Xem mẫu
- Hướng dẫn sử dụng HyperChem
7.04
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Bμi 1 B¾t ®Çu sö dông phÇn mÒm
NhÊp chuét vμo biÓu t−îng HyperChem, mμn h×nh lμm viÖc hiÖn lªn nh− sau:
Thanh tiªu ®Ò (title bar)
BiÓu diÔn tªn file ®ang biÓu diÔn trªn cöa sæ. NÕu ch−a l−u file th× tªn sÏ lμ
untitled
Thanh c«ng cô lùa chän (menu bar)
Chøa c¸c c«ng cô tÝnh to¸n kh¸c: File, Edit (hiÖu chØnh), Build (x©y dùng),
Databases (d÷ liÖu), Setup (®Æt ph−¬ng ph¸p tÝnh), Compute (tÝnh to¸n),
Annotations (ghi chó, diÔn gi¶i), cancel (tho¸t), Script, vμ Help (trî gióp).
Thanh biÓu t−îng c«ng cô (tool bar)
Chøa c¸c c«ng cô cho phÐp ta vÏ, chän, biÓu diÔn, vμ di chuyÓn c¸c nguyªn
tö, ph©n tö. PhÇn bªn ph¶i thanh c«ng cô cã chøa c¸c c«ng cô gióp ta ghi chó
thªm, l−u nhanh, c¾t, d¸n, in, trî gióp.
Mμn lμm viÖc (workspace)
Lμ n¬i biÓu diÔn hÖ ph©n tö hiÖn t¹i.
1
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Dßng hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n (status line)
Cho ta biÕt th«ng tin nh− lμ sè nguyªn tö trong mét ph©n tö, hiÖn tr¹ng tÝnh
to¸n, gi¸ trÞ tÝnh to¸n
Trî gióp (help)
Chøa c¸c h−íng dÉn thªm cho ng−êi sö dông.
C¸ch sö dông chuét:
Muèn thao t¸c trªn c«ng cô nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét (L-Click) vμo biÓu
t−îng c«ng cô ®ã.
VÝ dô muèn sö dông c«ng cô vÏ, ta di chuyÓn biÓu t−îng chuét ®Õn biÓu
t−îng ®ã vμ nhÊp chuét:
Sö dông bμn phÝm
Thay v× ph¶i dïng chuét ta cã thÓ dïng bμn phÝm ®Ó di chuyÓn ®Õn nh÷ng lùa
chän cÇn thiÕt. VÝ dô ®Ó më select menu ta nhÊn ®ång thêi hai phÝm [Alt] +
[S] ([Alt] vμ [S]). §Ó chän c¸c lùa chän kh¸c trong hép tho¹i ta nhÊp tiÕp vμo
ký tù t¾t ®−îc g¹ch d−íi trong mçi lùa chän. VÝ dô ®Ó chän tiÕp select all ta
nhÊp ch÷ e trªn bμn phÝm.
2
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
C¸c phÝm t¾t kh¸c:
Ctrl + N T¹o trang lμm viÖc míi
Ctrl + O Më file
Ctrl + S L−u file (save) trong File menu
Ctrl + X C¾t (cut) trong File menu
Ctrl + C Copy (copy) trong Edit menu
Ctrl + V D¸n (paste) trong Edit menu
Alt + F4 Tho¸t khái HyperChem
Ctrl + D Xo¸ (delete) trong Annotations menu
Ctrl + K Lùa chän tiÕp (select next) trong Annotations menu
Ctrl + L Lùa chän phÇn tr−íc (select previous) trong Annotations
menu
Ctrl + F Di chuyÓn tiÕp (move forward) trong Annotations menu
Ctrl + B Di chuyÓn trë l¹i (move backward) trong Annotations
menu
Spacebar Di chuyÓn hÖ ph©n tö vμo trung t©m vμ biÓu diÔn theo tû
lÖ mμn lμm viÖc.
F2 Tr¶ l¹i kiÓu biÓu diÔn lóc tr−íc (last rendering) trong
Display menu
F9 Copy h×nh ¶nh (copy image) trong Edit menu
Esc Nh− môc tho¸t (cancel) trªn thanh c«ng cô
C¸c c«ng cô quan träng trªn thanh céng cô
3
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
C¸c thao t¸c trªn HyperChem
Më mét file vÝ dô: VÝ dô më file cã ®u«i HIN.
1. Di chuyÓn con trá chuét ®Õn File trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp tr¸i chuét (L-click) vμo File mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:
3. NhÊp tr¸i chuét vμo Open. Mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:
4
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
4. NÕu mμn h×nh list vÉn cßn c¸c chÊt kh¸c, cã thÓ kÐo thanh tr−ît ®Ó t×m
kiÕm.
