÀI LIỆU THAM KHẢO
costatus populations in lowland tropical
Abasolo M. A., Fernando E. S., Borromeo T. rainforests of southern Vietnam. Genet.
H., Hautea D. M., 2009. Cross-species Mol. Res., 15(4):15048821
amplification of Shorea microsatellite
DNA markers in Parashorea malaanonan Excoffer L., Laval G., Schneider S., 2005.
(Dipterocarpaceae). Philippine J. of Sci., Arlequin ver. 3.0: an intergrated
138(1): 23–28. software package for population
genetics data analysis. Evol. Bioinform.
Bộ Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa Online, 1: 47–50.
học và Công nghệ Việt Nam. 2007. Sách
đỏ Việt Nam. Phần 2: Thực vật. Nxb Gupta P. K., Varshney R. K., 2000. The
Khoa học tự nhiên và Công nghệ Việt development and use of microsatellite
Nam. Tr. 289–290 markers for genetic analysis and plant
breeding with emphasis in bread wheat.
Changtragoon S., 2001. Evaluating genetic
Euphytica, 113: 63–185
diversity of Dipterocarpus alatus genetic
resources in Thailand using isozyme gene Isagi V., Kenta T., Nakashizuka T., 2002.
markers. In In-situ and Ex-situ Microsatellite loci for a tropical emergent
conservation of commercial tropical trees tree, Dipterocarpus tempehes V. S1
(Thielges BA, Sastrapradja SD and (Dipterocarpaceae). Mol. Ecol. Notes, 2(1):
Rimbawanto A, eds). Gadjah Mada Univ. 12–13.
Yogyekarta, 349–354. IUCN, 2019. IUCN red list of threatened
Chính Phủ nước CHXHCN Việt Nam, Nghị species: version 1.
định 32/2006/NĐ-CP, 2006. Nghị định Kalia R. K., Rai M. K., Kalia S., Singh R.,
của Chính phủ ngày 30 tháng 3 năm 2006 Dhawan A. K., 2011. Microsatellite markers:
về quản lý thực vật rừng, động vật rừng an overview of the recent progress in plants.
nguy cấp, quý, hiếm.
Euphytica, 177: 309–334.
Dinh Duy Vu, Thi Tuyet Xuan Bui., Minh
Li Y.C., Korol A.B., Fahima T., Nevo E.,
Duc Nguyen, Syed Noor Muhammad
2004. Microsatellites within genes:
Shah, Dinh Giap Vu, Yi Zhang, Minh
structure, function, and evolution.
Tam Nguyen, Xiao Hua Huang, 2018.
Genetic diversity and conservation of two Molecular Biology and Evolution, 21:
threatened dipterocarps (Dipterocarpaceae) 991–1007.
in southeast Vietnam. Journal of Forestry Lim L. S., Wickneswari R., Lee S. L., Latiff
Research. Published Online: 2 July 2018. A., 2001. Genetic structure of natural
https://doi.org/10.1007/s11676-018-0735-1. populations of Dryobalanops aromatic
Dinh Duy Vu., Thi Tuyet Xuan Bui., Minh Gaertn. F. (Dipterocarpaceae) in
Tam Nguyen., Dinh Giap Vu., Minh Duc Peninsular Malaysia. In In-situ and Ex-
Nguyen., Van Thang Bui., Xiaohua situ conservation of commercial tropical
Huang., Yi Zhang., 2017. Genetic trees (Thielges BA, Sastrapradja SD and
diversity in two threatened species in Rimbawanto A, eds). Gadjah Mada Univ.
Vietnam: Taxus chinensis and Taxus Yogyekarta, 309–324.
wallichiana. Journal of Forestry Lê Sơn, Dương Thị Hoa, Hà Huy Thịnh, 2012.
Research, 28(2):265–272. Đánh giá tính đa dạng di truyền các vườn
Doyle J. J., Doyle J. L., 1990. Isolation of giống vô tính Keo tai tượng bằng chỉ thị vi
plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: vệ tinh. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp 1:
13–15. 2077–2084
29
- Pham Mai Phuong et al.
Muhammad A. J., Cannon C. H., Peakall R., Smouse P. E., 2006. Genalex 6:
Wickneswari R., 2016. Cross specific genetic analysis in excel. Population
amplification of microsatellite DNA genetic software for teaching and research.
markers in Shorea platyclados. J. For. Mol. Ecol. Notes, 6: 208–295.
