- Trang Chủ
- Luận Văn - Báo Cáo
- Luận văn: ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM CUCUMBER MOSAIC VIRUS, TOBACCO MOSAIC VIRUS, TOMATO SPOTTED WILT VIRUS TRÊN CÂY THUỐC LÁ (Nicotiana tabacum L.) VÀ CÂY ĐẬU PHỘNG (Arachis hypogaea L.) TẠI TỈNH TÂY NINH BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ CHẨN ĐOÁN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT - PCR (part 3)
Xem mẫu
- 41
Primer (F và R).
Agarose.
Loading dye 6X (thuốc nhuộm).
Thang chuẩn (ladder) 1000 bp (BioRad).
TAE 1X.
Nước không chứa nuclease (Nuclease free water).
3.5.2 Phƣơng pháp thực hiện
3.5.2.1 Ly trích RNA
Bước 1: Cân khoảng 60 mg mẫu đã qua chẩn đoán ELISA cho kết quả dương
tính, cắt nhỏ mẫu (
- 42
Bước 10: Pha DNase I (đang ở dạng bột mịn) với 250 μl Tris 10mM
pH 7,5 . Hòa tan bằng pipet (trộn nhẹ).
Bước 11: Trộn 5 μl DNase I với 75 μl dung dịch DNase delution trong tube
1,5 ml. Cho 80 µl dung dịch DNase vào RNAbc. Ủ ở nhiệt độ phòng trong 15
phút, ly tâm 12000 vòng trong 30 giây. Loại bỏ dịch lọc (phần dịch bên dưới).
Bước 12: Cho 700 μl dung dịch high stringency vào RNAbc, ly tâm 12000
vòng trong 30 giây ở 4oC. Loại bỏ dịch lọc.
Bước 13: Cho 700 µl dung dịch low stringency vào RNAbc, ly tâm 12000
vòng trong 30 giây ở 4oC. Loại bỏ dịch lọc.
Bước 14: Ly tâm thêm 12000 vòng trong 1 phút để loại bỏ hoàn toàn dịch rửa.
Bước 15: Chuyển RNAbc vào tube 1,5 ml có nắp, cho vào 80 μl dung dịch
rửa trôi (elution solution) ở bước 6, để 1 phút cho dung dịch thấm, ly tâm 12000
vòng trong 2 phút ở 4oC để thu RNA tổng số. Bảo quản ở 4oC hay sử dụng ngay
cho RT – PCR.
3.5.2.2 Khuếch đại bằng RT PCR
RT PCR 2 bước:
Bước 1: Tổng hợp cDNA
Thành phần hóa chất:
4 μl
5X iScript Reaction Mix
1 μl
iScript Reverse Transcriptase
13 μl
Nuclease free water
RNA tổng số 2 μl
Tổng thể tích 20 μl
Thay đổi lần lượt RNA tổng số chạy thí nghiệm: 2 μl, 4 μl, 6 μl, 8 μl, 10 μl.
Chu trình nhiệt:
25oC
5 phút
42oC
40 phút
85oC
5 phút
Giữ ở 4oC
- 43
Bước 2: Khuếch đại bằng PCR
Sử dụng cặp primer có trình tự như sau:
Forward primer: Tm = 64oC
5’-CCGCTTTCTCTGGAGTTTGTGTCGG-3’
Reverse primer: Tm = 64oC
5’-CCCTCGCTTTATTACGTGCCTGCG-3’
Thành phần hóa chất:
Thể tích Nồng độ cuối
5 μl
iTaq buffer 10X 1X
2,5 μl
MgCl2 2,5 mM
1μl 200 µM
dNTP
0,5 μl 0,5 μl
iTaq DNA polymerase
1 µl 0,4 μM
primer F
1 µl 0,4 μM
primer R
34 µl
Nuclease free water
5µl
cDNA
Tổng thể tích 50 μl
Chu trình nhiệt:
3 phút ở 94oC
1 chu kỳ
1 phút ở 94oC
35 chu kỳ
1 phút ở 57oC
1 phút 15 giây ở 72oC
7 phút ở 72oC
1 chu kỳ
Giữ ở 4oC trong 10 phút.
3.5.2.3 Đổ gel điện di
Chuẩn bị gel agarose 1% 2%.
