Để cấu hình JRUN 4.0 trên Window, trước tiên bạn cài đặt bộ JDK 1.3 hay JDK 1.4 lên đĩa cứng C hay D, sau khi cài đặt thành công bạn nên boot máy lại, trong ổ đĩa sẽ xuất hiện thư mục JDK 1.3 với các thư viện của chúng. Để cài đặt IRUN, bạn mua đĩa CD với ứng dụng IRUN 4.0, sau đó cài đặt chúng vào máy có cài đặt JDK.