Res., 27(1): 27–32 Phạm Văn Hưởng, 2010. Nghiên cứu đặc tính
Ng K. K. S., Lee S. L., Koh C. L., 2004. sinh thái của cây tái sinh Vên Vên
Spatial structure and genetic diversity of (Anisoptera cochinchinensis Pierre) trong
two tropical tree species with contrasting kiểu rừng kiểu thường xanh và nửa rụng lá
breeding systems and different ploidy ẩm nhiệt đới ở Đồng Nai. Khoa học Lâm
levels. Mol. Ecol., 13(3): 657–69. nghiệp, 3: 1–12
Nguyễn Hoàng Nghĩa, 2005. Cây họ Dầu Prevost A., Wilkinson M. J., 1999. A new
(Dipterocarpaceae) ở Việt Nam. Nxb system of comparing PCR primers applied
Nông nghiệp, Hà Nội. to ISSR finger of potato cultivars. Heor.
Nguyễn Minh Đức, Vũ Đình Duy, Trần Thị Appl. Genet., 98: 107–112.
Việt Thanh, Nguyễn Thị Ngân, Nguyễn Tam N. M., Duy V. D., Duc N. M., Thanh T.
Thị Hải Hà, Nguyễn Thị Phương Trang, T. V., Hien D. P., Trang N. T. P., Hong N.
Bùi Thị Tuyết Xuân, Nguyễn Minh Tâm. P. L., Thanh N. T., 2019. Genetic
2017. Đánh giá chỉ thị SSR và hiện tượng variation and outcrossing rates of the
thắt cổ chai ở quần thể Dầu mít trong rừng endangered tropical species Dipterocarpus
nhiệt đới Đông Nam bộ. Tạp chí Công dyeri. Journal of Tropical Forest Science,
nghệ Sinh học, 15(3): 497–504. 31(2): 259–267
Nguyen Minh Tam, Vu Dinh Duy, Nguyen Terauchi R., 1994. A polymorphic
Minh Duc, Vu Dinh Giap, Bui T. Tuyet microsatellite marker from the tropical
Xuan, 2014. Genetic variation in and tree Dryobalanops lanceolata
spatial structure of natural populations of (Dipterocarpaceae). The Japanese Journal
Dipterocarpus alatus (Dipterocarpaceae) of Genetics, 69(5): 567–576.
determined using single sequence repeat
markers. Genet. Mol. Research.,13(3): Titi K., Titiek S., 2007. An oveview on the
5378–5386. conservation status of Mersawa (Anisoptera
costata Korth.) in Java. Journal of Forestry
Nguyễn Thị Hải Hà, Nguyễn Minh Đức, Đặng
Research, 4(2): 105–108.
Phan Hiền, Vũ Đình Duy, Nguyễn Lê Anh
Tuấn, Trương Hữu Thế, Phạm Quý Đôn, Trang N. T. P. and Triest L., 2016. Genetic
Nguyễn Minh Tâm, 2016. Đa dạng di structure of the threatened Hopea
truyền loài Dầu song (Dipterocarpus dyeri) chinensis in the Quang Ninh Province,
ở rừng phòng hộ Tân Phú, Đồng Nai. Tạp Vietnam. Genetics and Molecular
chí Sinh học, 38(1): 81–88. Research: GMR, 15(2): 1–13.
Nguyen Thi Phuong Trang, Tran Thu Huong, Ujino T., Kawahara T., Tsumara Y.,
Nguyen Minh Duc, Sierens Tim, Ludwig Nagamitsu T., Yoshimaru H., Ratnam W.,
Triest. 2014. Genetic population of 1998. Development and polymorphism of
threatened Hopea odorata Roxb. In the simple sequence repeat DNA markers for
protected areas of Vietnam. J. Viet. Env., Shorea curtisii and other
6(1): 69–76. Dipterocarpaceae species. Heredity, 81:
Pandey M., Geburek T., 2009. Successful 422–428.
cross-amplification of Shorea Varshney R. K., Graner A., Sorells M. E.,
microsatellites reveals genetic variation in 2005. Genetic microsatellite markers in
the tropical tree, Shorea robusta Gaertn. plants: features and application. Trends in
Hereditas, 146: 29–32 Biotechnology, 23: 48–55
30
- Đánh giá đa dạng di truyền
Vieira M. L. C., Santini L., Diniz A. L., G. Don) ở tỉnh Đồng Nai. Tạp chí Khoa
Munhoz C. F., 2016. Microsatellite học và Công nghệ, 52(2D): 276–284.
markers: what they mean and why they Xu M., Liu X., Wang J. W., Teng S. Y., Shi J.
are so useful. Genetics and Molecular Q., Li Y. Y., Huang M. R., 2017.
Biology, 39: 312–328. Transcriptome sequencing and
Vũ Đình Duy, Bùi Thị Tuyết Xuân. 2014. development of novel genic SSR markers
Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen loài for Dendrobium officinale. Molecular
Dầu nước (Dipterocarpus alatus Roxb. ex Breeding, 37: 18
31
nguon tai.lieu . vn