§Ó kÐo thanh tr−ît ta nhÊp tr¸i biÓu t−îng chuét vμo thanh tr−ît, gi÷ nguyªn
nh− thÕ vμ rª chuét theo chiÒu muèn kÐo.
5. Muèn më file nμo ta chØ cÇn nhÊp tr¸i (L-click) chuét vμo file ®ã råi nhÊn
tiÕp vμo nót Open trªn list
Trªn mμn h×nh sÏ hiÖn ra ph©n tö chøa trong file
5
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
C¸ch sö dông Display Settings
Display settings chøa c¸c lùa chän ®Ó biÓu diÔn hÖ ph©n tö trªn trang lμm
viÖc
§Ó më Display menu ta thùc hiÖn nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng Display trªn thanh c«ng cô. Mμn h×nh khi
®ã hiÖn ra nh− sau:
Sö dông nh·n (Labels)
6
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display. Hép tho¹i Labels hiÖn ra víi c¸c
lùa chän kh¸c nhau, ta cã thÓ lùa chän h×nh thøc nh·n biÓu hiÖn cña c¸c
nguyªn tö trong hÖ.
Atoms
None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n.
Symbol BiÓu t−îng nguyªn tö, vÝ dô C, O, N..
Name Tªn cña nguyªn tö theo ng©n hμng d÷ liÖu, vÝ dô
CA, CB ®èi víi cacbon alpha vμ beta.
Number Sè thø tù t¹o nguyªn tö.
Type KiÓu nguyªn tö, theo t¸c ®éng cña tr−êng lùc, vÝ
dô CT ®èi víi cacbon tø diÖn trong tr−êng lùc
AMBER.
Charge §iÖn tÝch thùc cña nguyªn tö.
Spin Tæng spin thùc (alpha-beta) cña mét nguyªn tö
Poputation
Mass Khèi l−îng nguyªn tö
Basis set TËp hîp hμm c¬ b¶n ¸p dông cho nguyªn tö
Chirality R hoÆc S
RMS Gradient GÝa trÞ v« h−íng cña vect¬ biÕn thiªn m« t¶ tr−êng
lùc trªn mét nguyªn tö.
Custom §Æt tuú chän.
Residues
None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n.
Name Tªn hîp phÇn, vÝ dô: TRP, ILE.
Sequence Thø tù hîp phÇn tõ hîp phÇn ®u«i N (N-
teminus).1,2,3
Name+Seq C¶ tªn lÉn thø tù.
Bonds
7
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n
Bond Length §é dμi liªn kÕt gi÷a c¸c nguyªn tö
Bond Order Thø tù liªn kÕt tÝnh to¸n theo c¬ häc l−îng tö.
H×nh thøc biÓu diÔn ph©n tö:
Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn c¸c ph©n tö kh¸c nhau trong hÖ.
Thay ®æi h×nh thøc biÓu diÔn:
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Rendering trong Display menu
Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra nh− sau:
NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong nh÷ng h×nh thøc biÓu diÔn, vÝ dô chän Balls
and Cylinders (kiÓu h×nh cÇu vμ h×nh trô) th× trªn mμ h×nh c¸c nguyªn tö cña
hÖ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng h×nh cÇu, liªn kÕt d¹ng h×nh trô nh− sau:
8
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Chó ý: HyperChem cßn cã c¸c kiÓu biÓu diÔn kh¸c:
- Sticks: KiÓu que.
- Balls : KiÓu h×nh cÇu.
- Overlapping Spheres: KiÓu h×nh cÇu chång lªn nhau.
- Dots: KiÓu chÊm.
- Sticks & Dots: KiÓu chÊm - g¹ch.
§Æt mÇu nÒn trang lμm viÖc
§Ó ®Æt mμu nÒn trang lμm viÖc ta lμm nh− sau:
1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Preferences trong File menu.
2. TÝch chän môc Window Color trong hép tho¹i Preferences. Mμu ngÇm
®Þnh cho trang lμm viÖc cña HyperChem lμ mμu ®en:
9
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
3. TÝch chän White råi nhÊp OK ®Ó xem biÓu diÔn mμu nÒn cña mμn lμm
viÖc. Mμu nÒn lóc nμy lμ mμu tr¾ng:
Chó ý: NÕu ta ®Æt mμu kh¸c th× nÒn sÏ cã mμu kh¸c:
- Black: Mμu ®en.
- Blue: Mμu xanh n−íc biÓn.
- Green: Mμu xanh da trêi.
- Cyan: Mμu lôc lam.
- Red: Mμu ®á.
- Violet: Mμu tÝa.
- Yellow: Mμu vμng.
- White: Mμu tr¾ng.