Agarose đã được nấu chín đến 50oC – 60oC, 650W trong 2 phút, đổ vào khuôn
và chèn lược vào để tạo gel.
Lấy luợc ra, ngâm gel trong dung dịch TAE 1X.
Hút 2 μl loading dye trộn đều với 4 μl mẫu PCR.
- 44
Bơm cẩn thận 6 μl hỗn hợp mẫu và thuốc nhuộm vào giếng.
Chạy điện di: Hiệu điện thế 50 V, cường độ dòng điện 245 mA, trong 60 phút.
Lấy gel ra, ngâm trong ethidium bromide (1%) trong 20 phút.
Rửa gel.
Đọc kết quả dưới tia UV.
Chụp hình gel để lưu lại.
Đọc kết quả phản ứng PCR:
Dương tính khi có đoạn 921 bp, âm tính khi không có đoạn 921 bp.
- 45
Phần 4
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.1 Chẩn đoán bằng kỹ thuật ELISA
4.1.1 Tỷ lệ nhiễm TSWV trên đậu phộng tại huyện Dƣơng Minh Châu và Bến
Cầu
Bảng 4.1 Kết quả ELISA đối với TSWV trên đậu phộng
Huyện Số mẫu (+) Tổng số mẫu Tỷ lệ nhiễm (%)
Dương Minh Châu 0 35 0
Bến Cầu 0 30 0
Chú thích: (+): Dương tính
Kết quả trên cho thấy tất cả các mẫu đậu phộng thu thập được đều không có biểu
hiện dương tính với TSWV (0%).
Đậu phộng trồng tại 2 huyện này có triệu chứng biểu hiện giống như triệu chứng
bệnh do TSWV gây ra nhưng không phát hiện được dương tính khi chẩn đoán bằng kỹ
thuật ELISA. Điều này, có thể giải thích là do bị ảnh hưởng bởi điều kiện môi trường.
Qua người dân, chúng tôi biết rằng, nước tưới tiêu tại địa bàn điều tra được lấy từ
những giếng đào sâu trong lòng đất, tận dụng mạch nước ngầm là chủ yếu. Thời điểm
tiến hành điều tra, thu thập mẫu nhằm vào những tháng tỉnh Tây Ninh đang là mùa
khô, thời tiết khá nóng, nắng gay gắt, giếng đào dần cạn nước, đất trồng khô, nứt nẻ,
và việc thiếu nước tưới đã xảy ra, nhưng vẫn chưa có biện pháp khắc phục.
Đậu phộng trồng tại đây bị thiếu nước lâu ngày nên hình thái cây bị biến đổi: Lá
vàng, thân cây rủ xuống. Nắng khá gay gắt và nóng làm cháy lá, đốm lá, gây héo lá,
giống như bị hoại tử và lá rụng dần. Các triệu chứng này đã dẫn tới việc lầm tưởng cây
đã nhiễm TSWV.
Kết quả này còn chứng tỏ một điều là không thể dựa hoàn toàn vào triệu chứng
bên ngoài mà xác định bệnh.
Bên cạnh đó, cũng có khả năng là thật sự TSWV chưa nhiễm trên đậu phộng ở
huyện Dương Minh Châu và Bến Cầu vào thời điểm thu thập mẫu.
- 46
4.1.2 Tỷ lệ nhiễm CMV, TMV và TSWV trên thuốc lá thu thập tại huyện Tân
Biên và Bến Cầu
Thể hiện qua Bảng 4.2 và Biểu đồ 4.1.
Bảng 4.2 Kết quả ELISA đối với CMV, TMV, TSWV trên thuốc lá
Tỷ lệ nhiễm
Tác nhân gây bệnh Số mẫu (+) Số mẫu (-) Tổng số mẫu
(%)
CMV 26 26 52 50
TMV 29 13 42 69,1
TSWV 0 70 70 0
Chú thích: (+): Dương tính
(-): Âm tính
70
60
50 Số mẫu dương
Số mẫu
tính
40
Số mẫu âm tính
30
Số mẫu điều tra
20
10
0
CMV TMV TSWV
Tác nhân gây bệnh
Biểu đồ 4.1 Tỷ lệ số mẫu thuốc lá dƣơng tính, âm tính với CMV, TMV và TSWV
Sau khi tiến hành chẩn đoán TSWV cho 70 mẫu thuốc lá thu được tại 2 huyện
Tân Biên và Bến Cầu của tỉnh Tây Ninh, không phát hiện được mẫu dương tính với
TSWV (0%). Điều này có thể được giải thích bởi 3 lý do sau:
Tại các huyện thu thập mẫu, TSWV vào thời điểm này còn ít, chưa phát tán
rộng, nên chưa lấy được đúng mẫu đã nhiễm TSWV.
