Xem mẫu
- NIPT – SÀNG LỌC TRƯỚC SINH
KHÔNG XÂM LẤN
Quản lý chất lượng và sự tin cậy
ThS.BS. Lê Thị Khánh Linh
Khoa Xét nghiệm Di truyền Y học
Bệnh viện Từ Dũ
1
- Giới thiệu NIPT
Sàng lọc trước sinh không xâm
lấn (NIPT)
Dựa vào phân tích DNA tự do • Nguồn gốc: nhau thai
(cfDNA) trong máu mẹ. • 5-7 tuần vô kinh- sau sinh 2 tiếng
• DNA trần
• cfDNA mẹ và con
• Fetal fraction
- Công nghệ xét nghiệm NIPT
• MPS (massively parallel sequencing)
• “counting method”
• Chỉ số z-score
• Targeted sequencing
• CSS (chromosome-selective sequence)
• Điểm nguy cơ (risk score)
• SNPs sequencing
• Phân tích tính đa hình
• Vanadis NIPT system biochemistry
• Lai huỳnh quang
J. Fetal Med. 2015;2(1):11-7
NGS – next generation sequencing
- Công nghệ giải trình tự gen
thế hệ mới ?
Thai bình thường Thai bất thường
Chỉ 1.36% cfDNA là Chr. 21 Chỉ 1.42% cfDNA là Chr. 21
10% fetal fraction => chỉ có 0.136% cf DNA thai 10% fetal fraction => chỉ có 0.142% cf DNA thai
Chỉ có 0.06% khác biệt !
- SOP
NGOẠI CHUẨN
HOÁ QUY
KIỂM TRÌNH
QUẢN
LÝ CHẤT
LƯỢNG
NỘI ĐÀO TẠO
KIỂM NHÂN SỰ
- CE/IVD - RUO
• RUO (Research Use Only): chỉ sử dụng trong nghiên cứu
• CE-IVD (European Conformity In Vitro Diagnostic):
chẩn đoán trên người theo tiêu chuẩn của Châu Âu.
- Chuẩn hoá Quy trình NIPT
- Quy trình NIPT tại BV Từ Dũ
- Mẫu máu: thu nhận và bảo quản
Chất kháng đông K3EDTA
- Tách plasma
Tách plasma từ máu toàn phần:
EDTA/Streck Tube
Centrifugation
3000g
~10 mL ~5 mL ~5 mL
Chậm Nhanh
Ly tâm 16 000g
Ly tâm 1 600g (10 minutes)
(10 phút) Tách chiết DNA
© 2018 Premaitha Health - Confidential
- Tách chiết DNA tự do (cell-free DNA)
Plasma Ủ Ủ QIAvac 24
+ Proteinase K 60C trong 30 phút
+ Buffer ACL + Buffer ACB
QIAGEN QIAamp
Circulating Nucleic Acid Kit
(cat 55114)
~ 2-3giờ
- Chuẩn bị thư viện DNA
DNA fragments from plasma
+ Buffer
+ Enzymes Ủ
Plate 1
- Định lượng cfDNA sau PCR
Chất lượng : kiểm tra các đoạn
Kiểm tra DNA (kích thước, độ nhiễu..)
chất lượng Số lượng : Đo nồng độ DNA mỗi
mẫu
Marqueur 1
DNA Fragment
GX Reviewer
- Tổ hợp DNA và đo kích thước
DNA
DNA được:
Chuẩn hoá
Kết hợp 12 mẫu
Pool 1 Pool 2
12 Mẫu/pool
- Định lượng DNA lần hai
GX Reviewer
Post-SS Pool
Đo nồng độ DNA bằng Labchip
GX Touch.
Pool 1
.
- Chuẩn bị mẫu và Giải trình tự
- Kiểm soát chất lượng
……..… PCR
Đánh giá quy trình
………
Đánh giá quy trình …… Đánh giá mẫu
……
……
Đánh giá quy trình
Đánh giá mẫu
- GC content
• Tỷ lệ Guanine-Cytosine trên NST
• Chiếm 40% DNA trong genome
• Thay đổi tỷ lệ trình tự đọc của NST cần
phân tích và NST tham khảo
• Ảnh hưởng đến việc xác định sự khác biệt
về số lượng trong trình tự đọc
• GC correction: loại bỏ ảnh hưởng của trình
tự GC, cải thiện độ nhạy và độ đặc hiệu
- Đánh giá chất lượng giải trình tự NGS
nguon tai.lieu . vn