§Æt mμu s¾c liªn kÕt trong ph©n tö
1. TÝch chän Preferences trong File menu.
10
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
2. Chän môc Bond Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän mμu mμ ta
muèn ®Æt cho liªn kÕt. VÝ dô ta chän mμu ®en (Black). H×nh ¶nh biÓu diÔn
trªn mμn lμm viÖc sÏ nh− sau:
Chó ý: Tuú theo ta chän mμu nμo, liªn kÕt sÏ ®−îc biÓu diÔn theo
mμu Êy. HyperChem ngÇm ®Þnh mμu cho liªn kÕt theo c¸c nguyªn tè,
nhê ®ã ta cã thÓ quan s¸t dÔ dμng c¸c liªn kÕt kh¸c nhau, tuy nhiªn
®iÒu ®ã kh«ng cã lîi trong khi ta ph¶i in ®en tr¾ng.
Mμu s¾c cña nguyªn tè
HyperChem ngÇm ®Þnh mμu s¾c cña c¸c nguyªn tè ®Æc tr−ng nh− sau:
Nguyªn tè Mμu ngÇm ®Þnh
11
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Cacbon Lôc lam
Nit¬ Xanh
Oxy §á
Flo Vμng
L−u huúnh Vμng
Natri TÝa
Kali Týa
S¾t §á
Coban Xanh
§ång Xanh l¸ c©y
Brom Vμng
Iot §á
Vμng Vμng
TÊt c¶ c¸c nguyªn Mμu tr¾ng
tè cßn l¹i
Ta cã thÓ ®Æt l¹i mμu s¾c biÓu diÔn c¸c nguyªn tè theo s¸u mμu chuÈn, céng
víi mμu tr¾ng vμ mμu ®en. HyperChem sö dông mét tËp hîp mμu ngÇm ®Þnh.
NÕu ta thay ®æi mμu s¾c cña mét nguyªn tè, ta vÉn cã thÓ trë l¹i víi mμu
ngÇm ®Þnh b»ng c¸ch nhÊp vμo Revert trong hép tho¹i sau:
§Ó ®Æt mμu míi cho nguyªn tè ta lμm nh− sau:
1. NhÊp tr¸i chuét chän Element color trong Display menu.
2. NhÊp tr¸i chuét vμo tªn nguyªn tè muèn ®æi mμu.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo mμu muèn ®æi.
4. NhÊp OK ®Ó chän.
5. §Ó trë l¹i mμu ngÇm ®Þnh nhÊp Revert.
§Æt chÕ ®é Copy h×nh ¶nh
12
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
§©y lμ phÇn kh¸ thó vÞ nÕu ta muèn lÊy h×nh ¶nh cña HyperChem chuyÓn
qua tr×nh øng dông kh¸c, vÝ dô nh− tr×nh Word cña Microsoft.
1. NhÊp tr¸i chuét chän Preferences trong File menu. Chän môc Setup
Image. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy nh− sau:
2. §Æt c¸c lùa chän nh− trªn h×nh vÏ. NhÊp OK ®Ó chän.
3. NhÊp F9 hoÆc nhÊp tr¸i chuét chän Copy Image trong Edit menu.
4. NhÊp OK nÕu HyperChem ®Æt ra c©u c¶nh b¸o nμo.
C¶ cña sæ mμn lμm viÖc cña HyperChem sÏ ®−îc Copy. NÕu ta d¸n qua
Word th× sÏ thÊy nh− sau:
13
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Chó ý: HyperChem cho ta nhiÒu lùa chän ®Ó copy h×nh ¶nh.
Window Top leve Copy c¶ c¸c hép tho¹i vμ menu kÐo
xuèng nÕu ta nhÊp vμo Copy image
(Cöa sæ) thay v× nhÊp F9.
Workspace ChØ Copy phÇn mμn lμm viÖc.
HyperChem Copy c¶ cöa sæ lμm viÖc HyperChem
Full screen Copy c¶ mμn h×nh, kÓ c¶ c¸c cöa sæ
kh¸c.
File format Bitmap L−u kiÓu file cã ®u«i .bmp. Dïng
(KiÓu file) mμu chuÈn. ThÝch hîp l−u cho biÓu
diÔn ph©n tö kiÓu h×nh cÇu, c¸c biÓu
®å cña tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n, tÝnh to¸n
b¸n kinh nghiÖm.
RGB Bitmap Gièng nh− .bmp, dïng ®ñ 24 mμu.
Kh¸ h¹n chÕ trong c¸c øng dông
kh¸c kh«ng cã chÕ ®é 24 mμu.