Do mẫu được lấy chủ yếu dựa theo triệu chứng bên ngoài nên có thể mẫu đ ã
nhiễm các virus khác với TSWV nhưng triệu chứng biểu hiện lại tương tự như nhiễm
TSWV.
- 47
Vì thu thập theo triệu chứng nên có thể những triệu chứng này là do ảnh
hưởng bởi các yếu tố môi trường, phân bón hay do điều kiện canh tác gây ra.
Ngoài ra, các mẫu thuốc lá và đậu phộng cùng được lấy tại huyện Bến Cầu đều
không có biểu hiện nhiễm TSWV (0%), kết quả này cũng góp phần cho thấy rằng tại
đây TSWV chưa xuất hiện và gây bệnh.
Trong khi đó, mẫu thuốc lá có biểu hiện dương tính với CMV (50%) và TMV
(69,1%) khá cao. Như vậy, có thể nói rằng vào tháng 4 năm 2006 (thời gian thu thập
mẫu), cây thuốc lá tại tỉnh Tây Ninh đang chịu ảnh hưởng của CMV và TMV.
4.1.3 Tỷ lệ nhiễm CMV trên thuốc lá tại huyện Tân Biên và Bến Cầu
Bảng 4.3 Kết quả ELISA đối với CMV trên thuốc lá
Huyện Số mẫu (+) Số mẫu điều tra Tỷ lệ nhiễm (%)
Tân Biên 20 33 60,6
Bến Cầu 6 19 31,6
Chú thích: (+): Dương tính
70
60
50
Tỷ lệ %
40
Mẫu dương tính
30
20
10
0
Bến Cầu
Tân Biên
Huyện
Biểu đồ 4.2 Tỷ lệ thuốc lá nhiễm CMV giữa Tân Biên và Bến Cầu
Kết quả từ Bảng 4.3 và Biểu đồ 4.2 cho thấy: Trên tổng số mẫu thuốc lá thu được
tại từng địa bàn điều tra, huyện Tân Biên có tỷ lệ nhiễm CMV khá cao (60,6%), trong
khi đó tại huyện Bến Cầu tỷ lệ nhiễm CMV ít hơn (31,6%). Như vậy, Tân Biên có tỷ
lệ thuốc lá nhiễm CMV cao gấp 2 lần so với Bến Cầu. Kết quả này có thể lý giải như
sau:
- 48
CMV được lây lan chủ yếu qua rệp thuốc lá. Khi khảo sát tại huyện Tân Biên
ta thấy cỏ dại, lùm bụi khá nhiều, không được phát quang. Đây chính là nơi cư trú tốt
cho rệp, và tạo điều kiện cho chúng sinh sôi, phát triển mạnh mẽ. Vì thế, tại đây CMV
được lan truyền nhanh hơn, nhiều hơn.
Tại Bến Cầu, công tác vệ sinh, dọn dẹp cỏ dại quanh khu vực trồng thuốc lá
được thực hiện tốt hơn. Các bụi rậm được phát quang sạch sẽ, rệp không còn chổ để
trú ẩn, không có điều kiện thuận lợi để phát triển. Nên số lượng không tăng thêm
nhiều, khả năng truyền virus cũng giảm.
4.1.4 Tỷ lệ nhiễm TMV trên thuốc lá tại huyện Tân Biên và Bến Cầu
Bảng 4.4 Kết quả ELISA đối với TMV trên thuốc lá
Huyện Số mẫu (+) Số mẫu điều tra Tỷ lệ nhiễm (%)
Tân Biên 18 26 69,2
Bến Cầu 11 16 68,8
Chú thích: (+): Dương tính
100
90
80
Tỷ lệ %
70
Mẫu dương
60
50 tính
40
30
20
Bến Cầu
Tân Biên
Huyện
Biểu đồ 4.3 Tỷ lệ thuốc lá nhiễm TMV giữa Tân Biên và Bến Cầu
Các số liệu từ Bảng 4.4 và Biểu đồ 4.3 đã cho thấy: Tại huyện Tân Biên, thuốc lá
nhiễm TMV khá cao (69,2%) và tại huyện Bến Cầu, tỷ lệ này cũng khá cao (68,8%).
Khi so sánh tỷ lệ thuốc lá bệnh giữa 2 huyện, ta nhận thấy rằng tỷ lệ này là tương
đương nhau.
- 49
TMV chủ yếu tồn tại trong tàn dư thực vật của vụ truớc để lại trên đồng
ruộng. Nhưng hiện nay, tại các huyện này, sau khi thuốc lá được thu hoạch xong thì
phần thân, rễ còn lại sẽ được giữ làm phân bón cho vụ sau mà không được đốt bỏ.
Điều này đã tạo điều kiện cho TMV phát triển trở lại và tiếp tục gây bệnh cho vụ trồng
kế tiếp.
TMV nằm trong xác cặn bã thực vật sẽ bị phân hủy ngoài tự nhiên trong vòng
từ 5 đến 6 tháng do thời tiết. Tuy nhiên, vì Tây Ninh là một địa bàn chuyên canh trồng
thuốc lá ở nước ta nên các vụ mùa được trồng liên tục, kế tiếp nhau, không có thời
gian nghỉ giữa 2 vụ. Do đó, cây thuốc lá nhiễm bệnh từ vụ này sang vụ khác, nă m này
sang năm khác mà không thể khắc phục được.
Tỷ lệ nhiễm TMV khá cao tương đương nhau tại huyện Tân Biên và Bến Cầu
cũng còn do sự lưu thông giữa những vùng trồng thuốc lá trong tỉnh. Những đoàn xe
vận chuyển thuốc lá nguyên liệu trong quá trình di chu yển từ vùng này sang vùng kia,
đồng thời cũng mang TMV trên những lá thuốc còn sót lại hay trên những vật dụng có
liên quan theo và góp phần phát tán bệnh.
Ngoài ra, thuốc lá thường xuyên nhiễm CMV, TMV trong suốt mùa vụ và từ năm
này sang năm khác còn vì lý do khách quan sau:
Tây Ninh là vùng trồng thuốc lá phổ biến với diện tích lớn, nhưng chủ yếu
việc trồng trọt diễn ra ở những hộ gia đình, tập quán của người nông dân là thường
trồng những loại cây như bầu bí, dưa, thơm hay vài loại hoa làm cảnh, đây chính là
những cây ký chủ của CMV và TMV. Đồng thời luôn tìm thấy dạng khảm trên các cây
trồng này quanh năm. Nên khi các cây này đã nhiễm virus thì nó dễ dàng và nhanh
chóng phát tán sang thuốc lá.
Khi trong vườn thuốc lá xuất hiện cây bị bệnh, nhưng vì lý do kinh tế, mà
người nông dân thường vẫn tiếp tục trồng những cây này, mà không tỉa bỏ, vì thế từ
một vài cây bệnh ban đầu đã mau chóng lan sang các cây khác.