Metafile File ®u«i më réng lμ .wmf. ThÝch
hîp ®Ó l−u víi c¸c kiÓu biÓu diÔn
ph©n tö nh− Sticks, Ball and
Cylinder, Dots vμ Stick & Dots.
Detination(N¬i File HyperChem l−u ¶nh cã phÇn ®u«i lμ
®Æt file) .bmp hay .wmf vμo trong file.
Clipboard L−u ¶nh vμo bé nhí t¹m thêi, mçi
lÇn ®−îc mét ¶nh.
Color TÝch chän ®Ó l−u h×nh ¶nh víi mμu
s¾c ®Çy ®ñ, nÕu kh«ng nã chØ cã
14
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
d¹ng ®en tr¾ng.
Cursor TÝch chän ®Ó ®iÓm trá chuét cã
trong ¶nh.
Filename Dïng ®Ó ®Æt tªn vμ vÞ trÝ file ®Æt ¶nh.
Tho¸t khái HyperChem
Cã nhiÒu c¸ch ®Ó tho¸t khái ch−¬ng tr×nh lμm viÖc
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Exit trong Menu file
2. NhÊp Alt + F4
§äc thªm: Ch−¬ng 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual.
15
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
Bμi 2. VÏ vμ hiÖu chØnh
VÏ nguyªn tö vμ liªn kÕt
§Ó vÏ nguyªn tö ta cÇn cã b¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè.
Cã hai c¸ch ®Ó thùc hiÖn ®iÒu nμy
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Default Element trong Menu Build.
1. NhÊp liªn tôc hai lÇn chuét tr¸i (Double-click) vμo c«ng cô Vï
B¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè hiÖn ra nh− sau:
§Ó lùa chän nguyªn tè nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tè ®ã.
2. Muèn biÕt thuéc tÝnh cña tõng nguyªn tè ta chØ viÖc nhÊp vμo biÓu t−îng
thuéc tÝnh (Properties) trong tho¹i, b¶ng c¸c thuéc tÝnh cña nguyªn tè sÏ
xuÊt hiÖn.
Sau khi ®· lùa chän nguyªn tè muèn vÏ, nhÊp tr¸i chuét lªn mμn lμm viÖc ta
sÏ ®−îc nguyªn tè muèn vÏ.
Mμn h×nh hiÖn ra cã d¹ng nh− sau:
16
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
3. Muèn vÏ liªn kÕt ta chØ viÖc nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nμy ®Õn vÞ
trÝ kh¸c muèn vÏ. NÕu ®Çu kia lμ mét nguyªn tè kh¸c th× ta ph¶i lùa chän
nguyªn tè l¹i sau ®ã còng nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nguyªn tè ban
®Çu ®Õn vÞ trÝ mμ nguyªn tè thø hai muèn biÓu diÔn.
4. §Ó vÏ ph©n tö d¹ng vßng ta nhÊn vμ rª chuét nèi c¸c nguyªn tè víi nhau.
17
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
5. T¹o liªn kÕt ®«i, ba b»ng c¸ch nhÊp tr¸i chuét vμo chÝnh liªn kÕt ®ã.
6. T¹o vßng liªn hîp b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo liªn kÕt
vßng ®· ®−îc vÏ.
7. Thªm nhanh nh÷ng nguyªn tö Hydro cßn thiÕu trong ph©n tö, nÕu cã
b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo biÓu t−îng c«ng cô lùa
chän trªn thanh c«ng cô.
Chän nguyªn tö (Selecting Atoms)
Trong phÇn nμy ta häc nh÷ng kü thuËt c¬ b¶n ®Ó lùa chän mét nguyªn tö,
nhãm nguyªn tö hay mét tËp hîp nμo ®ã ®ang biÓu diÔn trªn trang lμm viÖc.
§Ó ®Æt c¸c h×nh thøc chän cã mét sè b−íc sau:
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Select menu. Trªn mμn h×nh hiÖn ra nh− sau:
18
- H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04
2. NÕu c¸c nguyªn tö ch−a ®−îc chän th× h·y nhÊp chuét tr¸i vμo Atoms ®Ó
chän.
TiÕp theo t¾t chän nhiÒu (Multiple Selections) b»ng c¸ch nhÊp chuét tr¸i bá
dÊu tÝch (√).
Khi ta tÝch chän Atoms, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän nguyªn tö, víi
c«ng cô lùa chän, khi ®ã ta cã thÓ lùa chän c¸c nguyªn tö, liªn kÕt vμ gãc
riªng. Giíi h¹n nμy vÉn ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta chän Residures hoÆc
Molecules.
Chó ý: Sö dông lùa chän Atoms nÕu ta kh«ng muèn chän c¸c hîp phÇn
hay c¸c ph©n tö.
19
nguon tai.lieu . vn