- 50
4.1.5 Tỷ lệ thuốc lá chỉ nhiễm CMV hay chỉ nhiễm TMV hay nhiễm hỗn hợp
CMV và TMV trên số mẫu thu thập đƣợc
Bảng 4.5 Kết quả ELISA đối với mẫu thuốc lá nhiễm hỗn hợp CMV và TMV
và các mẫu chỉ nhiễm CMV hay TMV
Tác nhân gây bệnh Số mẫu (+) Tổng số mẫu điều tra Tỷ lệ nhiễm (%)
Chỉ nhiễm CMV 0 0
Chỉ nhiễm TMV 20 42 47,6
Nhiễm CMV và TMV 11 26,2
Chú thích: (+): Dương tính
50
45
40
Tỷ lệ %
35
30
25
20
Mẫu dương tính
15
10
5
0
Chỉ Nhiễm Chỉ
nhiễm nhiễm
CMV và
CMV TMV TMV
Tác nhân gây bệnh
Biểu đồ 4.4 Tỷ lệ giữa các mẫu thuốc lá nhiễm hỗn hợp TMV và CMV và các
mẫu chỉ nhiễm CMV hay TMV
Theo kết quả từ Bảng 4.5 và Biểu đồ 4.4, số mẫu thuốc lá chỉ nhiễm TMV chiếm
tỷ lệ cao nhất là 47,6%. Số mẫu nhiễm hỗn hợp CMV và TMV là 26,2%, nhưng không
có mẫu nào nhiễm CMV mà không nhiễm TMV. Điều này cũng có nghĩa là tất cả các
mẫu điều tra lúc này đều bị nhiễm TMV. Như vậy, có thể nói rằng TMV đang là virus
gây bệnh chủ yếu cho thuốc lá ở Tân Biên và Bến Cầu vào thời điểm khảo sát.
- 51
4.1.6 Tỷ lệ bệnh theo triệu chứng quan sát đƣợc trên cây thuốc lá
Sau khi so sánh kết quả chẩn đoán bằng phương pháp ELISA và triệu chứng trên
lá cây thuốc lá quan sát được trên đồng ruộng, tỷ lệ thuốc lá nhiễm bệnh được thể hiện
qua Bảng 4.6 và Biểu đồ 4.5.
Bảng 4.6 Tỷ lệ thuốc lá nhiễm bệnh theo triệu chứng quan sát đƣợc trên lá
Triệu chứng Số mẫu (+) Số mẫu điều tra Tỷ lệ nhiễm (%)
Lá dày, phồng rộp (TC1) 2 8 25
Lá có khảm xanh – vàng (TC2) 55 70 78,6
Lá khảm nặng, hoại tử (TC3) 10 25 40
Chú thích: (+) : Dương tính
TC1: Triệu chứng 1 [Hình 4.12 (D) và 4.13 (B)]
TC2: Triệu chứng 2 [Hình 4.12 (C)]
TC3: Triệu chứng 3 [Hình 4.13 (C) và 4.13 (D)]
80
70
60
Tỷ lệ %
50
40
Mẫu dương tính
30
20
10
0
TC1 TC2 TC3
Triệu chứng
Biểu đồ 4.5 Tỷ lệ thuốc lá nhiễm bệnh theo triệu chứng
Từ tỷ lệ này có thể cho phép nhận định: Các lá thuốc lá có triệu chứng khảm xanh
– vàng (TC2) có khả năng nhiễm CMV và TMV (78,6%) khá cao.
Một số cây thuốc lá có biểu hiện triệu chứng khác như: Cây lùn, còi cọc hơn so
với các cây khác (tất cả được trồng cùng lúc và trong điều kiện canh tác như nhau) như
trong Hình 4.13 (E). Nhưng trên lá của tất cả các cây có sự thay đổi hình thái vừa nêu
trên đều mang một hay tất cả các triệu chứng đã xét trong Bảng 4.6. Vì vậy, có thể nói
- 52
việc thu thập mẫu thuốc lá nhiễm CMV, TMV dựa vào triệu chứng biểu hiện trên lá
cây sẽ dễ dàng hơn là thu thập theo các triệu chứng khác.
Bên cạnh đó, cũng có một số cây thuốc lá có mang các triệu chứng như trên,
nhưng lại không cho kết quả dương tính khi tiến hành kiểm tra bằng kỹ thuật ELISA.
Điều này, một lần nữa cũng khẳng định rằng việc xác định cây nhiễm virus mà chỉ dựa
vào triệu chứng biểu hiện là không hoàn toàn chính xác.
Trong quá trình điều tra, thu thập mẫu, chúng tôi thấy có triệu chứng cong ngọn
trên cây thuốc lá, là triệu chứng đặc trưng do TSWV gây ra. Tuy nhiên, những mẫu
này, sau khi dùng kỹ thuật ELISA để chẩn đoán đã không cho kết quả dương tính. Có
lẽ, đó là do số lượng của TSWV quá ít, không đủ để biểu hiện thành phản ứng dương
tính.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi chưa xác định được tỷ lệ nhiễm bệnh của từng
giống thuốc lá. Vì bà con nông dân ở đây đa số chỉ biết là mua giống tại công ty nào
thôi, hầu như không quan tâm đến giống của cây thuốc lá đang trồng là gì.
Một lý do nữa, là do chưa có điều kiện để đánh giá tình trạng nhiễm CMV, TMV
và TSWV trên các cây thuốc lá được trồng trong nhà lưới (ngăn cách bọ trĩ, rệp thuốc
lá mang virus tới lây nhiễm cho cây) và các cây thuốc lá được trồng trong vườn của
Tổng Công ty Thuốc lá tại tỉnh Tây Ninh, nên nghiên cứu này chỉ được thực hiện trên
những cánh đồng trồng thuốc lá của các hộ gia đình. Vì thế, chúng tôi chưa khảo sát
được tỷ lệ nhiễm virus của thuốc lá khi trồng ngoài tự nhiên và khi trồng trong điều
kiện cách ly với côn trùng môi giới truyền bệnh.
- 53
(A) (B)
(C) (D)
Hình 4.12: Hình chụp cây thuốc lá khỏe và bệnh tại huyện Bến Cầu (2006)
(A): Cây thuốc lá khỏe
(B), (C), (D): Triệu chứng cây thuốc lá nhiễm virus TMV
- 54
(A) (B)
(C) (D)
(E) (F)
Hình 4.13: Hình chụp cây thuốc lá khỏe và bệnh tại huyện Tân Biên (2006)
(A): Cây thuốc lá khỏe
(B), (C), (D), (E), (F): Triệu chứng cây nhiễm virus CMV và TMV
- 55
4.2 Kết quả RT – PCR
Sau khi có kết quả chẩn đoán bằng kỹ thuật ELISA, chọn những mẫu dương tính
mạnh với TMV tiến hành chẩn đoán bằng kỹ thuật RT – PCR.
Tiến hành ly trích RNA tổng số (80 µl) từ lá thuốc lá bằng kit ly trích
AurumTM Total RNA Mini Kit do Bio – Rad cung cấp.
Thực hiện phản ứng tổng hợp cDNA (20 µl) với bộ kit iScript TM cDNA
Synthesis Kit cũng do Bio – Rad cung cấp.
Kết quả RT – PCR thu được có thành phần hóa chất và chu trình nhiệt như sau:
Bước 1: Tổng hợp cDNA
Thành phần hóa chất:
4 μl
5X iScript Reaction Mix
1 μl
iScript Reverse Transcriptase
13 μl
Nuclease free water
RNA tổng số 2 μl
Tổng thể tích 20 μl
Chu trình nhiệt:
25oC
5 phút
42oC
40 phút
85oC
5 phút
Giữ ở 4oC
Bước 2: Khuếch đại cDNA bằng PCR
Thể tích Nồng độ cuối
5 μl
iTaq buffer 10X 1X
2,5 μl
MgCl2 2,5 mM
1μl 200 µM
dNTP
0,5 μl 0,5 μl
iTaq DNA polymerase
1 µl 0,4 μM
primer F
1 µl 0,4 μM
primer R
34 µl
Nuclease free water
5µl
cDNA
Tổng thể tích 50 μl
- 56
Chu trình nhiệt:
3 phút ở 94oC
1 chu kỳ
1 phút ở 94oC
35 chu kỳ
1 phút ở 57oC
1 phút 15 giây ở 72oC
7 phút ở 72oC
1 chu kỳ
Giữ ở 4oC trong 10 phút.
Đổ gel điện di sản phẩm PCR
Gel agarose có nồng độ 1,5%, tiến hành điện di với hiệu điện thế 50 V, cường độ
dòng điện 245 mA, trong vòng 60 phút.
Ngâm trong EtBr trong vòng 20 phút.
Kết quả điện di
1000 bp
Hình 4.14 Kết quả điện di sản phẩm PCR trên thuốc lá nhiễm TMV tại huyện
Tân Biên
: Thang chuẩn 1000 bp
La
1, 2, 3 : Sản phẩm PCR 3 mẫu 22, 26, 42
Sản phẩm PCR trên Hình 4.14 có kích thước khoảng 1000 bp.
- 57
1000 bp
Hình 4.15 Kết quả điện di sản phẩm PCR trên thuốc lá nhiễm TMV tại huyện
Bến Cầu
La : Thang chuẩn 1000 bp
4, 5, 6 : Sản phẩm PCR 3 mẫu 53, 54, 62
Sản phẩm PCR trên Hình 4.15 có kích thước khoảng 1000 bp.
Kết quả điện di trên Hình 4.14 và Hình 4.15 đã cho thấy các sản phẩm PCR thu
được đều có kích thước khoảng 1000 bp thay vì là 921 bp. Tuy kết quả này không
đúng với lý thuyết nhưng các sản phẩm này có kích thước khá gần với kích thước lý
thuyết.
Các mẫu 22, 26, 42 (thu thập tại huyện Tân Biên) và các mẫu 53, 54, 62 (thu thập
tại huyện Bến Cầu) là những mẫu cho kết quả dương tính với TMV rõ nhất trong chẩn
đoán bằng kỹ thuật ELISA. Các mẫu này sau khi tiến hành RT – PCR thì các sản phẩm
PCR thu được đều có kích thước khoảng 1000 bp.
Năm 2005, Lâm Ngọc Hạnh, Đại học Nông lâm TP Hồ Chí Minh đã tiến hành
chẩn đoán TMV trên cây cà chua của tỉnh Lâm Đồng cũng bằng phương pháp RT –
PCR., với cùng cặp mồi đang sử dụng. Kết quả sản phẩm PCR thu được cũng có kích
thước khoảng 1000 bp.
Điều này có thể chứng minh được rằng:
Có sự hiện diện của TMV trong các mẫu thuốc lá thu thập được.
Thuốc lá tại 2 huyện Tân Biên và Bến Cầu của tỉnh Tây Ninh nhiễm cùng môt
dòng TMV.
- 58
Như vậy, bước đầu có thể kết luận, tại Việt Nam, cà chua và thuốc lá đã
nhiễm cùng một dòng TMV.
Tuy nhiên, dòng virus này lại có khác biệt với dòng virus được dùng để thiết kế
cặp mồi. Vậy câu hỏi đặt ra là: Dòng TMV tại Việt Nam đã biến đổi như thế nào so
với các dòng virus khác? Phải chăng đó là do cặp primer này thiết kế dựa trên dòng
TMV của Trung Quốc, nó sẽ khuếch đại đoạn có kích thước là 921 bp đối với TMV
nhiễm trên cây bệnh ở Trung Quốc. Nhưng sản phẩm PCR thu được có kích thước
khoảng 1000 bp, điều này có thể giải thích là dòng TMV tại Việt Nam đã có biến đổi
trong cấu trúc. Sự biến đổi này xảy ra là do sự thay đổi về địa lý, khí hậu giữa 2 nước,
nên TMV đã biến đổi cho phù hợp với điều kiện ngoại cảnh Việt Nam.
Trong nghiên cứu này, vì chưa có điều kiện chẩn đoán TMV gây bệnh trên các
loài cây khác và chưa giải trình tự đoạn sản phẩm PCR thu được nên chúng tôi chưa
trả lời được chính xác câu hỏi trên.
- 59
Phần 5
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
5.1 Kết luận
Sau khi tiến hành chẩn đoán TMV, CMV và TSWV trên các mẫu thuốc lá và đậu
phộng tại 3 huyện Tân Biên, Bến Cầu, Dương Minh Châu thuộc tỉnh Tây Ninh, chúng
tôi thu được kết quả sau:
Thuốc lá và đậu phộng tại địa bàn điều tra, vào thời điểm điều tra, chư a có
biểu hiện của việc nhiễm TSWV.
Dịch bệnh virus trên thuốc lá tại tỉnh Tây Ninh vào thời điểm nghiên cứu chủ
yếu là do TMV gây nên (69,1%).
Thuốc lá trồng tại huyện Tân Biên có tỷ lệ nhiễm CMV (60,6%) và TMV
(69,2%) khá cao.
Thuốc lá trồng tại huyện Bến Cầu nhiễm TMV là chủ yếu (68,8%).
Bước đầu chẩn đoán được sự hiện diện của TMV trên thuốc lá trồng tại tỉnh
Tây Ninh bằng kỹ thuật RT – PCR.
5.2 Đề nghị
Với những trở ngại và nghi vấn trong quá trình nghiên cứu bệnh virus trên thuốc
lá và đậu phộng, chúng tôi có một số đề nghị sau:
Tiếp tục theo dõi mức độ nhiễm TSWV trên cây thuốc lá và đậu phộng tại
những thời điểm khác nhau và những vùng khác nhau tại tỉnh Tây Ninh.
Nghiên cứu thêm về mức độ lây nhiễm, điều kiện phát triển, biện pháp phòng
trừ của bệnh TMV, CMV và TSWV trên cây thuốc lá và đậu phộng nhằm hạn
chế thiệt hại khi dịch bệnh xảy ra.
Tiến hành ly trích thu RNA bằng phương pháp siêu ly tâm trong khuynh độ
đường để so sánh với quy trình ly trích bằng kit.
Thực hiện việc chẩn đoán TMV bằng kỹ thuật RT – PCR trên các loại cây
khác, cũng là ký chủ của TMV, góp phần xác định rõ dòng TMV tại Việt Nam.
Giải trình tự đoạn sản phẩm PCR trên để bổ sung vào ngân hàng dữ liệu gen
của virus ở Việt Nam và hỗ trợ cho những nghiên cứu sâu hơn.
- 60
Phần 6
TÀI LIỆU THAM KHẢO
TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT
1. Nguyễn Ngọc Bích, 2003. Bước đầu nghiên cứu một số bệnh virus chính trên vùng
thuốc lá tỉnh Tây Ninh. Luận văn thạc sĩ khoa học Nông nghiệp, Đại học Nông lâm
TP. Hồ Chí Minh.
2. Hồ Huỳnh Thùy Dương, 2005. Sinh học phân tử, tái bản lần thứ 4. Nhà xuất bản
giáo dục, trang 190 – 198, 200 – 206.
3. Lâm Ngọc Hạnh, 2005. Đánh giá tình trạng nhiễm bệnh virus (Cucumber Mosaic
Virus, Tobacco Mosaic Virus và Tomato Spotted Wilt Virus) trên cà chua ở tỉnh Lâm
Đồng bằng kỹ thuật ELISA và bước đầu xây dựng quá trình chẩn đoán Tobacco
Mosaic Virus bằng kỹ thuật RT – PCR. Khóa luận tốt nghiệp Ngành Công nghệ sinh
học, Đại học Nông lâm TP. Hồ Chí Minh.
4. Vũ Công Hậu, Ngô Thế Dân, Trần Thị Dung, 1995. Cây lạc. Nhà xuất bản Nông
nghiệp, trang 199 – 223, 318 – 368.
5. Phạm Hoàng Hộ, 1993. Cây cỏ Việt Nam. Nhà xuất bản Trẻ, cuốn 2, tập 2, trang
968.
6. PGS. TS. Nguyễn Thị Lang, GS. TS. Bùi Chí Bửu, 2005. Sinh học phân tử. Giới
thiệu và ứng dụng. Nhà xuất bản Nông nghiệp TP. Hồ Chí Minh, trang 87 – 98.
7. ThS. Võ Thị Thu Oanh, 2002. Bệnh cây đại cương. Bộ môn Bảo vệ thực vật. Khoa
Nông học. Trường Đại học Nông lâm TP. Hồ Chí Minh, trang 47 – 53.
8. Lê Đình Thụy, Phạm Kiến Nghiệp, 1996. Thuốc lá – Trồng và chế biến. Nhà xuất
bản TP. Hồ Chí Minh, trang 14 – 17, 42 – 48, 77 – 84.
9. Nguyễn Đình Trường, 2005. Nghiên cứu hiện trạng nhiễm bệnh TSWV (Tomato
Spotted Wilt Virus) trên cây ớt bằng kỹ thuật ELISA và bước đầu xây dựng phương
pháp chẩn đoán bằng kỹ thuật RT – PCR. Khóa luận tốt nghiệp Ngành Công nghệ sinh
học, Đại học Nông lâm TP. Hồ Chí Minh.
nguon tai.lieu . vn